Науру — одна из немногих территорий, переживших одновременно атаки японской и германской армий в годы Второй мировой войны. Это объяснялось относительной близостью японской территории и присутствием немецких военных судов в Тихом океане.
В начале войны, когда Япония ещё не начала военные действия, немецкие корабли маскировались под японские грузовые суда, таким образом захватывая острова в Океании (Маршалловы острова, Каролинские острова). 6 декабря 1940 года они напали, разграбили и потопили в северной части Соломоновых островов британское судно, которое доставляло на Науру продовольствие.
Впоследствии два немецких судна в период с 7 по 8 декабря затопили у Науру пять сухогрузов (британских и норвежских), которые ожидали погрузки фосфоритов в порту острова. Одно из них, немецкий вспомогательный крейсер «Комет», не раз угрожало уничтожить всю инфраструктуру Науру, созданную «Британской фосфатной компанией». Частое приближение этого судна к острову было сигналом к эвакуации, иначе могли бы последовать большие жертвы. После артиллерийского обстрела Науру, в ходе которого была уничтожена часть островной инфраструктуры, в том числе резервуары с топливом, «Комет» уплыл обратно в Европу. Важные объекты вскоре после этого события были восстановлены, и компания возобновила добычу фосфоритов. А на Науру на несколько месяцев установился мир. Действия рейдера «Комет» осуждались японской стороной, которая была заинтересована в добыче сырья на острове, а из штаба ВМС Германии «Комет» получил гневную радиограмму, осуждающую артобстрел Науру.
За несколько дней до атаки на Пёрл-Харбор 7 декабря 1941 года японская авиация нанесла несколько воздушных ударов по Науру. После захвата близлежащих островов Гилберта британская компания, занимавшаяся добычей фосфоритов на острове, решила эвакуировать своих сотрудников. Специально для этого с Новых Гебрид приплыло французское судно. Всего был эвакуирован 61 европеец, 391 китаец и 49 членов британского гарнизона на Науру. 191 работник остался на Науру после обещания их скорой эвакуации, которая так и не была осуществлена.
26 августа 1942 года на острове высадились 300 японских солдат, захватив в плен всех европейцев, оставшихся на Науру. 1850 науруанцев после оккупации Японией могли свободно передвигаться по острову, но было введено нормирование продуктов, которое продолжалось до конца войны. Местными жителями была организована оборона острова, в том числе на берегу были установлены 152-мм орудия, а на возвышениях — зенитные установки.
Одним из важнейших событий периода японской оккупации было строительство взлётно-посадочной полосы, которая сейчас относится к Международному аэропорту Науру. В её строительстве было задействовано 1500 японцев и корейцев, а также 300 работников науруанского и гилбертийского происхождения, работать которых заставляли силой. Строительство было закончено в январе 1943 года. Хотя японцы хотели восстановить инфраструктуру Науру для возобновления добычи фосфоритов, в годы Второй мировой войны остров служил всего лишь одним из опорных пунктов японской армии в центральной части Тихого океана.
С 1942 года в Тихом океане начались наступательные действия американских войск. 25 марта 1943 года состоялся первый обстрел Науру американцами. В результате было уничтожено 15 японских самолётов, разместившихся на аэродроме, а также часть установок в аэропорту. В ноябре 1943 года американские войска после кровопролитного сражения у Таравы, освободили острова Гилберта. Однако, разгромив японцев, они не двинулись в сторону Науру.
В сентябре 1943 года японские власти решили депортировать большую часть науруанцев (1200 человек) на остров Чуук (Каролинские острова), расположенный в 1600 км к северо-западу от Науру. Эти действия объяснялись начавшимся голодом на Науру из-за проблем с продовольственным обеспечением. К концу войны из-за него умерло 300 человек, а также были отмечены случаи каннибализма.
13 сентября 1945 года после сброса на Хиросиму и Нагасаки атомных бомб (6 и 9 августа), а также капитуляции Японии (2 сентября 1945 года) на борту австралийского военного судна «Диамантина» было подписано соглашение, по которому японские войска сдавали остров Науру. Впоследствии было репатриировано 3745 японцев и корейцев, а часть из них были обвинены в совершении преступлений против европейцев и науруанцев в годы Второй мировой войны. После окончания войны из около 1200 местных жителей, депортированных на остров Чуук, выжило всего лишь 737 человек, которые 31 января 1946 года были возвращены на родину. Численность населения острова сократилась с 1848 человек в 1940 году до 1369 человек в 1946 году. Компания, занимавшаяся добычей фосфоритов на острове, в память о печальных событиях военного времени построила музей Второй мировой войны.