В начале 1990 года Республика Науру столкнулась с серьёзным финансовым кризисом, вызванным сильной зависимостью экономики страны от цен на фосфориты, а также неумелым управлением имущественными инвестициями за границей.
В результате на острове наблюдалось увеличение производственных затрат в связи с постепенным истощением месторождений и усложнившимся процессом выработки фосфоритов (не последнюю роль в усилении кризиса сыграл дефицит торгового баланса из-за подорожания импортных товаров, вызванного высоким курсом доллара США). Инвестиции в недвижимое имущество и землю не обеспечили страну необходимыми финансами. Скорее всего, это было вызвано неграмотным управлением и возможной коррупцией. К тому же, на тот момент в государственной казне оказалось всего 30 миллионов австралийских долларов вместо предполагаемых 8 миллиардов. Экономический кризис непосредственно сказался на политической ситуации в стране: в период с 1995 по 2007 год в стране сменилось восемь президентов.
Для выхода из кризиса правительство Науру предприняло ряд решительных мер. На первом этапе был снижены государственные расходы за счёт продажи самолётов, находящихся в распоряжении национальной авиакомпании, а также за счёт задержек зарплаты государственным работникам. Однако это не решило проблемы дефицита бюджета, который достиг размера в 5,8 млн долларов США или 18 % от ВВП страны в 2000 году.
Наряду с сокращением бюджета науруанское правительство приняло государственную стратегию, согласно которой предусматривалась диверсификация экономики за счёт развития туризма и рыболовства в исключительной прибрежной экономической зоне.
Однако эти меры не имели большого успеха. Оказавшись без источников пополнения бюджета, Республика Науру превратилась в крупный офшорный центр, где отмывались деньги различными преступными группировками и террористическими организациями (в 2000 году в республике было зарегистрировано более 400 офшорных банков). Также страна начала продавать иностранцам свои паспорта.
В феврале 1999 года это микронезийское государство было названо организацией ФАТФ одной из четырёх стран Тихого океана, «в которой была отмечена весьма высокая концентрация финансовой деятельности, связанной с организованной преступностью из России» (другие страны — Острова Кука, Самоа и Вануату). А по словам представителя Центрального Банка РФ в 1998 году из России в науруанские банки было перечислено около 70 млрд долларов, таким образом, пряча от государства свои доходы и укрываясь от уплаты налогов. Большинство операций осуществлялось через интернет через «Nauru Agency Corporation», расположенной в округе Ярен. Однако на Науру были также зарегистрированы офшорные банки, учреждённые гражданами России. Например, банк «Sinex», в который поступали отмытые деньги из российских банков «Депозитарно-Клиринговый Банк» и «Банк Фламинго».
Это вызвало некоторую обеспокоенность у мирового сообщества. Уже 17 января 1999 года «Deutsche Bank» и «Bankers Trust», осуществляющие денежные переводы по всему миру, наложили запрет на долларовую торговлю с Науру (такие же санкции были применены к Палау и Вануату). Впоследствии санкции по отношению к этой микронезийской стране применили страны «большой восьмёрки».
Осуществление австралийской программы «Тихоокеанское решение» (англ. Pacific Solution), начатой в начале 2000 года, привело к ряду международных скандалов. Эта программа предусматривала создание на территории нескольких островных государств, включая Науру, центров беженцев. Введение этой программы было вызвано усилившейся иммиграцией выходцев из Афганистана и Ирака в Австралию. В обмен на помощь государствам, где находились подобные центры, австралийским правительством выплачивались постоянные субсидии или компенсации в виде топлива. Однако «Тихоокеанское решение» вызвало широкое недовольство среди правозащитных организаций, которые обвиняли Австралию в нарушении прав человека и Женевской конвенции о беженцах. В результате австралийское правительство было вынуждено отказаться от этой программы в 2005 году.
С конца 2003 года, уровень жизни на Науру упал, а значительная часть населения оказалась у черты бедности. Правительство начало распродажу оборудования, которое использовалось при добыче фосфоритов, был продан Науру-Хауз в Мельбурне, большая часть телекоммуникационных компаний перестала предоставлять услуги связи. Большую роль в эти годы играла финансовая поддержка Австралии.
В конце 2004 года большинством голосов членов парламента на второй срок на пост президента был избран Людвиг Скотти, который сразу же объявил о смене экономической политики государства, в том числе, был приостановлен экспорт фосфоритов.