Первоначально христианские миссионеры появились на южных островах Вануату. В 1839 году на острове Танна преподобный Джон Уильямс из Лондонского миссионерского общества высадил троих самоанских миссионеров. Однако спустя некоторое время он и его компаньон Харрис были убиты и съедены местными жителями на острове Эроманга. В 1841 году вместе с миссионерами Тёрнером и Несбитом из Лондонского миссионерского общества на островах Анейтьюм и Футуна высадились ещё несколько самоанских учителей. Однако жители острова Футуна вскоре убили их, обвинив в том, что миссионеры занесли на остров болезни. Та же участь постигла самоанцев, высадившихся на острове Танна. Везло только миссионерам острова Анейтьюм, к которым в 1848 году присоединился преподобный Дж. Гедди, пресвитерианец из Новой Шотландии (провинции Канады). К 1860 году на анейтьюмский язык был переведён Новый Завет, а часть населения острова могла уже читать. Однако жизнь миссионеров была очень опасна. Многие полинезийские учителя умирали от малярии. В 1861 году пресвитерианец Гордон и его жена были убиты местными жителями острова Эроманга из-за начавшейся эпидемии кори. Но, несмотря на все трудности миссионерской деятельности, за век пресвитерианским миссионерам удалось распространить христианство на южных и центральных островах Вануату вплоть до острова Эспириту-Санто. Лондонское миссионерское общество, в свою очередь, продолжало посылать самоанских и раротонганских учителей на Новые Гебриды в основном с острова Анейтьюм, который к 1872 году был полностью христианизирован.
Англиканская меланезийская миссия начала свою миссионерскую деятельность на островах в 1849 году, когда епископ Селуин отправил в меланезийскую школу от Колледжа Св. Джона в Окленде юношей и мальчиков с островов Банкс и Новых Гебрид. В 1867 году епископ Паттесон основал школу для маленьких меланезийцев на острове Норфолк. В этой школе проводилось обучение меланезийских детей, которых затем отправляли на родные острова. Там они открывали новые школы. В конце XIX века на островах Пентекост и Амбраэ было послано несколько англиканских миссионеров, деятельность которых была ограничена островами Банкс и Торрес, Амбраэ, Маэво и Пентекост. В 1881 году между англиканскими и пресвитерианскими миссионерами была достигнута договорённость, по которой каждая из сторон брала обязательства не проводить просветительские работы в тех местах, где работала другая миссия (то есть пресвитерианская или англиканская).
Первые католические миссионеры прибыли на остров Анейтьюм в 1848 году, но в 1849 году из-за эпидемии они были вынуждены его покинуть. Вплоть до 1887 года католическая церковь не предпринимала каких-либо мер по распространению своих религиозных учений. Только в январе 1887 года группа католиков высадилась на острове Эфате. Со временем католические миссионеры появились и на других крупно населённых островах Вануату. В 1900 году была образована апостольская префектура Новых Гебрид, которая в 1904 году стала апостольским викариатом. Католическим викарием Новых Гебрид был назначен Виктор Дусере, ранее занимавший пост апостольского префекта в городе Порт-Вила.
Начало миссионерской деятельности Церкви Христа на островах относится к 1903 году, когда была основана первая миссия на острове Амбраэ (впоследствии и на островах Маэво и Пентекост). В 1912 году в Вануату появились первые адвентисты седьмого дня, главным центром которых был остров Аоре, хотя их сообщества существовали и на островах Малекула, Танна и Шеперд. Как и другие церкви, представители Церкви Христа и адвентисты седьмого дня способствовали распространению грамотности среди островитян, оказывали медицинские услуги.
К середине XX века христианство стало господствующей религией среди меланезийского населения Новых Гебрид. Миссионерская деятельность имела как положительные, так и отрицательные стороны. До появления на островах христианских миссионеров на Новых Гебридах практиковался анимизм, следы которого заметны и в современной религии, которая по сути представляет собой сплетение традиционных верований в духов и христианской веры. В колониальный период религия и образование были тесно взаимосвязаны друг с другом, а письменность большинства местных языков была разработана миссионерами. Однако и в современном обществе религия играет очень важную роль, даже национальный девиз гласит: «Long God yumi stanap» (в переводе с языка бислама «За богом мы стоим»). Религиозные деятели способствовали прекращению межплеменных войн, запретили каннибализм, детоубийство. Однако с появлением миссионеров были занесены многие заболевания, которые никогда не встречались на архипелаге. А это привело к сокращению населения. К тому же, распространение христианских догм полностью изменило быт и повседневную жизнь островитян: на многих островах были запрещены традиционные танцы, песни, одежда, под запретом оказался наркотический напиток кава.