До начала Второй мировой войны Новые Гебриды оставались «колониальным захолустьем» Британии и Франции, которые мало уделяли внимания проблемам архипелага. После начала активных военных операций в 1940-х годах острова оказались в центре Тихооокеанского театра действий. Несмотря на то, что сражения обошли стороной острова, война и, прежде всего, американские войска оказали глубочайшее социальное и экономическое воздействие на кондоминиум.
Высадка войск США на Новых Гебридах началась в марте 1942 года. Сделано это было для того, чтобы воспрепятствовать возможному захвату островов японскими войсками, а также организовать на архипелаге американские военные базы, откуда бы происходила атака на японские вооружённые силы, уже оккупировавшие часть Соломоновых островов и остров Новая Британия.
На острове Эфате инженерно-строительный батальон США при поддержке местного населения построил взлётно-посадочную полосу, а также окружную дорогу. С согласия резидент-комиссаров (хотя у них не было другого выбора) здание, в котором ранее проживал председатель общего суда, было переоборудовано в штаб-квартиру американского военного командования. Свои официальные резиденции также добровольно освободили британские и французские судьи. Американцами в Порт-Вила также был построен военный госпиталь. Военное присутствие США на острове Эспириту-Санто было ещё большим. На нём было построено три взлётно-посадочной полосы и сооружён канал, который служил военно-морской базой.
Присутствие американских вооружённых сил на Новых Гебридах оказало положительное воздействие на жизнь островитян: было улучшено благосостояние местных жителей, модернизирована инфраструктура. В это же время на Новых Гебридах появляются различные культы карго (наиболее известный из них — движение Джона Фрума на острове Танна).