Управление кондоминиумом осуществлялась губернатором Фиджи и губернатором Новой Каледонии, которые были одновременно верховными комиссарами Новых Гебрид.
На практике их полномочия осуществляли британский и французский резидент-комиссары, проживавшие в Порт-Вила, столице Новых Гебрид. Резидент-комиссар обладал правом давать общие предписания, касавшиеся вопросов мира и хорошего управления островами, а также коренного населения архипелага.
В конвенции 1906 года содержалось также большое количество пунктов, в которых шла речь о вербовке и трудоустройстве жителей Новых Гебрид и запрете иметь при себе огнестрельное оружие (за исключением короткоствольного оружия), боеприпасы и спиртные напитки.
Также учреждался общий суд, который рассматривал гражданские иски от граждан Британии и Франции, дела о несоблюдении статей конвенции и предписаний резидент-комиссара, а также занимался разрешением земельных споров.
В те годы земельный вопрос был наиболее острым, так как позиции Франции и Британии сильно отличались. Британская сторона выступала за тщательное рассмотрение любых претензий на землю и выступала за защиту землевладений коренных жителей от посягательств со стороны европейцев. Франция же стремилась придать законную силу земельным приобретениям Французского общества. Решение в пользу европейца выносилось общим судом в том случае, если он смог доказать, что получил землю не обманным путём, или если предъявил акт о продаже, который был зарегистрирован на Фиджи, в Новой Каледонии или городе Порт-Вила. В результате рассмотрения земельных вопросов в 1905—1906 годах Франция фактически получила экономическое преобладание на Новых Гебридах.
Несмотря на создание кондоминиума, на островах отсутствовала централизованная система управления. Британские и французские поселенцы фактически подчинялись только решениям собственных национальных администраций, подпадали под действие только своих национальных законов и судов. Также на протяжении четырёх лет после подписания конвенции о создании кондоминиума на Новых Гебридах отсутствовало административное деление, а рассмотрение различных дел с участием меланезийцев осуществлял не общий суд, а Военно-морская комиссия. Общий же суд не начинал свою работу вплоть до 1910 года. Когда же суд был учреждён, решения в основном носили субъективный характер и часто не предусматривали наказания, например, за продажу алкоголя местным жителям, невыплату заработной платы работникам на плантациях. При этом британский судья защищал интересы британцев, а французский — французов. С созданием кондоминиума жизнь островитян нисколько не изменилась.
В 1911 году были предприняты первые шаги по проведению административной реформы. На острова Новых Гебрид предлагалось назначить представителей резидент-комиссаров (за исключением острова Эфате), которые следили за трудоустройством, рассматривали различные жалобы от населения. Первые четыре кандидатуры были определены в 1912 году. Британские представители были направлены на острова Танна и Эспириту-Санто, французские — на острова Малекула и Пентекост.
Однако между резидент-комиссарами существовали разногласия по поводу полномочий представителей. Британская сторона выступала за наделение их правом посещать плантации и торговые корабли независимо от государственной принадлежности. Французская же сторона категорически выступала против этого. Двойственность административной системы была закреплена протоколом 1914 года, согласно которому в каждом округе назначался как британский, так и французский окружной представитель.