Нарышкин вышел из церкви. Стрельцы, как только завидели его, с страшным воплем кинулись на жертву, но не убили немедленно же, как других, а потащили в Константиновский застенок. Других били или по ошибке, или в пылу гнева, или за свои старые обиды; но Нарышкин был обвинен в измене, в посягательстве на жизнь царевича; стрельцы взялись вывести измену из дворца, изменник в их руках, надобно его пытать; не вытерпит мук, признается - полное оправдание восстанию. Но стрельцы обманулись в своей надежде: Нарышкин не сказал ни слова под пыткою. Из застенка его вытащили на Красную площадь и рассекли на части. Наконец казнили иностранного доктора Даниила фон-Гадена, обвиненного в отравлении царя Феодора. Гаден, заслышав беду, успел было в нищенском платье уйти из Немецкой слободы, двое суток прятался в Марьиной роще и окрестных местах; голод заставил его возвратиться в Немецкую слободу, где надеялся приютиться у одного знакомого и поесть чего-нибудь, но на улице был узнан, схвачен и приведен во дворец. Здесь царевны и царица Марфа Матвеевна умоляли стрельцов пощадить доктора; уверяли, что он совершенно невинен в смерти царя Феодора, что он в их глазах сам прежде отведывал все лекарства, которые составлял для больного государя, - все понапрасну: стрельцы кричали: "Это не одно только, что он уморил царя Феодора Алексеевича, он чернокнижник, мы в его доме нашли сушеных змей, и за это надобно его казнить смертию". Гаден находился в одном положении с Нарышкиным: на нем лежали тяжкие обвинения относительно посяганий на здоровье государево, и его потащили в тот же Константиновский застенок на пытку. Стрельцы пытали, стрелец записывал пыточные речи. Гаден не вытерпел мук, наговорил на себя разные разности, стал просить, чтоб дали ему три дня сроку и он укажет тех, которые больше его достойны смерти. "Долго ждать!" - закричали стрельцы, разорвали записку с пыточными речами, потащили Гадена на Красную площадь и там разрубили на мелкие части.
На другой день, 18 числа, во дворец явились стрелецкие выборные изо всех приказов, но уже без оружия, били челом великому государю и государыням царевнам, чтоб боярина Кириллу Полуехтовича Нарышкина, родного деда своего, указал великий государь постричь. Просьба была немедленно же исполнена: старика постригли под именем Киприана и отослали в Кириллов Белозерский монастырь. 19 числа новое челобитье от солдат, стрельцов и пушкарей в заслуженных деньгах с 1646 года; выходило, что надобно было им заплатить 240000 рублей, кроме того, что им пожаловано было по 10 рублей на человека. Столько денег в казне, разумеется, не было, велено сбирать со всего государства, брать и посуду серебряную и из нее делать деньги. Но стрельцы и солдаты этим не удовольствовались, били челом, чтоб имение убитых было отдано им же. 20 числа еще челобитье: чтоб великий государь указал сослать в ссылку постельничего Алексея Лихачева, казначея Михайлу Лихачева, окольничего Павла Языкова, чашника Семена Языкова, думного дворянина Никиту Акинфиева, думных дьяков Богданова и Полянского, спальников Ловчикова и всех Нарышкиных, Андрея Матвеева, стольников - Лопухина, Бухвостова, Лутохина. Двор был очищен от враждебных Милославским людей, и стрелецкие челобитья о казнях и ссылках прекратились.
Стрельцы перестали бунтовать; но правительства не было; в церквах поминали великого государя Петра Алексеевича, но не "бессемейной" матери его было думать о правительстве, и с кем? Все пряталось и трепетало за собственную безопасность. Правительством должны были овладеть люди, которые не прятались и не трепетали, а действовали, - Софья со своими сестрами и приверженцами. Царевны управляли Россиею! Софья выдвинулась сама собою на первый план, и никто ей не мешал: это было единственное лицо из царского дома, которое хотело управлять, и все волею-неволею обращалось к ней, к ней обращались и стрельцы со своими просьбами или требованиями, и, разумеется, Софья спешила удовлетворить их, раздала им деньги, сколько только можно было собрать, посулила вперед по 10 рублей на человека, согласилась дать им почетное название "надворной пехоты". У надворной пехоты не было начальника: начальником ее стал, неизвестно по чьему указу, князь Хованский; главным орудием его или руководителем был стрелец Алексей Юдин, раскольник, выборный Воробина полка.
Софья управляла на деле; но это управление надобно было освятить правом: Софья управляла во дворце, а в церквах поминали великого государя царя Петра Алексеевича. 23 мая Хованский донес царевнам, что стрельцы прислали выборных: все стрельцы и многие чины Московского государства хотят, чтоб царствовали оба брата вместе, в противном случае грозят опять приходить с оружием. Царевны послали за боярами, окольничими и думными людьми; те не захотели решить такого великого дела одни; созван был собор, сошлись патриарх, архиереи и выборные из разных чинов людей Московского государства, т. е. города Москвы. Мысль, что придут опять стрельцы, заставила советных людей найти предложение двоевластия очень полезным: когда один царь пойдет с войском, то другой останется в Москве для внутреннего управления; не стало и за примерами истории, сходными и несходными, толковали о фараоне и Иосифе, об императорах Аркадии и Гонории, Василии и Константине. Решено: быть обоим братьям на престоле. Ударили в большой колокол, в Успенском соборе пели молебен и возгласили многолетие благочестивейшим царям Иоанну Алексеевичу и Петру Алексеевичу. Уже этим самым возглашением давалось первенство Иоанну перед Петром; но сочли за нужное выразить это еще определеннее, понизить Петра перед Иоанном, чтоб тем самым понизить царицу Наталью Кирилловну, отнять у нее возможность требовать себе правительства. Опять стрелецкие выборные явились с требованием, чтоб Иоанн был первым царем, а Петр вторым. Царевны объявили, что выборные говорят по внушению божию, и 26 мая дума вместе с патриархом и архиереями решила: Иоанну быть первым царем, а Петру вторым, что и объявлено стрельцам и всему народу. Стрельцов кормили во дворце, ежедневно по два полка, и 29 мая они объявили боярам, чтобы правительство, по молодости обоих государей, было вручено сестре их, царевне Софье Алексеевне. Началась обычная церемония: все стали упрашивать Софью принять правительство, та отказываться, наконец согласилась.