Оставшись господами во дворце, стрельцы бегали всюду по комнатам царевен; заглядывали под кровати, перетряхивали перины, рылись в чуланах, забегали в церкви, в алтари, ощупывали престолы и жертвенники, тыкали под них копьями, думая. что там скрылся кто-нибудь из Нарышкиных. Встретили стольника Федора Петровича Салтыкова, приняли его за Афанасия Кирилловича Нарышкина и убили; потом, увидя ошибку, отвезли тело к отцу, известному нам боярину Петру Михайловичу Салтыкову, с извинениями; старик отвечал: "Божья воля!" - и велел угостить убийц вином и пивом. В комнате царицы Натальи нашли они карла, прозвищем Хомяка, и спросили, где спрятались Нарышкины. Хомяк указал им в сенной церкви Воскресения под престолом место убежища Афанасья Нарышкина: стрельцы вытащили его на паперть, рассекли и выбросили на площадь. Ивана Фомича Нарышкина отыскали в доме его за Москвою-рекою и убили; убили и знаменитого воеводу двух последних царствований, князя Григория Григорьевича Ромодановского, на которого были злы со времени чигиринских походов; любимец покойного царя Феодора, боярин Языков, скрылся было у духовника своего при церкви Николы на Хлынове, но был предан холопом; стрельцы привели его к Архангельскому собору и изрубили на части; убили думного дьяка, управлявшего Посольским приказом, Лариона Иванова и несколько других, менее значительных людей. Все эти убийства сопровождались криками: "Любо ли?" - обращенными к окружавшему безоружному народу, от которого стрельцы требовали одобрения своим поступкам; надобно было кричать "любо!" и махать шапками; кто же не хотел кричать "любо!" или показывал вид сожаления, тех били. Убивши кого-нибудь, волокли в Спасские или Никольские ворота на Красную площадь; перед телом шли стрельцы как будто для почета и кричали: "Вот боярин Артемон Сергеевич! Вот боярин князь Ромодановский, вот Долгорукий, вот думный едет, дайте дорогу!" Мы видели, что стрельцы ходили к старому боярину Салтыкову с извинениями, что ошибкою убили сына его. С такими же извинениями явились они и к больному осмидесятилетнему Долгорукому, что не удержались в запальчивости, грех попутал, убили сына его, князя Михайлу. Старик спокойно выслушал их извинения, у него даже достало духа угостить их вином и пивом. Но когда убийцы ушли и к больному князю вошла невестка, вдова убитого, с громкими воплями о муже, Долгорукий сказал ей в утешение: "Не плачь! Щуку-то они съели, да зубы остались, недолго им побунтовать, скоро будут висеть на зубцах по стенам Белого и Земляного города". Холоп побежал за стрельцами и объявил им, что старик грозится. В ярости воротились стрельцы, стащили больного Долгорукого на двор, рассекли на части, выбросили за ворота в навозную кучу и на труп положили соленую рыбу.
Целый день 15 мая прохозяйничали стрельцы во дворце и Кремле. Когда смерклось, они разошлись по своим слободам, но в Кремле, Китае и Белом городе оставили крепкие караулы при всех воротах, наказав не пускать никого ни в Кремль, ни из Кремля.
16 мая утром стрельцы с теми же криками, при набате и барабанном бое опять явились у дворца с требованием выдачи Ив. Кир. Нарышкина; в противном случае грозили перебить всех бояр. Несмотря на эти угрозы, Нарышкина им не выдали, и, подождав до часа пополудни, они по-прежнему расставили везде свои караулы и ушли из Кремля. Ив. Кир. Нарышкин с отцом, братьями, родственниками и сыном убитого Матвеева, Андреем Артамоновичем, прятались сначала при комнате маленькой царевны Натальи Алексеевны, а потом в комнатах царицы вдовы Марфы Матвеевны; одна только постельница Марфы, Клушина, знала об убежище несчастных. 17 числа на рассвете Клушина отвела их в темный чулан, где они спрятались за перинами и подушками; дверь чулана, по совету Матвеева, нарочно оставили отворенною для избежания подозрений. Стрельцы в третий раз столпились у дворца с криком, чтоб выдали Нарышкина и что на этот раз они без него не выйдут из Кремля. Нет никакой нужды предполагать непременно, чтоб Софья и Милославский с товарищами не хотели успокоиться, пока Иван Нарышкин был в живых, что они до такой степени были озлоблены выходками молодого человека, выдававшегося вперед из всей фамилии, но не могшего быть опасным по личным достоинствам. Для них одна половина дела была сделана - Матвеев убит; оставалось сделать другую - отнять правление у мачехи, что легко было теперь сделать при помощи стрельцов, полновластных господ в Москве; еще 16 числа Хованский спрашивал стрельцов: "Выгнать ли из дворца царицу Наталью Кирилловну?" - и получил в ответ: "Любо, любо!" Другое дело - стрельцы: они пришли ко дворцу по вести о цареубийстве, весть оказалась ложною, но для оправдания себя зачинщики кричали, что если преступление не сделано, так сделается, что во дворце есть изменники, истребители царских семян, и главный - Иван Нарышкин, который уже и корону примеривал; убили Матвеева, против которого не слышалось никаких обвинений в измене, убили ошибкою Салтыкова, убили Долгоруких, а главный изменник жив! Зачем же приходили? Где же их служба царскому дому? Что выставлять заслугою и оправданием пролитой крови? Понятно, что не для заводчиков дела, но для целой массы необходимо было получить Нарышкина; только его выдачею мятеж действительно мог упасть, если не умели и не хотели прекращать его другими средствами. Царевна Софья резко сказала царице Наталье: "Брату твоему не отбыть от стрельцов; не погибать же нам всем за него!" Перетрусившиеся бояре со слезами просили царицу выдать брата и тем избавить их от смерти. Делать было нечего: Нарышкина вывели из его убежища и привели в церковь Спаса за Золотою решеткою; здесь его исповедали, приобщили, особоровали; по совету Софьи ему дали держать перед собою образ богородицы: быть может, убийцы постыдятся святыни? Началось страшное прощание сестры с братом, которого вели на мучительную смерть. Это прощание некоторым показалось очень долго. Перетрусившийся старик, князь Яков Никитич Одоевский, не мог выдержать, стал торопить царицу: "Сколько вам, государыня, ни жалеть, а все уже отдать придется; а тебе, Ивану, отсюда скорее идти надобно, а то нам всем придется погибнуть из-за тебя".