Но почет, оказываемый в Ферапонтове, не мог утешить Никона, который жаждал возвращения из ссылки, а об этом возвращении не было слуху. В августе пришел указ из Москвы - взять и сослать служку Яковлева за то, что он, не спросясь с Наумовым, ездит всюду по поручению Никона. Никон, по своему обычаю, вспылил, называл Наумова вором, царскую грамоту ложною, кричал: "Это все делает Дементий Башмаков без государева указа!" Покричавши, наконец выдал служку. Этот случай показал ему, что в Москве не только не думают о его возвращении, но даже и о смягчении наказа приставу. Никон попробовал, нельзя ли уступчивостью получить то, что прежде хотел взять жесточью, угрозою. Прежде он отказывал дать царю благословение и прощение, требуя, чтоб царь сперва возвратил его из ссылки; теперь он посылает благословение и прощение в надежде, что следствием этого будет возвращение из Ферапонтова. Он призвал Наумова и спросил: "Какой с тобою ко мне приказ от великого государя?" Наумов повторил, что государь приказывал просить его о благословении и прощении. Тогда Никон отдал ему письмо для отсылки к государю: "Великому царю государю и великому князю богомолец ваш смиренный Никон, милостию божиею патриарх, бога моля, челом бью. В нынешнем 176 (1667) году сентября 7 приходил ко мне Степан Наумов и говорил мне вашим государским словом, что велено ему с великим прошением молить и просить о умирении, чтоб я, богомолец ваш, тебе, великому государю, подал благословение и прощение, а ты меня, по своему государскому рассмотрению, милостию своею пожалуешь. И я тебя, царицу, царевичей и царевен благословляю и прощаю, а когда ваши государские очи увижу, тогда вам, государям, со святым молитвословием наипаче прощу и разрешу, яко же св. Евангелие наказует и деяния св. апостол всюду с возложением рук прощение и цельбу творить".
Но прошел год - из Москвы ответа не было; Никон вышел из терпения и решился напомнить о себе другим способом. В октябре 1668 года явился в Москву от него монах Флавиан и подал царю письмо: "Иже жив сый привмененный с нисходящими в ров, седяй во тьме и сени смертней, окован нищетою паче желез, богомолец ваш смиренный Никон, милостию божиею патриарх. Извещаю вам, великим государям, за собою великое ваше слово, а писать тебе нельзя, боюсь изменников твоих: послыша такое твое большое дело, меня изведут, а твое дело погаснет без вести. Пристав Степан Наумов, приходя, сказывал мне милость твою с часу на час, со дня на день, с месяца на месяц: но твоя милость удалилась от меня, зане прогневал ярость твою, и я, видя, что дело твое замедлилось, 7 сентября призывал к келье новоспасского архимандрита Иосифа, стрелецкого сотника Саврасова, ферапонтовского игумена, келаря и всех стрельцов и сказывал твое великое слово, чтоб архимандрит и сотник дали мне подводу и провожатых добрых, с кем бы мне к тебе с этим великим делом отпустить своего человека, и дело им объявил твое безголовное, что на Москве изменники твои хотят тебя очаровать или очаровали. Архимандрит, сотник и стрельцы согласились; но изменник келарь Макарий начал кричать: "Нам через государев указ подвод давать нельзя". Я сотнику и стрельцам велел взять моих лошадей и велел к тебе писать, что от меня слышали; но келарь для письма подьячего не дал; я говорил сотнику, чтоб ехал он сам и без письма; сотник хотел ехать, но Степан Наумов прислал человека своего: холоп, прибежав на монастырь, кричал, что Степан не велел никого отпускать и лошадей давать; приехал и сам Степан на конюший двор с ослопом, сотника и стрельцов хотел бить, лошадей всех взял к себе в руки и никому не дал, кричал: "Увижу, кто поедет! что он меня стращает! я не малый ребенок; у меня есть великое дело и на самого патриарха, и мне это дело надобно отпустить". Я говорил, чтоб сотник и стрельцы шли пешком в Кириллов; но Степан и в Кириллов пускать их не велел, кричал: "Моя в том голова!", но ведь его голова перед твоею очень недорога! На другой день отпустил он в Москву человека своего Андрюшку да вора стрельца Якимка, а меня велел заковать и около кельи поставить семь караулов".
20 октября бояре, в присутствии царя, допрашивали старца Флавиана, в чем состоит великое дело, с которым прислал его Никон? Флавиан объявил: "В Петров пост пришел в Ферапонтов монастырь из Москвы Воскресенского монастыря черный поп Палладий и сказал Никону, что был он в Москве, на Кирилловском подворье, и сказывал ему черный поп Иоиль про окольничего Федора Ртищева; говорил Ртищев Иоилю: "Сделай то, чтоб мне у великого государя быть первым боярином". Иоиль окольничему сказал: "Мне сделать этого нельзя, а есть у тебя во дворе жонка цыганка, которая умеет эти дела делать лучше меня". Ртищев отвечал: "Жонке говорить об этом нельзя, потому что она хочет за меня замуж". Но вслед за Флавием Никон прислал письмо, в котором также излагал речи Палладия, но вместо Ртищева являлся тут боярин Богдан Матвеевич Хитрово с жонкою-литовкою; в письме Никона Иоиль говорил Палладию: "Никон меня не любит, называет колдуном и чернокнижником; а за мною ничего того нет, только я умею звездочетие, то у меня гораздо твердо учено; меня и вверх государь брал, как болела царевна Анна, и я сказал, что ей не встать, что и сбылось, и мне государь указал жить в Чудове, чтоб поближе; мне и Богдан Хитрой друг и говорил мне, чтоб я государя очаровал, чтоб государь больше всех его, Богдана, любил и жаловал, и я, помня государеву милость к себе, ему отказал, и он мне сказал: "Нишкни же!", и я ему молвил: "Да у тебя литовка то умеет; здесь, на Москве, нет ее сильнее". И Богдан говорил: "Это так, да лихо запросы велики, хочет, чтоб я на ней женился, и я бы взял ее, да государь не велит".