21 декабря Никон был уже в Ферапонтове; первым делом Иосифа было потребовать от него архиерейскую мантию и посох; Никон отдал безо всякого возражения; просил только, чтоб монахов и бельцов, которые с ним приехали, пускать по воле всюду, куда они ни захотят. На смену Иосифу нижегородскому отправился другой Иосиф, архимандрит новоспасский, которому дан был наказ: "Беречь, чтоб монах Никон писем никаких не писал и никуда не посылал; беречь накрепко, чтоб никто никакого оскорбления ему не делал; монастырским ему владеть ничем не велеть, а пищу и всякий келейный покой давать ему по его потребе". Но этот наказ не мог быть легко исполнен относительно ферапонтовского заточника. Никон но своей природе не мог оставаться в покое и оставлять других в покое; значение патриарха было слишком велико на Руси; Никон, и будучи в Москве, и будучи в Воскресенском монастыре, наделал слишком много шуму, произвел слишком сильное впечатление, которое не теряло этой силы по мере отдаления от главной сцены действия; русские люди того времени так легко подчинялись влиянию лица, умевшего внешними средствами выставить права, хотя бы даже мнимые, хотя бы даже исчезнувшие; наконец, сам царь Алексей Михайлович, по природе своей, не давал Никону успокоиться, сам поддерживал в нем мечты о возможности перемены, сам поддерживал в нем притязания на значение, высшее того, какое оставил при нем собор. Сильно раздраженный письмом Никона к патриархам, Алексей Михайлович схватился враждебно на соборе с прежним своим собинным приятелем, когда увидал его лицом к лицу, также гневного, по-прежнему гордого, неуступчивого, скорого на обиду. Но когда дело кончилось, приговор был произнесен - и вместо святейшего патриарха, великого государя Никона, в воображении царя явился бедный монах Никон, ссыльный в холодной пустыни Белозерской, гнев прошел, прежнее начало пробуждаться, Алексей Михайловичу стало жалко, ему стало страшно... В религиозной душе царя поднимался вопрос: по-христиански ли поступил он? не должен ли он искать примирения с Никоном, хотя и не был вправе изменять приговора соборного? Мы видели, как он перед отъездом Никона в Ферапонтов послал просить у него благословения; потом, когда в 1667 году на перемену приставу Шепелеву послан был из Москвы в Ферапонтов новый пристав, Наумов, то царь поручил ему также просить у Никона себе благословения и прощения. Но Никон не понял или не хотел понять побуждений, руководивших царем в этом случае; не в его характере было сообразоваться с христианскою заповедью о прощении врагов, о примирении с братом прежде приступления к алтарю; он хотел воспользоваться совестливостью царя в этом отношении для улучшения своей участи: "Ты боишься греха, просишь у меня благословения, примирения; но я даром тебя не благословлю, не помирюсь; возврати из заточения, так прощу". "Когда перед моим выездом из Москвы, - писал Никон царю, - ты присылал Родиона Стрешнева с милостынею и с просьбою о прощении и благословении, я сказал ему - ждать суда божия. Опять Наумов говорил мне те же слова, и ему я то же отвечал, что мне нельзя дать просто благословения и прощения: ты меня осудил и заточил, и я тебя трикраты проклял по божественным заповедям, паче Содома и Гоморра: в первый раз, как уходил с патриаршества ради гнева твоего, выходя из церкви, отряс прах от ног своих; во второй раз, как приходил перед Рождеством и был изгнан - во всех воротах городских отрясал прах; в третий раз, как был у тебя в столовой в другой раз, выходя, стал посреди столовой и, обратясь к тебе, отрясая прах ног, говорил: кровь моя и грех всех буди на твоей главе!"
С этой же целию - напугать царя Никон в Ферапонтове вздумал повторить то же, что он сделал в Москве во время суда над ним. 6 марта 1667 года является к Наумову монах и говорит ему от имени Никона: "Пошли за всякими запасами в Воскресенский монастырь, а государевых запасов принимать и есть мы не хотим, потому что Никон-патриарх на государя гневается, государь его сослал в ссылку, а не вселенские патриархи, и за это нам государева подаяния принимать и есть нельзя". "Как ты смеешь называть Никона патриархом!" - сказал Наумов монаху. "Тебя я не слушаю, - отвечал тот, - а Никона и впредь буду называть патриархом и под благословение ходить: слышали мы и то, что теперь поставлен новый патриарх, Иосаф, и то непрямой патриарх, и вселенские патриархи непрямые, отставные и нанятые, просили они у нашего Никона-патриарха посулу 3000 и говорили: ты у нас по-прежнему будешь патриарх; Никон 3000 им не дал, и они, за то на него осердясь, и отставили". Еще более придал духа Никону приезд стряпчего Ивана Образцова в июле 1667 года. Видя, что Наумов слишком строго держит заточника, Образцов посадил Наумова в сторожку, где тот и сидел часа с три. Никон сердился и говорил: "Степан мучил меня тридцать недель, а его посадили только на три часа". Наумов пришел к нему просить прощения, кланялся и говорил: "Я человек невольный: как мне приказано, так и делал". Никон за эти слова его простил, и с тех пор началась у них дружба. Пристав начал приходить к Никону и рассказывать всякие вести из Москвы. Оба - и пристав и заточник с одинаковою легкостью верили всяким слухам: так, однажды люди Наумова, возвратясь из Москвы, рассказывали, что Никону быть папою. Наумов испугался, начал Никона патриархом звать и под руки водить; толковал: "Дай государю благословение и прощение, а государь тебе ни за что не постоит, голова моя в том!"; рассказывал, будто государь, отпуская его в Ферапонтов, наказывал умаливать Никона о благословении и прощении; а когда он запросил наказа на письме, то Алексей Михайлович рассердился и сказал: "Что ж мне тебе запись дать, чтоб ты ее с женою дома читал, а словам моим не веришь!" С 23 июля начали к Никону приезжать всяких чинов люди, из городов посадские, с Белоозера земской избы староста да кружечного двора голова, каргопольцы, из разных монастырей монахи, из девичья Воскресенского монастыря игуменья Марфа; все эти гости подходили к Никону под благословение, целовали его руку, величали патриархом, сидели у него в келье с утра до вечера; в девичий монастырь за монахинями Никон посылал на монастырских подводах, стал владеть всем монастырем и монастырскою вотчиною; на представления Наумова отвечал с сердцем: "Не указал тебе государь ни в чем меня ведать". Из старых вотчин его, из села Короткова и из села Богословского, начали приезжать монахи и крестьяне с челобитьями об указе и привозили деньги. Наумов, по наказу, запрещал давать Никону бумагу и чернила; тот дразнил его: "Ты мне запрещаешь давать бумаги и чернил, а я с Москвы с собою привез четыре чернильницы и бумагу, вот смотри!" - и показывал бумаги дестей с восемь. Архимандрит Иосиф и ферапонтовский игумен Афанасий увлеклись общим примером, начали Никона называть патриархом, целовать в руку, поминать на ектениях по-прежнему; Иосиф дурно отзывался о новом патриархе Иоасафе; Никону это очень нравилось и он дарил Иосифа сукнами и шубами.