Призвали к допросу Иоиля: тот объявил, что приходил к Палладию лечить его, но ни об чем другом с ним не разговаривал, а у Хитрова никогда и на дворе не бывал. Призвали Палладия: тот объявил, что лечился у Иоиля, но ни о чем с ним не говаривал и в Ферапонтове Никону ни о чем не сказывал: "Вольно старцу Никону меня поклепать, он затевать умеет. В то время как я жил в Ферапонтове монастыре, приезжал стряпчий Иван Образцов и привез Никону государева жалованья 500 рублей, да старцам, которые с ним, 200 рублей; Никон им этих денег не дал: я об этом с старцами поговорил, и Никон, узнавши, велел меня из Ферапонтова выбить дубьем". Иоиля обыскали и нашли книги: одна книга латинская; одна по-латыни и по-польски; книга печатная счету звездарского, печатана в Вильне и 1586 году: книга письменная с марта месяца во весь год лунам и дням, и планитам и рождениям человеческим в месяцах и в звездах: тетрадь письменная о пускании крови жильной и рожечной: записка, кого Иоиль излечил, и те люди приписывали руками своими.
В ноябре отправился в Ферапонтов стрелецкий голова Лутоxин: он должен был рассказать Никону все дело, как найдена разница между его письмом и изветом Флавиана: в одном Хитров, в другом Ртищев, и объявить, что Иоиль не винится. Лугохин должен был также спросить Никона: в келию воду сам он носит и дрова рубит своею ли волею или поневоле? Никон отвечал: "Я приказывал Флавиану известить о Хитрове, а не о Ртищеве, да и не пристало про Федора Михайловича тому быть, потому что он человек женатый; Флавиан ослышался. Я не задержал Палладия и не отправил к государю потому, что надеялся вскоре сам государевы очи видеть: сказывал мне Наумов, что меня великий государь пожалует, велит взять в Москву скоро, выманил у меня Наумов великому государю и его дому благословение и прощение тем, что государь меня пожалует, велит из Ферапонтова освободить и все мои монастыри отдать. Терпел я после того договора год два месяца в заточении и никаких клятвенных слов не говорил; вперед еще мало потерплю, а если по договору ко мне государской милости не будет, то я по-прежнему ничего государева принимать не стану и перед богом стану плакать и говорить те же слова, что прежде говорил с клятвою". Лутохин: "Дай мне росписи тому, чего тебе не дают из кушанья?" Никон: "Что мне росписи давать! у меня никогда, кроме щей да квасу худого, ничего не бывает, морят меня с голоду". Лутохин справился; Наумов и монастырские власти показали, что у Никона никогда без живой рыбы и без пива не бывало; показали и садки, где для него рыба, стерляди и щучки, язи, окуни и плотва. Но Никон сказал, что этой рыбы есть нельзя, иссиделась; что дрова и воду сам носил за безлюдством, а теперь не носит. Лутохину показали кресты, которые водрузил Никон в разных местах с надписями: "Никон, божиею милостию патриарх, поставил сии крест Христов, будучи в заточении в Ферапонтове монастыре".
Но в то время как Никон объявлением великого государева дела про Хитрово хотел показать свое усердие и проложить себе дорогу к возвращению из ссылки, про него самого объявилось великое государственное дело, давшее новое блистательное торжество Хитрово с товарищами и отяготившее участь заточника. Из Ферапонтова приехал архимандрит Иосиф и донес: "Весною 1668 года были у Никона воры, донские козаки; я сам видел у него двоих человек, и Никон мне говорил, что это донские козаки, и про других сказывал, что были у него в монашеском платье, говорили ему: "Нет ли тебе какого утеснения: мы тебя отсюда опростаем". Никон говорил мне также: "И в Воскресенском монастыре бывали у меня донские козаки и говорили: если захочешь, то мы тебя по-прежнему на патриаршество посадим, сберем вольницу, боярских людей". Никон сказывал мне также, что будет о нем в Москве новый собор по требованию цареградского патриарха: писал ему об этом Афанасий иконийский". Монах Пров донес, что Никон хотел бежать из Ферапонтова и обратиться к народу с жалобою на напрасное заточение.
Афанасия иконийского сослали в Макарьев монастырь на Унжу; Никона затворили в келье.
Кончина царицы Марии Ильиничны опять напомнила царю о старом собинном приятеле. Он отправил в Ферапонтов близкого человека, Родиона Матвеевича Стрешнева, с деньгами Никону на помин души царицыной. Никон не взял денег. Но это было последнее проявление твердости с его стороны. Летом 1671 года он попытался напомнить о себе, выставить свое достоинство, прозорливость и заслугу для государства; он призвал пристава, князя Шайсупова, который заменил Наумова, и начал ему говорить: "Когда приезжал ко мне от государя с милостынею по царице Родион Матвеевич Стрешнев, то я ему о преставлении царевича Алексея Алексеевича и о разорении козацком, чему быть, назначил, а мне это было объявлено от господа бога; да и впредь, если вселенских и московского патриархов на весь православный российский народ безрассудная запретительная клятва не снимется, добра ждать нечего; обо всем этом писал я к великому государю. При Степане Наумове в Ферапонтов монастырь приходили три человека козаков, Федька да Евтюшка, а третьего позабыл, как звали, которые прежде были на службе с князем Юрием Алексеевичем Долгоруким, сказались, будто они идут богу молиться в Соловецкий монастырь, а они не богомольцы, не в Соловецкий шли, приходили они для меня, собравшись нарочно, звали меня с собою, пришло их двести человек; Степана Наумова хотели убить до смерти, Кириллов монастырь разорить и с казною его, запасами и пушками хотели идти на Волгу; но я на ту их воровскую прелесть не подался, во всем отказал, от воровства их унял и с клятвою им приказывал, чтоб великому государю вины свои принесли, и они пропали неведомо куда".