Отправив посланцев, собор занялся чтением правил, присланных патриархами. Паисий и Макарий подтвердили, что правила действительно посланы ими, и спросили: "По этому свитку Никон повинен ли?" "Повинен", - отвечали архиереи и бояре. Между тем Филарет и Варлаам встретили Никона уже на дороге в Москву, куда он приехал в 12 часов ночи. На другой день, 1 декабря, в третьем часу дня собор в прежнем порядке уже заседал в столовой избе. За Никоном были посланы наш старый знакомый Мефодий, епископ Мстиславский, и два архимандрита; они должны были сказать Никону, чтоб шел на собор смирным обычаем: но. он пошел, как всегда ходил: перед ним несли крест. По-патриаршески вошел он и в столовую избу: говорил вход и молитву за здоровье государя и всего царствующего дома, патриархов и всех православных христиан; присутствующие все стояли во время молитвы: изговоря вход, поклонился государю до земли трижды, патриархам дважды; те обратились к нему с приглашением сесть по правую сторону близ государева места. Но Никон, увидав, что его приглашают садиться на одной лавке с другими архиереями, что особого моста для него нет, отвечал: "Я места себе, где сесть, с собою не принес, разве сесть мне тут, где стою; пришел я узнать, для чего вселенские патриархи меня звали?" Тут царь сошел с своего места, стал перед патриархами и начал говорить: "От начала Московского государства соборной и апостольской церкви такого бесчестья не бывало, как учинил бывший патриарх Никон: для своих прихотей самовольно, без нашего повеления и без соборного совета церковь оставил, патриаршества отрекся никем не гоним, и от этого его ухода многие смуты и мятежи учинились, церковь вдовствует без пастыря девятый год: допросите бывшего патриарха Никона, для чего он престол оставил и ушел в Воскресенский монастырь?" Патриархи обратились с этим вопросом к Никону, и тот отвечал: "Есть ли у вас совет и согласие с константинопольским и иерусалимским патриархами, что меня судить? А без их совета я вам отвечать не буду, потому что хиротонисан я от константинопольского патриарха". Паисий и Макарий указали ему на свитки, содержащие полномочие от двух остальных патриархов. Тогда Никон бил челом государю и патриархам, чтоб выслали из собора недругов его, Питирима, митрополита новгородского, и Павла сарского, которые хотели его отравить и удавить. Питирим и Павел отвечали, что это ложь и что у государя есть дело чернеца Феодосия.
Царь поднес это дело патриархам. Патриархи снова повторили вопрос Никону: для чего отрекся от патриаршества? Никон стал говорить о теймуразовском обеде, повторил исчисление всех полученных им оскорблений, как он это сделал в письме к патриархам. Царь отвечал: "Никон писал ко мне и просил обороны от Хитрово в то время, как у меня обедал грузинский царь, и в ту пору розыскивать и оборону давать было некогда". Ответ этот был очень неудовлетворителен: если некогда было во время стола, то было время после; впрочем, царь спешил дать более благоприятный для себя оборот делу. "Никон-патриарх говорит, - продолжал он, - будто человека своего присылал для строения церковных вещей, но в ту пору на красном крыльце церковных вещей строить было нечего, и Хитрово зашиб его человека за невежество, что пришел не вовремя и учинил смятение, и это бесчестье к Никону-патриарху не относится: а в праздники выходу мне не было за многими государственными делами. Я посылал к нему боярина князя Трубецкого и Родиона Стрешнева, чтоб он на свой патриарший стол возвратился, а он от патриаршества отрекался, сказывал: как-де его на патриаршество обирали, то он на себя клятву положил - быть на патриаршестве только три года. Посылал я князя Юрия Ромодановского, чтоб он вперед великим государем не писался, потому что прежние патриархи так не писывались, но того к нему не приказывал, что на него гневен". Ромодановский объявил, что он о государеве гневе не говаривал. Патриархи спросили Никона: "Какие обиды тебе от великого государя были?" "Никаких обид не бывало, - отвечал он, - но когда он начал гневаться и в церковь ходить перестал, то я патриаршество и оставил". Царь: "Он писал ко мне по уходе: будешь ты великий государь один, а я, Никон, как один от простых". Никон: "Я так не писывал".
Патриархи обратились к архиереям с вопросом: "Какие обиды были Никону от государя?" "Никаких", - был ответ. Никон: "Я об обиде не говорю, а говорю о государеве гневе; и прежние патриархи от гнева царского бегали, Афанасий александрийский и Григорий Богослов". Патриархи: "Другие патриархи оставляли престол, да не так, как ты: ты отрекся, что вперед не быть тебе патриархом, если будешь патриархом, то анафема будешь". Никон: "Я так не говаривал, а говорил, что за недостоинство свое иду; а если б я отрекся от патриаршества с клятвою, то не взял бы с собою святительской одежды". Патриархи: "Когда ставят в священный чин, то говорят: достоин; а ты как святительскую одежду снимал, то говорил: недостоин". Никон: "Это на меня выдумали". Царь: "Никон писал в грамотах своих к св. патриархам на меня многие бесчестья и укоризны, а я на него ни малого бесчестья и укоризны не писывал. Допросите его: все ли он истину безо всякого прилога писал? за церковные ли догматы он стоял? Иосифа-патриарха святейшим и братом себе почитает ли и церковные движимые и недвижимые вещи продавал ли?" Никон: "Что в грамотах писано, то и писано, а стоял я за церковные догматы; Иосифа-патриарха почитаю за патриарха, а свят ли он - того не ведаю; церковные вещи продавал я по государеву указу".