Письмо это всего более раздражило царя против Никона: если и прежде Никон не щадил жестких выражений относительно Алексея Михайловича, то это было дело свое, домашнее, о котором знали свои, немногие; а теперь Никон решился выставить в черном свете поведение государя относительно себя, относительно церкви и всего народа перед чужими, и именно перед людьми, добрым мнением которых, по религиозности своей, Алексей Михайлович очень дорожил. В сильном волнении и с досадою читал он это письмо, что видно из собственноручных заметок его на полях; так, например, против того места, где Никон говорит, что тяжкие дани, налагаемые царем на народ, не приносят никакой пользы, Алексей Михайлович написал: "А у него льготно и что в пользу?"
Пришла весть, что патриархи едут в Москву; по военным обстоятельствам они не могли ехать европейским путем, чрез европейские украйны, ехали дорогою азиатскою через Астрахань, поднимаясь оттуда Волгою. 11 марта 1666 года царь писал астраханскому архиепископу Иосифу: "Как патриархи в Астрахань приедут, то ты бы ехал из Астрахани в Москву с ними вместе и держал к ним честь и береженье; если они станут тебя спрашивать, для каких дел вызваны они в Москву, то отвечай, что Астрахань от Москвы далеко, и потому ты не знаешь, для чего им указано быть в Москву, думаешь, что велено им приехать по поводу ухода бывшего патриарха Никона и для других великих церковных дел, а того не сказывай, как ты был у него вместе с князем Никитою Ивановичем Одоевским, во всем будь осторожен и бережен, да и людям, которые с тобою будут, прикажи накрепко, чтоб они с патриаршими людьми о том ничего не говорили и были б осторожны".
Издержек для дорогих гостей не щадили: под патриархами было 500 лошадей! Но скоро царю дали знать, что патриархи везут с собою из Астрахани в Москву наборщика печатного двора Ивана Лаврентьева, который по царскому указу сослан был на Терек за то, что завел латинское воровское согласие и многие римские соблазны; везут с собою слугу гостя Шорина Ивана Туркина, писавшего к воровским козакам воровские грамотки, по которым козаки грабили царский насад, торговые суда и многих людей побили до смерти. 5 сентября царь писал к многострадальному иеродиакону Мелетию Греку, провожавшему патриархов, чтоб он обходился с гостями учтиво, во всем их государскою милостию обнадеживал, но сказал им, чтоб они с великим государем не ссорились, воров в Москву не возили, а отдали бы их воеводам. Приставы, находившиеся при патриархах, доносили, что по дороге, по городам и селам, патриархи принимают челобитные и розыски чинят: в Симбирске остригли и велели посадить в тюрьму протопопа Никифора за крестное знамение и за то, что не служит по новым служебникам; там же остригли дьякона девичья монастыря за связь с монахинею; в городке Урене остригли попа по челобитной дочери его духовной и по сыску сторонних священников и многих людей. В этих распоряжениях в Москве не могли найти ничего противозаконного.
В Москве патриархов ждала великолепная встреча, богатые подарки, приветственные речи. "Вас благочестие, яко самих святых верховных апостол, приемлем, - говорил им сам царь, - любезно, яко ангелов божиих, объемлем, верующе, яко всесильного монарха всемощный промысл, вашим зде архиераршеским пречестным пришествием всяко в верных сомнение искоренити, всяко желаемое благочестивым благое исправление насадити и благочестие, еже паче солнца в нашей державе сияет, известными свидетелями быти и св. российскую церковь и всех верных возвеселити, утешити. О святая и пречестная двоице! Что вас наречем толик душеспасительный труд подъемших? Херувимы ли, яко на вас почил есть Христос? Серафимы ли, яко непрестанно прославляете его?" и т. д.
Приступили к делу. 5 ноября патриархи три часа сидели с царем наедине; седьмого числа к совещанию были допущены архиереи, бояре, окольничие и думные люди. Государь говорил об уходе из Москвы Никона-патриарха, архиереи подали сказки и выписку из правил. 28 ноября третье заседание: царь вычитал обвинения Никону и просил патриархов решить дело по правилам и по своему рассмотрению. Патриархи отвечали, что надобно позвать Никона на собор и потребовать от него ответа. На другой день отправились за Никоном в Воскресенский монастырь Арсений, архиепископ псковский, Сергий, архимандрит Спасо-Ярослав-ского, и Павел, суздальского Евфимиева монастыря. "Я поставление святительское и престол патриаршеский имею не от александрийского и не от антиохийского патриархов, но от константинопольского, - отвечал им Никон, - александрийский и антиохийский патриархи и сами живут не в Александрии и не в Антиохии: один живет в Египте, а другой в Дамаске: если же патриархи пришли по согласию с константинопольским и иерусалимским патриархами для духовных дел, то я в царствующий град Москву приду для духовных дел известия ради". 30 ноября патриархи, архиереи и синклит собрались в столовой избе: государь сидел на царском месте, патриархи подле него на левой стороне в креслах, архиереи на правой стороне на скамьях, бояре, окольничие и думные люди по левую сторону на скамьях. Объявлен был ответ Никона и показался досадителен; определили послать вторично Филарета, архимандрита владимирского Рождественского монастыря, и новоспасского келаря Варлаама Палицына. которые повезли Никону такую грамоту: "Ты великого государя указа и св. патриархов повеления не послушал, в Москву не поехал, отказал нечестно: и великий государь за премногое свое беззлобие и долготерпение и св. патриархи и преосвященный собор, презревши твои досады и непослушание, прислали к тебе в другой раз, чтоб ты приезжал в Москву 2 декабря во втором или третьем часу ночи, не раньше второго и не позднее третьего часа, и остановился бы на Архангельском подворье в Кремле у Никольских ворот: ехать тебе смирным образом в 10 человеках или меньше".