Призвали Зюзина к допросу: он сказал, что письмо его руки, посылал он такое письмо патриарху дважды с поддиаконом Никитою, патриарх отвечал ему письменно; он его письма и свои жег, патриарх присылал ему его письма назад, кроме последнего. Никита-поддиакон сказал, что когда он привез к Никону грамотку, то патриарх, прочтя, сказал: "Буди в том воля божия, сердце царево в руце божией, я миру рад". Ордин-Нащокин показал: "Приехал Никита Зюзин в Москву из Новгорода и сказывал мне: писал ему в Новгород патриарх Никон из Воскресенского монастыря о видении ему Петра-митрополита, и как он, Зюзин, из Новгорода ехал в Москву и был в Воскресенском монастыре у патриарха, то Никон ему сказывал, что о видении писал он к государю, и в Москве решили, что он пророчествует о Вельзевуле, а скоро потом у великого государя во дворце погорели сушильни. Зюзин, - продолжал Нащокин, - хотел деньги занимать для отвоза поташу в Вологду и говорил: патриарх Никон меня в бедности не покинул бы, да не смею я ему бить челом для людских переговоров: слышу, что патриарх горько плачет и говорит на людей, что великому государю приносят на него ссоры невместные; за грехи наши всенародные, чего и не ждали, случилось: между великим государем и патриархом учинилась ссора! А здесь я не слыхал, чтоб великий государь говорил что про патриарха, и, будучи в Савине монастыре, он посылал к патриарху стольника Григория Собакина с своею милостью. Говоря это, Зюзин плакал. Я к тем его речам ему молвил: слышал я от великого государя, как возвратился он из Савина монастыря, что приходил к нему от патриарха воскресенский архимандрит, а в село Хорошово приходил старец Григорий Неронов и говорил про патриарха вздорные речи, что и слушать нечего". При вторичном допросе Зюзин объявил, что Нащокина и Матвеева он поклепал, Нащокин говорил ему: хорошо бы, если бы к моему посольству был и патриарх, и что у государя на патриарха гнева нет; тут он, Зюзин, сказал ему, что будет писать к патриарху, звать его в Москву, и Нащокин отвечал: "Хорошо, если тебе патриарх советен, кабы то господь бог церковь умирил!" Нащокин на это показал, что ничего подобного не бывало: прибавил только, что Зюзин занял у него денег 50 рублей, а потом, когда Нащокин был болен, приезжал сказать, что этих денег мало на провоз поташу. Нащокин просил у государя прощения: "В 1662 году, в сентябре или октябре месяце, государь мне говорил, чтоб мне с Зюзиным не знаться, потому что он многоязычен и приплетет меня к ненадобным делам, и как я приехал в Москву изо Львова, то при первой встрече с Зюзиным объявил ему, чтоб он со мною нигде не видался, потому что он человек опальный: но теперь для его, Никитиных, слез двора своего от него запереть не велел: в том я перед великим государем виноват, достоин казни и без повеления великого государя по исповеди к причастию сего декабря 24-го числа приступить не смею". При пытке Зюзин сказал, что все Никоновы письма показывал Нащокину; сказывал ему и про те письма, которые писал к Никону. только не тем лицем, как он в письмах писал, и Нащокин ему сказал: "Хорошо". Что же это значит? По всем вероятностям, Нащокин говорил Зюзину, что со стороны царя не будет препятствий к примирению, что у государя гнева нет на патриарха; вероятно, и одобрил намерение Зюзина склонить Никона сделать первый шаг; а Зюзин, чтоб сильнее подействовать, написал письмо известного нам содержания, причем действительно поклепал Нащокина и Матвеева, написавши не тем лицем. Бояре приговорили Зюзина к смертной казни; но царь, по просьбе сыновей своих. как объявлено, изменил приговор боярский, приказал сослать Зюзина в Казань, где записать на службу, а поместья и вотчины отписать в казну, двор же и движимое имение отдать ему на прокормление.
Увидавши, что в Москве нельзя ничего сделать, Никон обратился к патриархам, хотел заранее подробно объяснить им дело с своей точки зрения, оправдать свое поведение. Но трудно было переслать грамоты к патриархам. Случай представился, когда в 1665 году приехал в Москву гетман запорожский Иван Мартынович Брюховецкий. У Никона в Воскресенском монастыре жил в детях боярских двоюродный племянник его от сестры, курмышский посадский Федот Тимофеев Марисов; этого Марисова патриарх прислал к Брюховецкому с просьбою взять его с собою в Малороссию и оттуда отпустить в Константинополь. Но гетман отказался. Тогда служка патриарший, Иван Шушера, автор известного жития Никонова, подкупил козака васильковца Кирилла Давыдовича, который взял с собою Марисова, объявив, что это его племянник, взятый в плен во время похода Бутурлина на Львов; дело было обделано за 50 рублей и 50 золотых. Из Москвы Марисов выехал благополучно; но скоро здесь проведали об его отъезде, и в январе 1666 года послан гонец к Брюховецкому с требованием захватить патриаршего посланца; Марисова поймали и прислали в Москву вместе с грамотами: грамоты эти были прочтены: в них Никон подробно описывал патриархам, что случилось с ним с того времени, как вступил он на патриарший престол, описывал, как по возвращении из Соловок силою взяли его из дому, привели в собор, и здесь царь со всем народом, приклоняясь к земле, со слезами умолял принять патриаршество; как он согласился с условием, чтоб все слушались его во всем как начальника и пастыря. Сперва царь был благоговеен и милостив и во всем божиих заповедей искатель, но потом начал гордиться и выситься. Дело дошло и до явных оскорблений: Хитрово прибил во дворце слугу патриаршего и остался без наказания: царь перестал являться в соборную церковь, когда служил там он, патриарх; князь Юрий Ромодановский прямо объявил ему гнев царский; тогда он, от этого гнева и от бесчиния народного, удаляется из Москвы в Воскресенский монастырь. "Уезжая из Москвы, - пишет Никон, - я взял архиерейское облачение, всего по одной вещи для архиерейской службы: я ушел, но не отказался от архиерейства, как теперь клевещут на меня, говоря, будто я своею волею отрекся от архиерейства. Я ждал, что царское величество помирится со мною; царь, узнав, что я хочу уехать в Воскресенский монастырь, прислал бояр сказать мне, чтоб я не ездил до тех пор, пока не увижусь с ним; я ждал на подворье три дня и только по прошествии трех дней уехал в Воскресенский монастырь. За нами прислал царское величество в монастырь тех же бояр, которые спрашивали нас: зачем ты без царского повеления ушел из Москвы? Я отвечал, что ушел не в дальние места; если царское величество на милость положит и гнев свой утолит, опять придем: и после этого о возвращении нашем от царского величества ничего не было. Приказали мы править на время крутицкому митрополиту Питириму: и по уходе нашем царское величество всяких чинов людям ходить к нам и слушаться нас не велел, потребное от патриаршества давать нам запретил; указал - кто к нам будет без его указа, тех людей да истяжут крепко и сошлют в заключение в дальние места, и потому весь народ устрашился. Крутицкому митрополиту велел спрашивать себя. а не нас. Учрежден Монастырский приказ, повелено в нем давать суд на патриарха, митрополитов и на весь священный чин, сидят в том приказе мирские люди и судят. Написана книга (уложение), св. Евангелию, правилам св. апостол, св. отец и законам греческих царей во всем противная, почитают ее больше Евангелия: в ней-то в 13-й главе уложено о Монастырском приказе; других беззаконий, написанных в этой книге, не могу описать - так их много! Много раз говорил я царскому величеству об этой проклятой книге, чтоб ее искоренить, но, кроме уничижения, не получил ничего. Я исправил книги - и они называют это новыми уставами и Никоновыми догматами. Главный враг мой у царя - это Паисий Лигарид; царь его слушает и как пророка божия почитает; говорят, что он от Рима и верует по-римски, хиротонисан дьяконом и пресвитером от папы, и когда был в Польше у короля, то служил латинскую обедню. В Москве живущие у него духовные греческие и русские рассказывают, что он ни в чем не поступает по достоинству святительского сана, мясо ест и пьет бесчинно, ест и пьет, а потом обедню служит, муже...; я с этим свидетельством послал письмо к царю, но он не обратил на него внимания. Наклеветали на меня царю, что я его проклинал, но я в этом неповинен, кроме моей тайной молитвы. Теперь все делается царским хотением: когда кто-нибудь захочет ставиться во дьяконы, пресвитеры, игумены или архимандриты, то пишет челобитную царскому величеству, и царским повелением на той челобитной подпишут: по указу государя царя поставить его, и в ставленной грамоте пишут: хиротонисан повелением государя царя. Когда повелит царь быть собору, то бывает, и кого велит избирать и поставить архиереям, избирают и поставляют, велит судить и осуждать - судят, осуждают и отлучают. Царь забрал себе патриаршеские имения, также берут, по его приказанию, имения и других архиереев и монастырские, берут людей на службу, хлеб, деньги, берут немилостивно, весь род христианский отягчил данями, сугубо, трегубо и больше, но все бесполезно. Много раз писали мы царскому величеству, представляя ему примеры царей благочестивых, благословенных богом за добрые дела, и нечестивых, принявших от бога мучения; но он ни во что вменил наши увещания, только гневался на нас и прислал сказать нам: "Если не перестанешь писать, унижая и позоря нас примерами прежних царей, то более не будем терпеть тебя". Боярин Семен Лукьянович Стрешнев научил собаку сидеть и передними лапами благословлять, ругаясь благословению божию, и называл собаку Никоном-патриархом; мы, услыхав о таком бесчинии, прокляли его, а царское величество не обратил на это никакого внимания и держит Стрешнева у себя по-прежнему в чести. Мы предали анафеме и крутицкого митрополита Питирима, потому что перестал поминать на литургии наше имя, и которые священники продолжали поминать, тех наказывал; он же хиротонисал епископа Мефодия в Оршу и Мстиславль, и послали его в Киев местоблюстителем, тогда как Киевская митрополия под благословением вселенского патриарха; когда мы были в Москве, то царское величество много раз говорил нам, чтоб хиротонисать в Киев митрополита, но мы без вашего благословения и без вашего совета не захотели этого сделать и никогда бы не сделали".