Несмотря на то что царь прямо объявил о невозможности прогнать Иова от церкви Богородицы и от чудотворцев, исполнили обычай избрания: архиереи назначили трех кандидатов: митрополита Иова, новгородского архиепископа Александра, ростовского Варлаама, и предоставили царю выбор. Феодор избрал Иова, который и был посвящен 26 января 1589 года: следовательно, дело тянулось полгода! Патриарх должен был иметь в своем ведении митрополитов; это звание дали владыкам: новгородскому, казанскому, ростовскому и крутицкому (в Москве), шесть епископов получали звание архиепископов: вологодский, суздальский, нижегородский, смоленский, рязанский, тверской.
Богато одаренный отправился Иеремия в мае 1589 года в Константинополь с грамотою от царя к султану, в которой Феодор писал: "Ты б, брат наш Мурат салтан, патриарха Иеремию держал в своей области и беречь велел пашам своим так же, как ваши прародители патриархов держали в береженье, по старине во всем; ты б это сделал для нас". Приехавши в Смоленск, Иеремия получил грамоту от Годунова, в которой правитель просил его проведать в Литве о тамошних делах: "О Максимилиане, где он теперь и каким обычаем живет? В Польской ли земле, или отпущен? И как отпущен, по какому договору? Укрепился ли королевич шведский на польской короне и на какой мере утвердился, какое его вперед умышленье о нашем государе? Проведав об этом, отписал бы ты ко мне тайно, не объявляя своего святительского имени ни в чем; а когда будешь в Цареграде, то отпиши о всех тамошних делах".
Только чрез два года, в июне 1591 года, приехал в Москву митрополит терновский и привез утвержденную грамоту на московское патриаршество. Иеремия писал к Иову: "Послали мы твоему святительству соборную совершенную грамоту: будешь иметь пятое место, под иерусалимским патриархом. И ты прими грамоту с благодарностию и тихомирием, и постарайся о митрополите терновском при царе и при царице словом и делом, попечалуйся святому и высочайшему царю нашему, да сотворит пригожую помощь, как обещал ты нас пожаловать при постановлении своем, в своей палате; а мы кроме бога да святого царя надежды ни от кого не имеем, патриаршества цареградского не может никто воздвигнуть и устроить по-прежнему кроме святого царя". В письме Годунову патриарх просил о присылке 6000 золотых на сооружение патриаршества. Митрополит терновский поднес Годунову дары: два атласа золотных, саблю булатную, да два сосуда ценинных; Годунов даров не принял, сказав: "Нам у вас даров брать не подобает, мы должны вас наделять, чем бог послал". Митрополит просил, чтоб Годунов не обижал его, взял дары, и тот взял два сосуда ценинных. Правитель хотел знать, как был держан собор об учреждении московского патриаршества, с ведома ли султана и пашей? Митрополит отвечал, что собор был держан, доложа султану. Просьба патриарха была исполнена: царь послал на построение церкви и патриаршеского дома большое количество мехов и рыбьего зуба. Когда Салтыков и Татищев отправились послами в Литву, то им дан был наказ: "Станут спрашивать про патриаршеское постановленье, то вы говорите: приходил к великому государю из Греческого государства антиохийский патриарх Иоаким и говорил государеву шурину, Борису Федоровичу Годунову, что из давних лет на семи соборах уложено быть в Риме папе греческой веры, а в Греческом государстве четырем патриархам; но когда Евгений папа римский составил суемысленный осьмой собор, то с этого времени папы римские от греческой веры отстали; если бы по сие время в Греческом государстве были благочестивые цари христианские, то патриархи поставили бы папу в Греческом государстве, и теперь они все четыре патриарха советовали, со всем вселенским собором Греческих государств, дабы вместо папы римского поставить вселенского патриарха константинопольского, а на его место поставить четвертого патриарха в Московском государстве. Если паны радные будут говорить, что изначала этого не бывало, то отвечать: вот у вас в Вильне прежде кардиналов не бывало, а были бискупы, а теперь папа сделал Юрия Радзивилла кардиналом: и тому что дивиться".
Из других отношений церковных при Феодоре заметим, что архиереи, как говорилось в их настольных грамотах, ставились "по избранию св. духа (на соборе) и по совету боговенчанного царя". В начале царствования Феодорова был любопытный случай, при котором опять послышалась укоризна осифлянам. Рязанский епископ Леонид подал царю следующую челобитную: "Пожаловал ты меня, государь, велел быть у себя за столом на Рождество Христово: а архиепископ ростовский Евфимий мне с собою есть с блюда не дал и меня вконец позорил; а прежде, при отце твоем, я едал с одного блюда с архиепископом новгородским; а он же нас, осифовских постриженников, называет всех не осифлянами, но жидовлянами". Неизвестно, чем решено было дело.
В июне 1594 года, по государеву приказу, патриарх Иов со всем освященным собором приговорил учредить в Москве 8 старост поповских, чтоб у каждого было по 40 попов, да по четыре дьякона в десятских, поставить им избу у Покрова богородицы на Рву (у Покровского собора или у Василия Блаженного), куда должны сходиться старосты и десятские каждый день. Старосты должны были наблюдать, чтоб в известные дни были по всем церквам молебны и обедни; рассылать для этого по всем церквам память, чтоб всем попам было ведомо; да и всякий день перед обеднями попы должны были по всем церквам петь молебны о вселенском устроении, благосостоянии церквей, о многолетнем здравии царя и царицы, о их чадородии, о христолюбивом воинстве и о всем православном христианстве. Старосты должны были наблюдать, чтоб все попы и дьяконы являлись в крестные ходы и до окончания их не расходились, а которые не явятся, о тех доносить патриарху. Служить должны по церквам попы сами, а наймитов не нанимать, кроме великой нужды или какого-нибудь прегрешения; от ружных церквей и приходских храмов попам по другим церквам служить не наниматься; безместные попы должны приходить к Покрову богородицы, к поповской избе и здесь наниматься служить с патриаршего доклада; найму брать в простые дни по алтыну, а в большие праздники и на Святой неделе по два алтына, а больше не брали бы и божественною литургиею не торговали бы, старосты должны за этим смотреть крепко. Черным попам у мирских церквей не наниматься служить. В который день панихиды служить и на завтрее обедни заупокойные по государям, в те дни старосты с десятскими давали бы памяти по всем церквам, к которым по книгам ведено каноны давать, а которые попы за государевы панихидные столы садятся, те должны знать, кого в какой день поминать. Если христолюбцы станут приносить милостыню на храмы о здравии или за упокой и велят разделить по храмам в поповской избе, то старосты должны эту милостыню раздать по храмам. Пяти протопопам поручено было смотреть, чтоб старосты поповские исполняли этот наказ.