В Москве Иеремию поместили на дворе рязанского владыки; самого его велено было поместить в больших хоромах в горнице с комнатою; провожатых его, митрополита мальвазийского и архиепископа элассонского, в Столовой избе и в комнате, архимандриту дать подклет особый, а старцев и слуг устроить по подклетам. Греков, турок и других иноземцев не велено было пускать на двор, слуг патриарших со двора, если от митрополита Иова, от знатного духовенства и бояр станут приходить с кормом, таких людей пускать было позволено; если же какой иноземец станет проситься к патриарху или сам патриарх захочет видеться с каким-нибудь иноземцем, то приставы должны были ему отвечать, что скажут об этом боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Купцов, приехавших с Иеремиею, поставили на литовском гостином дворе.
Неделю спустя по приезде государь велел патриарху быть у себя и принял его, как принимал обыкновенно послов, с тем только различием, что навстречу ему переступил с полсажени от трона. После этого представления, не выходя из дворца, Иеремия имел разговор с Годуновым, рассказал ему о своих несчастиях, как он был обнесен султану, свергнут с патриаршего престола, потом опять возведен; рассказал о бедственном состоянии своей церкви, о грабеже турок; рассказал о делах литовских, что мог узнать дорогою, наконец, говорил тайные речи. После этого разговора государь, подумав с царицею, говорил боярам: "Велел нам бог видеть к себе пришествие патриарха цареградского, и мы о том размыслили, чтоб в нашем государстве учинить патриарха, кого господь бог благоволит: если захочет быть в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, то ему быть патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве быть митрополиту по-прежнему; если же не захочет цареградский патриарх быть во Владимире, то на Москве поставить патриарха из московского собора". Годунову поручено было ехать к Иеремии и советовать с ним, возможно ли тому статься, чтоб ему быть в Российском царстве в стольнейшем городе Владимире. Иеремия отвечал: "Будет на то воля великого государя, чтоб мне быть в его государстве, - я не отрекаюсь: только мне во Владимире быть невозможно, потому что патриархи бывают всегда при государе: а то что за патриаршество, что жить не при государе?" Тогда царь опять созвал бояр и говорил им: "Патриарх Иеремия вселенский на владимирском и всея Руси патриаршестве быть не хочет, а если мы позволим ему быть в своем государстве на Москве на патриаршестве, где теперь отец наш и богомолец Иов митрополит, то он согласен. Но это дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев и достохвального жития мужа, святого и преподобного отца нашего и богомольца Иова митрополита от пречистой богородицы и от великих чудотворцев изгнать, а сделать греческого закона патриарха, а он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам с ним говорить без толмача нельзя". Годунов вместе с Щелкаловым отправился опять к Иеремии и говорил ему, чтоб благословил и поставил в патриархи из российского собора митрополита Иова. При этом свидании было решено, что Иеремия на патриаршество владимирское, московское и всея Руси благословит и поставит кого государю будет угодно и благословение дает, что вперед патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов.
Нам не нужно предполагать, что в первом разговоре с Годуновым сам Иеремия изъявил желание остаться патриаршествовать в Москве: мысль о выгодных следствиях перемещения старшего патриаршего стола из Византии в Московское государство легко могла прийти Годунову и другим. Пусть в Константинополе, по приказу султана, выбрали бы другого патриарха: Иеремия и его русские преемники не потеряли бы чрез это права называться вселенскими, права на первенство; утверждение Иеремии в Московском государстве особенно было б важно относительно западной русской церкви, которая уже давно признавала свою зависимость от него. С другой стороны, нам не нужно предполагать, что дело не уладилось единственно по настоянию Годунова, которому невыгодно было удалить Иова, совершенно ему преданного: при отчужденности от иностранцев и сильно развившейся вследствие того подозрительности, ясные следы которой видны повсюду, иметь патриархом иностранца, грека, должно было казаться крайне неудобным: указывать на единоверие, как могущее уничтожить всякое подозрение, нельзя, ибо мы видели, как обходились с этим самым Иеремиею: не велено было пускать к нему ни одного иностранца; наши предки в описываемое время жили тою жизнью, когда свой обычай составляет все; отсюда понятно, как страшно было иметь патриархом человека, не знающего русского обычая, человека греческого закона. Мало того, нужно было решиться на дело страшно тяжелое: отвергнуть человека, которого уже привыкли видеть на таком высоком месте, каково было митрополичье; для вселенского патриарха Иеремии не могли придумать чести высшей, как та, которая воздавалась митрополиту Иову, и вот этого Иова надобно безвинно лишить этой чести, прогнать! Понятно, следовательно, что не по одним личным отношениям Годунова к Иову настаивали, чтоб Иеремия жил во Владимире.