Царствование Грозного было тяжело не для одного только сословия, которое особенно испытывало гнев царский, не для одних только тех мест, которые были разгромлены Иоанном: кроме того, что земщина должна была испытывать от опричнины, страшно изнурительны были беспрерывные войны, и государство при восшествии на престол Феодора находилось в самом незавидном положении. На соборе, созванном в июле 1584 года, было положено отставить тарханы для воинского чина и оскудения, "пока земля поустроится и помощь во всем учинится царским осмотрением". В тринадцатилетнее царствование Феодора земля имела возможность поустроиться, потому что продолжительных войн не было, а правитель Годунов там, где дело не шло о его личных выгодах, любил показывать свое попечение о благе общем, свою вражду к злоупотреблениям лиц правительственных, свое милосердие, и потому современники имели право прославлять царствование Феодора как счастливое, безмятежное, в которое и начальные люди, и все православное христианство начали от бывшей скорби утешаться.
Годунов действовал именем царским, был силен властию, от царя истекавшею, властию, которая давала ему средство осиливать людей знатнейших: естественно, что в выгодах Годунова было поддерживать царское значение на той высоте, на которую оно было возведено государями предшествовавшими. В важнейших делах, как, например, для временного прекращения тарханов, по поводу переговоров с Польшею и т. п., созывались соборы, или чрезвычайные собрания Думы, где, кроме бояр и думных людей, присутствовало духовенство. По свидетельству Флетчера, царь приказывал призывать на собор тех из принадлежавших к Думе вельмож, которых сам заблагорассудит, патриарх же приглашал, кроме митрополитов и архиепископов, тех епископов, архимандритов я монахов, которые пользовались особенною известностию и уважением. Соборы обыкновенно созывались по пятницам, в Столовой палате; царь садился на троне, недалеко от него, за небольшим четырехугольным столом, за которым могло поместиться человек двенадцать, садился патриарх с духовенством и некоторые из знатнейших членов Думы с двумя дьяками, которые записывали все, что происходило; прочие члены садились на скамьях около стены. Потом один из дьяков излагал содержание дела, для рассуждения о котором созван собор; спрошенные о мнении духовные лица обыкновенно отвечали, что государь и Дума его премудры, опытны, гораздо способнее их судить о том, что полезно для государства, потому что они, духовные, занимаются только служением богу и предметами, относящимися до религии, и потому просят государя и думных людей сделать нужное постановление, а они вместо советов будут помогать им молитвами.
Для управления делами внешними и внутренними существовали приказы, и некоторые из них носят название четвертей, или четей: первый - Посольский, находившийся в ведении думного дьяка Андрея Щелкалова, получавшего 100 рублей жалованья; второй - Разрядный - в ведении Василия Щелкалова, за которого управлял Сапун Абрамов; жалованье и здесь было то же - 100 рублей; третий - Поместный - в ведении думного дьяка Елизара Вылузгина, получавшего 500 рублей жалованья; четвертый - Казанского дворца - в ведении думного дьяка Дружины Пантелеева, человека замечательного по уму и расторопности; он получал 150 рублей в год. В царских грамотах четверти называются по имени дьяков, ими управлявших, например: "Четверть дьяка нашего Василья Щелкалова". В других же приказах сидели бояре и окольничие: так, в 1577 году царь приказал сидеть в Разбойном приказе боярину князю Куракину и окольничему князю Лобанову. При областных правителях находились по-прежнему дьяки, помощники, или, лучше сказать, руководители их, потому что эти дьяки заведовали всеми делами. Областные правители обыкновенно сменялись через год, за исключением некоторых, пользовавшихся особенным благоволением: для них срок продолжался еще на год или на два; они получали жалованья по 100, по 50, по 30 рублей; народ, по свидетельству Флетчера, ненавидел их за взятки, и русский летописец говорит, что Годунов, несмотря на доброе желание свое, не мог истребить лихоимства; правители областей брали взятки и потому еще, что должны были делиться с начальниками четей или приказов. В четыре самые важные пограничные города назначались правителями люди знатные, по два в каждый город: один - из приближенных к царю лиц. Эти четыре города: Смоленск, Псков, Новгород, Казань. Обязанностей у правителей этих городов было больше, чем у других, и им давалась исполнительная власть в делах уголовных. Их также сменяют каждый год, исключая особенные случаи; жалованья получают они от 400 до 700 рублей.
Дворцовый приказ, или приказ Большого дворца, управлявший царскими вотчинами, находился при Феодоре в заведовании дворецкого Григория Васильевича Годунова, отличавшегося бережливостию: при Иоанне IV продажа излишка податей, доставляемых натурою, приносила Приказу не более 60000 рублей ежегодно, а при Феодоре - до 230000; Иоанн жил роскошнее и более по-царски, чем сын его. Четверти собирали тягла и подати с остальных земель до 400000 рублей в год: область Псковская доставляла 18000 рублей, Новгородская - 35000; Торжокская и Тверская - 8000; Рязанская - 30000; Муромская - 12000; Холмогорская и Двинская - 8000; Вологодская - 12000; Казанская - 18000; Устюжская - 30000; Ростовская - 50000; Московская - 40000; Костромская - 12000; Сибирь - 20000. Пошлины торговые, судные и другие и остатки сумм из разных приказов, шедшие в приказ Большого прихода, доставляли ежегодно 800000 рублей; с Москвы торговых пошлин сходило 12000 рублей, Смоленска - 8000, Пскова - 12000, Новгорода - 6000, Старой Русы - 18000 (от солеварения), Торжка - 800, Твери - 700, Ярославля - 1200, Костромы - 1800, Нижнего Новгорода - 7000, Казани - 11000, Вологды - 2000. Таким образом, ежегодно поступало в казну чистого дохода до 1430000 рублей. Торговые пошлины собирались целовальниками и отдавались на откуп из наддачи; в грамотах, которые давались откупщикам, говорилось: "Отказать ему пошлину до сроку за два месяца, а не откажет до сроку за два месяца и станет отказывать на срок, то вперед брать откуп на откупщике и на его поручниках, а наддача вдвое". Срок откупа назначался год. По грамоте, данной двинским таможенным целовальником в 1588 году, ведено брать с судна, какое бы оно ни было, судовой подъемной грузовой пошлины с 1000 пуд по два рубля и по две гривны; со ста пуд - по семи алтын и по две деньги; с того же судна посаженного брать по десяти алтын и головщины по деньге с головы; с людей брать побережное по 22 алтына с ладьи. Кто приедет в санях или верхом, или пешком придет, с того брать явку. Тут же упоминается пошлина свальная: с 1000 пуд - по полтине, с воза - по две деньги и проч.; подъемная пошлина - с подъему по две деньги, "а поднимать в весу товар под оба конца", кто же станет продавать в развес меньше пуда, с тех подъема не брать; рукознобная пошлина: с пудом ходить и товар всякий весчий у гостей весить, пошлину рукознобную брать с купца и продавца с подъема по деньге, да с припуску по деньге. Целовальники доносили, что у них многие люди пошлин не платят: так, не платят их английские гости, не платят суда Троицкого, Кириллова и других монастырей; суда Федора Кобелева большой иногородней пошлины не платят, а платят только туземную, двинскую, на том основании, что у Кобелева есть на Двине промыслы и угодья; на том же основании не платят пошлин суда Данилы Строганова и Данилы Бренкова. Царь отвечал, чтоб пошлину брали с русских людей со всех без исключения, с двинян - двинскую, а с иногородцев - иногородную, также и с иноземцев, кроме англичан, которые имеют жалованную грамоту. В 1592 году торговые пошлины в селах Чаранде и Коротком были пожалованы боярину Дмитрию Ивановичу Годунову.