После голода и трех поражений козаков осталось так мало в Сибири, что атаман Мещеряк счел невозможным оставаться здесь долее и выступил по дороге на Русь. Сибирь снова была занята Кучумом, который, однако, скоро был выгнан из нее соперником своим Сейдяком. Но эти князьки недолго могли на свободе выгонять друг друга. Новое правительство московское высылало в Сибирь воеводу за воеводой. Осенью 1585 года пришел воевода Мансуров, который поставил городок на Оби, при устье Иртыша. Остяки пришли осаждать его и принесли с собою славного идола, к которому на поклонение ходили из дальних мест, но пушечное ядро, вылетевшее из русского городка, разбило его, и остяки, потерявши надежду на свое божество, не беспокоили больше русских; мало того, Лугуй, князь двух городов и четырех городков на Оби, приехал в Москву с челобитьем, чтоб русские ратные люди, которые сидят в городе на устье Иртыша, не воевали его племени и людей, а он будет давать дань в Вымской земле приказным людям. За то, что он приехал прежде всех бить челом, государь его пожаловал, велел привозить дань ему самому или его братьям, или племянникам по семи сороков соболей лучших. Воеводы Сукин и Мясной основали на берегу Туры город Тюмень, а воевода Чулков в 1587 году основал Тобольск; Сейдяк вздумал было приступить к этому городу, но был разбит и взят в плен. Соперник его, Кучум, держался в Барабинской степи и нападал на русские владения; в 1591 году воевода князь Кольцов-Мосальский разбил его близ озера Чили-Кула, взял в плен двух жен его и сына, Абдул-Хаира. После этого Кучум обратился к царю с просьбою, чтоб тот отдал ему юрт и отпустил племянника Магмет-Кула, а он, Кучум, будет под царскою высокою рукою; три года ему не было ответа, а на четвертый, как видно, Кучум опять показался опасен, и в 1597 году отправлена была к нему царская грамота, в которой, перечисливши все грубости Кучума при царе Иоанне и после, Феодор писал: "Теперь в нашей отчине, в Сибирской земле, города поставлены, в них осадные люди с огненным боем устроены, а большой своей рати в Сибирскую землю на тебя послать мы не велели для того, что ожидаем от тебя обращенья: а если б наша большая рать послана была в Сибирь, то тебя бы нашли, где б ты ни был, и неправды твои тебе отомстили бы. Мы, великий государь, хотели тебя пожаловать, устроить на Сибирской земле царем, а племянник твой Магмет-Кул устроен в нашем государстве, пожалован городами и волостями по его достоинству и служит нашему царскому величеству. А как ты козаком кочуешь на поле с немногими людьми, то нам известно. Ногайские улусы, которые кочевали вместе с тобою, на которых была тебе большая надежда, от тебя отстали; Чин-Мурза отъехал к нашему царскому величеству, остальные твои люди от тебя пошли прочь с двумя царевичами, а иные пошли в Бухары, ногаи, в козацкую орду, с тобою теперь людей немного, - это нам подлинно известно; да хотя б с тобою было и много людей, то тебе по своей неправде против нашей рати как стоять? Знаешь сам, какие были великие мусульманские государства Казань и Астрахань, и те отец наш, пришедши своею царскою персоною, взял, а тебе, будучи на поле и живучи козаком, от нашей рати и огненного боя как избыть? Теперь за твои прежние грубости и неправды пригоже было нам на тебя послать свою рать с огненным боем и тебя совсем разгромить. Но мы, истинный христианский милостивый государь, по своему царскому милосердому обычаю смертным живот даем и винным милость кажем, видя тебя в такой невзгоде, наше жалованное и милостивое слово тебе объявляем, чтоб ты ехал к нашему царскому величеству безо всякого сомнения: захочешь быть в нашем государстве Московском, при наших царских очах, и мы тебя устроить велим городами и волостями и денежным жалованьем по твоему достоинству; а если, бывши у нас, захочешь быть на прежнем своем юрте, в Сибири, и мы тебя пожалуем на Сибирской земле царем и станем тебя держать милостиво". Кучум отвечал требованием Иртышского берега, писал к тарским воеводам: "До сих пор я пытался против вас стоять, Сибирь не я отдал, сами вы взяли. Теперь попытаемся помириться: на конце не будет ли лучше? С ногаями я в союзе, и только с обеих сторон станем, то княжая казна шатнется; а хочу помириться правдою, и для мира на всякое дело уступки сделаю". О дальнейших сношениях мы не знаем; по всем вероятностям, они прекратились вследствие несогласия Кучума ехать в Москву. Не скоро успокоились и другие князьки: так, в июле 1592 года царь писал Строгановым, чтоб они собрали с своих городов сотню ратных людей, давали им найму помесячно и запасов дали бы на всю осень и зиму: из них 50 человек пеших, которые должны были идти в Сибирь с воеводою Траханиотовым, и 50 конных, назначенных на войну против пелымского князя. Но самым верным средством укрепления Сибири за Москвою было построение городков, население их и мест окрестных русскими людьми; в царствование Феодора были построены: Пелым, Березов, Сургут, Тара, Нарым, Кетский острог.