Епископ обязался в три года выплатить все недоимки; три года прошло, и в феврале 1557 явились в Москву ливонские послы без денег с просьбою, чтоб дань была сложена. Адашев отвечал им, что так как магистр, архиепископ рижский и епископ дерптский нарушили договор, то государь будет сам искать на магистре и на всей Ливонской земле. Иоанн не допустил к себе послов, и они без дела уехали в марте месяце, а в апреле царь отправил князя Шестунова строить город и гавань (корабельное пристанище) при устье реки Нарвы, ниже Ивангорода; велел также положить заповедь в Новгороде, Пскове и Ивангороде, чтоб никто к немцам с товарами не ездил; если же приедут немцы в царскую отчину, то с ними торговать безо всякой зацепки. В ноябре выступило в поход к ливонским границам сорокатысячное войско под начальством царя Шиг-Алея, и воевод - князя Михаила Васильевича Глинского, царицына брата Данила Романовича и других; подле русских полков шли татары, черемисы, мордва, черкесы пятигорские. Немцы прислали за опасною грамотою, и в декабре явились их послы, били челом, чтоб государь оставил поголовную дань по гривне с человека, а взял бы единовременно за прошлые недоимки и за настоящие военные издержки 45000 ефимков (18000 рублей по московскому счету),да ежегодно Юрьев будет платить по 1000 золотых венгерских. Когда переговоры кончились, царь потребовал денег, но у послов денег не было; тогда раздраженный Иоанн, видя только желание немцев обмануть его и протянуть время, велел послам ехать назад, а войску своему двинуться в Ливонию. Немецкие летописцы говорят, что послы отправились в Москву без денег, понадеявшись на обещания московских купцов, торговавших с Ливониею, что если мир будет заключен, то они дадут послам денег взаймы под вексель; но царь под смертною казнию запретил купцам давать послам денег взаймы. Послы просили, чтоб оставили их самих в Москве заложниками, пока придут деньги из Ливонии, но царь и на это не согласился. Один из немецких же летописцев рассказывает, что перед отъездом позвали послов к царскому столу и подали им пустые блюда.
В генваре 1558 года вступило русское войско из Пскова в Ливонию и страшно опустошило ее на пространстве 200 верст, везде побивая немецкие отряды, выходившие к нему навстречу. Погостивши месяц, с огромною добычею возвратились ратные люди назад. Курбский, находившийся в числе воевод, говорит: "Земля была богатая, а жители в ней гордые: отступили они от веры христианской, от обычаев и дел добрых праотеческих, ринулись все на широкий и пространный путь, на пьянство, невоздержание, на долгое спанье, лень, на неправды и кровопролитие междоусобное". По словам ливонских летописцев, разврат в их стране в это время дошел до такой степени, что его не стыдились, но гордились им, правители подавали пример подчиненным.
Оставивши Ливонию, царь Шиг-Алей, царевичи, бояре и воеводы послали к магистру грамоту, в которой писали: "За ваше неисправление и клятвопреступление государь послал на вас войну; кровь пролилась от вас; если же хотите пред государем исправиться и кровь унять, то присылайте к государю с челобитьем, а мы все станем за вас просить". Магистр прислал за опасною грамотою для послов и получил ее; царь велел прекратить войну. Но жители Нарвы не хотели прекратить ее и продолжали стрелять на соседний, только рекою Нарвою отделяемый от них Ивангород. Воеводы новгородские дали знать об этом царю и послали сказать жителям Нарвы, что они нарушают перемирие; те отвечали: "Князец стреляет, нам его не унять". Получивши от царя приказ начать неприятельские действия, воеводы с Ивангорода открыли сильную пальбу: Нарва не могла ее выдержать более недели, и 9 апреля, в Великую субботу, выехали нарвские начальники и били челом воеводам, чтоб государь показал милость, взял их в свое имя, от магистра и всей земли Ливонской они отстали и за князьца не стоят: воровал он на свою голову. Они дали воеводам заложников, двоих лучших людей, а в Москву послали депутатов. Когда последние явились во дворец, то Алексей Адашев спросил их, о чем они приехали бить челом, какое государево жалованье хотят на себе видеть? Депутаты отвечали, что они приехали просить позволения не отставать от магистра, а в прочем чем их государь пожалует. Адашев сказал им на это: "Вы через опасную грамоту стреляли на государев город и по людям; потом, видя беду, били челом, что от магистра отстали и хотите быть во всей государевой воле; воля государева такова: выдайте князьца, который у вас начальствует крепостью, а крепость сдайте нашим воеводам; тогда государь вас пожалует, из домов не разведет, старины вашей и торгу не порушит, а будут владеть и Вышгородом (кремлем) и Нарвою царские воеводы, как владели магистр и князец; иначе тому делу не бывать". Депутаты согласились и присягнули за всю землю Нарвскую. Но когда ивангородские воеводы послали сказать об этом в Нарву, тамошние жители отвечали, что они не за тем посылали депутатов в Москву, чтоб отстать от магистра: дело объяснилось тем, что они получили помощь от последнего. Но эта помощь не спасла Нарвы: 11 мая, воспользовавшись сильным пожаром, вспыхнувшим в городе, русские, несмотря на жестокое сопротивление жителей, овладели нижним городом и приступили к кремлю (Вышгороду), к которому приступали до вечера, стреляя из пушек ивангородских и взятых в нижнем городе или собственной Нарве. Наконец из Вышгорода прислали бить челом, чтоб воеводы пожаловали, приняли крепость со всем нарядом, но чтоб князец с новоприбывшими ратными людьми мог свободно из нее выйти. Воеводы согласились; ратные люди и лучшие граждане вышли, только без имущества, а черные присягнули быть в подданстве у царя и детей его вовеки. Иоанн очень обрадовался приобретению этого важного места; послал тотчас из Новгорода архимандрита и протопопа, велел ставить церкви в Нарве, очищать ее от веры латинской и люторской; пожаловал воевод и детей боярских; дал жалованную грамоту и жителям Нарвы, даже велел отыскать всех прежде взятых пленников родом из Нарвы и возвратить в отечество.