В палеолите Земля была окована ледниками, и уровень воды был на 100 м ниже современного. Япония ещё не представляла собой архипелаг, а соединялась суходольными перешейками с материком. Внутреннее Японское море было просторной долиной. Ледники не достигали Восточной Азии, но их влияние ощущалось на климате. Япония входила в азиатскую степную экозону, богатую различными травами. Здесь водились мамонты, слоны Наумана, большерогие олени и другие животные, которые прибывали сюда из Сибири.
Первые признаки заселения Японского архипелага появились около 40 тысячелетия до н. э. с началом японского палеолита, который продолжался по 12 тысячелетие до н. э. Население древней Японии занималось охотой и собирательством, изготавливало первые каменные орудия труда грубой обработки. В этом периоде отсутствуют керамические изделия, поэтому период также носит название периода докерамической культуры.