Около 10 тысяч лет до н. э. завершилась эпоха ледников, с таянием которых поднялся уровень мирового океана. Благодаря этому образовался Японский архипелаг. В результате потепления и изменения движения морских течений японские степи времен палеолита заросли густым лесом. Примерно в это же время на Японские острова переселилась новая группа людей из Юго-Восточной Азии. Представители этой группы хорошо разбирались в судостроении и морской навигации. Вероятно, их каноэподобные лодки-долблёнки были принесены к японским берегам теплым океанским течением Куросио. Новоприбывшие юго-восточные азиаты смешались с потомками палеолитической популяции Японского архипелага.
Благодаря изменению климата японская флора и фауна кардинально изменились. Северо-восточная часть архипелага была покрыта дубовыми и хвойными лесами, а юго-западная — буковыми и субтропическими. В них жили большие кабаны, олени, дикие утки, фазаны. В морях и океане водились бониты, красные пагры, морские судаки. Побережья Хоккайдо и региона Тохоку были богаты лососем и форелью. Благодаря таким природным богатствам жители Японских островов не нуждались крупномасштабном сельском хозяйстве или скотоводстве, оставаясь примитивным обществом охотников-собирателей.
Около 10 тысяч лет назад древние японцы начали изготавливать керамические изделия, которые считаются одними из старейших в мире. Среди тогдашней керамики преобладала кухонная посуда в виде глубокодонных кувшинов для хранения продуктов, жарки и варки пищи. Характерной особенностью этих изделий был «шнурковый орнамент», который по-японски называется дзёмон. Подобный орнамент наблюдался на островной посуде до середины 2 века до н. э., что позволило археологам называть японскую культуру времен неолита «культурой Дзёмон», а время её доминирование на Японском архипелаге — периодом Дземон.
В неолите древние японцы перешли к осёдлому образу жизни, формируя небольшие поселения в 20-30 человек на невысоких холмах. Типовым жильём были землянки и полуземлянки. Вокруг поселения находились мусорные насыпи, которые одновременно служили местом захоронения умерших. Среди поселений той эпохи больше выделяется стоянка Саннай Маруяма в префектуре Аомори, датируемая 5 веком до н. э. и содержащая остатки большого посёлка на 100—200 человек. Основой хозяйства жителей были охота и собирание плодов растений. Существовало половое и возрастное разделение труда. Наряду с промыслами древние обитатели архипелага занимались примитивным разведением каштанов, бобовых, гречихи, а также культивацией устриц. Около 4 — 3 века до н. э. они освоили примитивное суходольное рисоводство. Религиозным представлениям были присущи анимизм и тотемизм. Также они изготавливали из глины женские фигурки догу и поклонялись силам Земли, символам рождения и жизни.