Хотя рисоводство было известно в Японии ещё в эпоху дзёмон, крупномасштабное заливное рисоводство с использованием ирригации появилось на островах в 1 тысячелетии до н. э., путём заимствования из континента. Местом нововведений был север острова Кюсю, откуда эта культура распространилась в другие районы архипелага. С приходом заливного рисоводства люди, проживавшие до этого на небольших холмах, переселились на равнины и долины рек. Были созданы первые сельские общины мура, члены которых занимались созданием и поддержкой заливных полей. Появились новые орудия труда, такие как каменный нож-серп, а также новые типы зданий для хранения зерна — амбары на подпорках. Члены общины начали проводить праздники и молебны за богатый урожай. Сформировался новый сельскохозяйственный ритуал и календарь.
Вместе с рисоводством в Японию с материка попала культура обработки металлов — меди, бронзы и железа. До 1 века до н. э. японцы импортировали готовые товары, но впоследствии наладили своё металлургическое производство. Среди основных бронзовых изделий были мечи, копья и алебарды, а также зеркала и колокола дотаку. С распространением железных орудий в 2 веке н. э. бронзовое оружие превратилась в предметы культа.
Также в начале 1 тысячелетия до н. э. на Японском архипелаге начали изготавливать керамические изделия нового стиля, который походил на континентальный. Их особенностью был красноватый цвет, отсутствие узора и богатство видов посуды. Вероятно, реформа кермамики была связана с распространением рисоводства. Такая посуда впервые найдена в городке Яёй, по имени которого новая керамическая культура получила название «культуры Яёй». Время господства этой культуры на Японских островах с 1 тысячелетия до н. э. по 3 век н. э. называется периодом Яёй.
Благодаря рисоводству население Японии возросло. Это способствовало налаживанию отношений между общинами, однако нередко провоцировало конфликты, особенно за контроль над ресурсами — землей и водой. От 2 века до н. э. большинство поселений были уже окружены рвами и деревянным частоколом. Среди населения выделялись вожди, которые сосредоточили в своих руках религиозную и военную власть. Селения нередко объединялись в союзы — первые японские прото-государственные образования. Одним из самых укреплённых поселений-общин периода Яёй была стоянка Йосиногари в префектуре Сага, которая свидетельствует о высоком уровне организации древних японцев.