Конечно, Бестужев и никто другой никак не могли бы припомнить, когда преосвященным не по столь еще важным делам головы секали безо всякой церемонии и формы; но поверка этих слов Екатерины могла только показывать Бестужеву всю степень раздражения императрицы, и он спешил успокоить это раздражение: "Во всенижайший ответ всеподданнейший раб доносит, что как он прежде за ростовского архиерея никогда не заступался, но паче в С. - Петербург присланную от него цидулку представил с своим примечанием; так и ныне по его подлинно великим преступлениям не делал заступления, а токмо о скором решении упомянул, дабы чрез то пресечь излишние толкования и рассуждения в народе, который о точности дела не ведает; но ежели в чем старик погрешил, то токмо от одного усердия, чем теперь от неповинности своей и сокрушается". На этой же записке Екатерина написала: "Сожалею, что сокрушается: я писала с тем, чтоб вы имели что ответствовать тем, кто вас просьбою мучит. Желаю вам спокойно опочивать".
7 апреля Синод подал доклад: "Св. Прав. Синод, довольно имея рассуждения, что оный митрополит Арсений в оскорблении ее и. в-ства без всякого извинения виновным оказуется тем именно, что он в противность слова Божия и апостольских правилами преданий и презря свою архиерейскую и генеральную присяги и в противность же государственных узаконений на именные ее и. в-ства в 1762 и 1763 годах состоявшиеся о церковных имениях указы, присланными в Синод своими, первым от 6, а потом и вторичным, от 15 марта, доношениями таковые учинил возражения, которые единственно до оскорбления ее и. в. следуют, приводя в оных из многих слов Св. Писания и из некоторых книг превратные от себя толкования, с самым оных слов разумом и силою отнюдь не сходственные, а именно (следуют известные места из доношений). Хотя то доношение и окончено тем, что якобы все то писать и от слова Божия и закона предлагать не иная причина его привела, токмо ревность по Бозе и законе Божием, ее и. в-ства довольно в манифестах и указах ее монарших изображенная, аще же возымеется в том его быти погрешность, просит о прощении. Но оного ни за каковой резон почесть не можно, ибо не токмо на высочайшие указы, но и на повеления своей команды никаковых, а кольми паче язвительных представлений и возражений чинить под наитяжчайшим штрафом запрещено, да и таковой причины, чтоб вышеозначенное возражение с такою дерзостною отвагою выдумывать и действительно якобы под образом своей ревности представлять ему, митрополиту, и никому отнюдь не было и нет. Хотя он в допросе и показал, что якобы он в тех своих доношениях ко оскорблению ее и. в-ства ничего быть не уповал, все то писал по ревности и совести, чтоб не быть двоедушным, а сочинял-де он все то не для возражения на указы, но на представления других, по коим представлениям и те указы последовали, что-де разумеется на представления комиссии, и в чаянии том, что, как те представления не отвержены, так-де и оное его представление отвержено не будет и по крайней мере за то не воспоследует оскорбления ее и. в-ства, но понеже оное вошло во оскорбление ее и. в-ства, того ради, всепокорнейше и всеподданнейше припадая к ногам ее и. в-ства, просит прощения и помилования. Но оное его, митрополита, показание не истинное, ибо, по показанию находившегося при нем для письма канцеляриста Жукова, копии с обоих доношений в Синод были отправлены в Москву к двум знатным персонам. В 1743 году ему сделан был от Синода письменный выговор за то, что в доношении своем в Синод весьма противные и уразительные термины написать дерзнул. Выговор сделан был с таким подтверждением, что если он в подобное тому противление и презорство паки вступать будет, то не точию сана архиерейского, но и клобука лишится, того ради приговорили: оного митрополита Арсения, яко уже и прежде в немалых преступлениях, а ныне и наипаче в тяжком и оскорбительном, также архиерейской и генеральной присяги и всех государственных узаконений преступничестве оказавшегося, за те его тяжкие вины и за оскорбление ее и. в-ства в силу апостольского 84-го правила архиерейства, а по его на означенном в 743 году чинимом ему выговоре подписке и клобука лишить, и послать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение, и бумаги и чернил ему не давать". Подписали: Димитрий митрополит новгородский, Тимофей митрополит московский, Гавриил архиепископ санкт-петербургский, Гедеон епископ псковский, Амвросий архиепископ крутицкий, Афанасий епископ тверской, Мисаил архимандрит новоспасский.
Испуганный старик умолял о помиловании. Но если, несмотря на то, требовалось необходимо осуждение, то кто требовал вносить в это осуждение странность, что показание канцеляриста Жукова о посылке копий с доношений духовнику и Бестужеву свидетельствует о неистинности показаний Арсения? Екатерина написала на докладе: "По сей сентенции сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику по старости его лет монашеский только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы по человеколюбию его освобождаем, повелевая нашему Синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтоб там невозможно было ему развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей". Синод назначил местом ссылки Вологодской епархии Ферапонтов монастырь; но 15 апреля обер-прокурор объявил Синоду именной указ, чтоб Арсений сослан был в Архангельскую епархию, в Никольский Корельский монастырь, с производством ему кормовых денег по 50 коп. в день.