Синод представил первое доношение императрице, прописывая, что, по его мнению, оно заключает в себе оскорбление величества, за что автор подлежит суду; но он, Св. Синод, без ведома императрицы приступить к делу не смеет, а предает его в ее благорассмотрение и снисхождение. Как видно, Синод, принимая в соображение осторожное и снисходительное поведение Екатерины относительно неприятных, враждебных ей лиц, принимая также в соображение деликатность вопроса и звание Арсения, рассчитывал, что императрица не даст сильного хода делу, велит ограничиться выговором, внушением проситься на покой и т. п. Но Синод ошибся в своем расчете: Екатерина обнаружила небывалое до сих пор раздражение, и причина понятна: чем яснее в сознании трудности какого-нибудь дела, чем яснее представляются возражения против него, чем эти возражения, не имея в основании действительной правды, доступнее для толпы, тем более происходит раздражение, когда эти затруднения и возражения являются на самом деле. Сильно раздражало указание на манифест, изданный при восшествии на престол, желание поставить в противоречие, желание запугать: ты хочешь слыть защитницею православия и в то же время хочешь сделать то, чем сравнишься с Иулианом-отступником, с Иудою. Не забудем и литературного влияния, под которым находилась Екатерина вместе со всеми читавшими тогда людьми, влияния господствовавшей тогда темы в рассуждениях заправителей литературных - темы о фанатизме, сословном эгоизме духовенства, монахов, которым нужно положить преграду для благосостояния общества.
Екатерина написала собственноручно: "Святейший Синод! В поданном вашем вчерась мне докладе представлено, что архиерей ростовский Арсений прислал доношение от 6 дня марта в Синод, в котором все, что ни есть написано, следует к оскорблению величества императорского, за что его признаете подлежательным суждения, но без ведома моего приступить к тому не смеете и предаете в мое благорассмотрение и снисхождение. А как я уповаю, что и Св. Синод без сумнения признает, что власть всех благочестивых монархов, в числе коих и я себя включаю и делами моими, вами свидетельствуемыми, доказую, не для них единственно, но паче для общего всех истинных сынов отечества благосостояния, сохраняема и защищаема быть должна, также что в его, архиерея Арсения, присланном ко мне от вас для прочтения оригинальном доношении, которое я при сем к вам обратно посылаю, усмотрела превратные и возмутительные истолкования многих слов Св. Писания и книг святых, того ради впредь (для) охранения моих верноподданных всегдашнего спокойства, оного архиерея Арсения, таким преступником от вас признанного, Св. Синоду на справедливый, законами утвержденный суд предаю, а какая по суду сентенция ему назначена будет, оную представить нам для конфирмации, причем еще будет иметь место мое снисхождение и незлобие".
Получив известие о грозящей беде, Арсений испугался и подал просьбу об увольнении от епархии опять в Спасский Новгород-Северский монастырь на обещание, но уже было поздно: его взяли под стражу и отвезли в Москву на синодский суд. Еще прежде взятия под стражу Арсений отправил копию с своих доношений Синоду к духовнику Федору Яковлевичу Дубянскому и графу Алексею Петр. Бестужеву-Рюмину. Неизвестно, что сделал с этими бумагами духовник, но Бестужев решился ходатайствовать за Арсения и внушить императрице о необходимости покончить неприятное дело как можно тише и скорее. 31 марта он писал императрице: "Как содержание доношений в Синод (Арсения) наполнено не только дерзостями, но и чувствительнейшими оскорблениями за которые ее и. в-ство справедливо на него прогневана, граф Бестужев, не вступая отнюдь ни в малейшее за сего архиерея заступление, осмеливается токмо по долгу к ближнему, в преступление впадшему, рабски просить о показании ему монаршего и матернего милосердия в том приговоре, который по суду, конечно, ему тягостен будет, а притом не в указ свое слабейшее рассуждение присовокупить, не соизволит ли ее и. в. в его явном и никакого уже исследования не требующем преступлении скорее сентенцию на монаршую конфирмацию сочинить и тем сие дело кончить в предупреждение разных о сем и без того в публике происходящих толкований".
Мягкие формы не помогли. Бестужев, которому в прошлом году писалось: "Батюшка Алексей Петрович, пожалуй, помогай советами!", теперь получил на свое внушение грозный ответ: "Я чаю, ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского, и не знаю, какую я б причину подала сумневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы по не столь еще важным делам преосвященным головы секали, и не знаю, как бы я могла содержать и укрепить тишину и благоденствие народа (умолча о защищении и сохранении мне от Бога данной власти), если б возмутители не были б наказаны".