Через год с чем-нибудь после приезда Феофилакта в Петербург умер Феофан 8 сентября 1736 года, только 55 лет от роду. Феофан не признавался своим, что "во сне пугался и наяву всегда боялся", но сильные тревоги в борьбе, которая могла кончиться низвержением и заточением, сильное умственное напряжение в отыскании средств к защите и к предупреждению врагов должны были истощить его, тем более что эти треволнения начались и продолжались безостановочно, когда Феофану было уже 45 лет - возраст, в который для продления жизни нужно увеличение спокойствия, а не тревог; притом надобно заметить, что Феофан не отличался умеренностью, любил хорошо пожить и потому так вооружался против "ига неудобоносимого", которому подлежал по своим обетам. Говорят, что, почувствовав приближение смерти, Феофан приставил ко лбу указательный палец и сказал: "О, глава, глава! Разума упившись, куда ся приклонишь?" Слова знаменательные в устах вождя ученой дружины, которая с таким страстным увлечением бросилась упиваться разумом, но вот вождь дружины, "дивный первосвященник", в страшную предсмертную минуту задает себе вопрос: куда приклонится голова, упившаяся разума, достаточно ли этого упивания для человека?
По смерти Феофана объявлен был высочайший указ, "чтобы которые были служителями новгородского архиерейского дома, то оные б не разошлись никуда, а были бы все при том доме, а особливо те ребята, которые в доме его учились, чтоб оные учились по-прежнему и были б содержимы в таковом же довольстве, как и при живом архиерее. А учителю или надзирателю, который к ним приставлен, приказать, чтоб он их обучал и смотрел за ними не леностно". Впоследствии Кабинет представил об этой школе императрице, что Феофан "при жизни своей особливым своим тщанием, собирая сирот, учредил семинарию и содержал оную в весьма добром порядке со многим иждивением своего персонального имения; при кончине же жизни своей во всем оставшемся по нем имении учредил наследниками вышеозначенных из сирот-семинаристов в рассуждении том, что когда из тех семинаристов кто по окончании наук определится куды к делам, дабы оный тем данным ему награждением мог себе озаводиться постройкою двора и завестись домом, чтоб от скудости не оставил своей науки". Кабинет ходатайствовал об исполнении желания покойного Феофана "в рассуждении его верной и ревностной службы, и особливо, что он так добропорядочно из сирот семинарии содержал и немало их обучал в пользу государственную". Императрица согласилась и поручила исполнение дела князю Ал. Мих. Черкасскому, приятелю покойного.
Судьба лиц, страдавших из-за Феофана, не облегчилась по его смерти, потому что за Феофаном стояли другие, более сильные лица, считавшие вредными для себя стремления врагов Феофановых. В 1738 году Феофилакт Лопатинский за "злоумышленные, непристойные и продерзостные рассуждения и нарекания" лишен архиерейства, священства и монашества и заточен в Выборгский замок, куда никого к нему не пускали, бумаги и чернил не давали; на содержание его отпускалось по гривне на день. Коллети умер, как видно, в крепости; Платон Малиновский лишен архимандритства, священства и монашества и под именем Павла Малиновского сослан в Сибирь.
Торжество Феофана над противниками и неоспоримое первенство его в Синоде дали возможность строго проводить те меры относительно духовенства, которые были предписаны в эпоху преобразования, меры благодетельные, за которые нельзя было подвергнуться упреку в протестантском направлении. В сентябре 1732 года Синод предписал наблюдать прежние строгие меры относительно поведения монахов, особенно относительно отпуска их из монастырей; Синод объясняет свой указ тем, что многие монахи, презрев обязанности своего звания, не только внутри монастырей не очень исправны, живут не по обещанию, но, исходя самовольно из монастырей (что есть самая непростительная продерзость) и скитаясь без нужды по разным местам, ведут себя бесчинно, и те, которые должны всякими добродетелями нелицемерно украшать себя к созиданию церкви, - те злообразием дел своих подают соблазн к развращению, нимало не помышляя, что чрез них хулится имя божие". В следующем году Синод запретил постригать в монахи находящихся при школах студентов прежде трехлетнего искуса. В 1734 году запрещено белому духовенству принимать к себе монахов не только на житье, но и для ночлега. и на самое короткое время, потому что ныне, говорит указ, являются чернецы повсюду своевольно бродящие. В том же году Феофан объявил Синоду указ императрицы, чтоб не постригать в монахи никого, кроме вдовых священнослужителей и отставных солдат: архиерей, допустивший нарушение этого указа, должен был платить 500 рублей штрафа и монастырские власти - подвергаться расстрижению и ссылке на каторжную работу. Почему указы Петра Великого требовали таких строгих подтверждений, видно из следующего: в 1731 году известный нам Иоасаф Макеевский, архимандрит Бизюкова монастыря, вместе с известным нам также Иосифом Решиловым поехали погулять в монастырское сельцо Сергиевское и взяли с собой шестнадцатилетнего певчего архиерейского Алексея Давыдова. Отцы, подгулявши, нарядили Давыдова в монашеское платье, в котором он им показался очень красив; тут пришла им мысль сделать сюрприз преосвященному Феофилакту, постричь на самом деле Давыдова, и на другой же день он был пострижен под именем Алимпия. Феофилакт действительно удивился, увидав перед собою шестнадцатилетнего монаха. "На что ты, сударь мой, постригся: ты еще молод и совершенно монашеского чина понести не можешь", - заметил ему добрый архиерей, и этим дело кончилось. Стремление восстановить и развивать меры Петра Великого относительно монастырей продолжалось и по смерти Феофана: в 1738 году императрица издала наказ Синоду, как составить инструкцию для управления Троицкого Сергиева монастыря. По этому наказу архимандрит должен был хранить весь древний церковный порядок благочиния, не смел ничего переменять, иконостасов и утвари не переделывать, но так как правительство имеет особенное старание о снабжении церквей учеными священниками, ибо простой, подлый народ от невежества впадает во всякое зло, а учение есть семя премудрости и благодати божией, всеваемое духом святым в сердца человеческие и от него все добродетели рождаются и процветают; так как необходимо нужно, чтоб в государстве священнический чин просвещен был божественным учением для преподавания слова божия, для искоренения богоненавистных страстей, нечестия, всякого злодеяния, для обращения неверных - мордвы, чуваш, черемис, которых легко привесть в веру Христову, если б были учительные священники и архиереи о том старались бы, то императрица повелевает немедленно в Троицком монастыре завести семинарию для обучения латинскому, греческому и, если возможно, еврейскому языку, начав от грамматики даже до риторики, философии и богословия, а для того набрать учеников до 200 человек. Потом близ Троицкого монастыря построить сиротский дом или определить из женских монастырей для воспитания малолетних сирот и принятия зазорных приносных младенцев. Относительно управления монастырем и его громадным недвижимым имуществом наказ велит переменить одноличное управление на коллегиальное: 12 соборных монахов вместе с архимандритом составляют правление монастыря и решают дела на письме, и все подписываются, как в коллегиях и канцеляриях; без общего суда архимандрит не должен никого наказывать телесно, не может наказывать и переменять соборных монахов. В описываемое время всех монахов в 708 монастырях считалось 7829; монахинь в 240 монастырях - 6453. Число крестьян, которыми владело черное духовенство, простиралось до 758802.