Феофилакт написал "Апокризис, или Возражение на письмо Буддея". Но для издания книги нужно было высочайшее соизволение. К кому же Феофилакт обратился из Твери в Москву для его исходатайствования? К князю Дм. Мих. Голицыну! Князь отговаривался болезнью; тяжело было для его самолюбия признаться, что не может исходатайствовать ничего при дворе, особенно в самом скользком деле, и он говорит посланному от Феофилакта, зачем тот спешит с своим сочинением, если написал, то пусть исправляет; ученый князь приводил в пример св. отцов, которые, написавши книги, долго их исправляли, и преосвященный Стефан долго исправлял "Камень веры", и напечатана она после его смерти. Феофилакт обратился к известному архимандриту троицкому Варлааму, духовнику императрицы. Феофилакта вызвали в Москву, он был во дворце и получил позволение писать на Буддея, но потом его снова потребовали во дворец и обязали под смертным страхом не писать на Буддея. Сам Феофилакт так объяснял дело: "В бытность его во дворце приехал друг новгородского преосвященного, князь Ал. Мих. Черкасский, и знатно, что, по наговору оного архиепископа, князь о том разговорил ее императорскому величеству. И все это препятствие учинилось старанием преосвященного новгородского".
Лопатинскому запретили писать в защиту Яворского, но какой-то протестант написал против него и пустил рукопись под заглавием "Молоток на Камень веры", где Яворский выставлен католиком, иезуитом и вся его деятельность представлена в черном свете. Автора "Молотка" не отыскивали, но отыскали людей, участвовавших в переводе книги Рибейры на русский язык, двоих архимандритов и членов Синода - новоспасского Евфимия Коллети и ипатьевского Платона Малиновского. Феофан Прокопович, раздраженный тем, что в книге Рибейры было указание на его склонность к протестантизму, считал, что люди, решившиеся перевести такую книгу и посвятить ее императрице, принадлежали к партии его заклятых врагов, не дававших ему покоя доносами, пасквилями и подметными письмами; с своей стороны он решился употребить последние усилия, чтоб вскрыть и низложить эту партию, и для этого воспользовался выходками в книге Рибейры против сильных в России иностранцев-лютеран, чтоб связать свои интересы с их интересами и заставить их помогать себе. Он донес императрице, что действуют все люди одной партии: некоторых сослали, но другие - "того же гнезда сверчки, сидят в щелях и посвистывают, и дал бы бог изыскать их и прогнать". О книге Рибейры Феофан доносил; "Иностранных в России мужей ругательне нарицает человечками или людишками и придает, что Русское государство их питает, а церковный закон оными гнушается. Видно, на кого он за пропитание иностранных в Российском государстве нарекает! Всех сплошь протестантов, из которых многое число честные особы и при дворе, и в воинском и гражданском чинах рангами высокими почтены служат, неправдою и неверностью помарал, из чего великопочтенным особам немалое учинил огорчение". Феофана, архиепископа новгородского, почтив титлою премудрейшего, коварно порицает склонностью к протестантам за то, что он в некоем слове своем назвал Буддея зело ученым человеком. А Феофилакту, тверскому архиепископу, сочинил похвалы следующие: "Феофилакт Лопатинский, тверской архиепископ, премудрейший в школах и, по моему известию, преострейший богослов, в епархии предобрейший пастырь, в Синоде правдивейший судья, во всей России из духовных властей прелюбезнейший. Необычайная похвала, - продолжает Феофан, - да еще тому, с которым Рибейра, сколько мы ведаем, редко когда и видался". Во утверждение того, что будто восточного исповедания люди благосклонны к исповеданию римскому, пишет следующее: "В России случалось мне и с премудрейшими немало число иметь беседы, между которыми едва одного мог бы я познать, что католикам он весьма противен. Мудрии греки не гнушаются латинами, но еще священнослужения их почитают, якоже когда и самую я отправлял св. литургию в великом монастыре Троицком, тогда там благоговейнейше предстоял архимандрит со многими, о чем тысячекратно свидетельствовать буду. Подлинно се не рядовое вранье, - замечает Феофан, - и, по моему известию, является, что Рибейра своим или чужим намерением под видом доброхотной к исповеданию нашему защиты насеял многое число вредных плевел к раздражению иностранных народов на российский народ и к междоусобной внутренней в народе российском смуте".
Коллети и Малиновский посажены были в Петербургскую крепость. По делу о пасквиле на Феофана привлечены были в Тайную канцелярию два монаха - Иосиф Решилов и Иоасаф Макеевский, находившиеся в сношениях с Феофилактом Лопатинским, державшиеся около него в надежде, что он будет патриархом. Теперь они оговорили Феофилакта, пересказали его разговоры с ними. Так, однажды в минуту досады он сказал: "Вот здесь житье: всего бойся. Когда б можно где укрыться или хоть в Польшу уехать, если б то можно было. Я бы рад был и этому". Феофилакт проговорился, что у него есть тысяча рублей свих денег, лежат у купца Корыхалова. "У меня они положены на свою нужду, - говорил он, - не дай бог какой на меня беды или сошлют в ссылку - Корыхалов не оставит". По поводу Стефана Яворского Феофилакт говорил: "Много претерпел он от Федоса (Яновского), и когда б та змия больше на своем престоле посидела, то б больше скорпий высидела. И новгородский архиерей Феофан, хотя мне и друг, их же, лютеранскую, сторону держит". По поводу речи о дурном воспитании Петра II Феофилакт хвалил старого учителя Зейкина как человека благочестивого: "А ныне имеется учитель. Остерман, да и того Долгорукие, чтоб не часто ему с его величеством видеться, устранили. А хотя б он, Остерман. и всегда был при государе, однако в наставлении благочестия нечего доброго надеяться, потому что он лютеранской веры. Надобно бы его величеству о том советовать, да некому. Я б и рад, да не смею. А св. Синоду согласиться невозможно затем, что преосвященный новгородский и сам лютеранский защитник и с ними ж только знается". С поднятия тревоги по поводу "Камня веры" робкий Феофилакт был в постоянном страхе. "Спать не могу, - говорил он, - во сне пугаюсь и наяву всегда боюсь, боюсь, чтоб кто заочно не обнес императрице, знаю, что императрица милостива, только женское сердце пуще мужского". Страх не был напрасен: в 1735 году его вытребовали в Петербург и начали томить допросами.