Императрица по докладу Тайной канцелярии приказала потребовать объяснения от Феофана. Феофан представил объяснения. Ему легко было написать, что Маркелл оклеветал его относительно "непристойных слов"; но некоторым, особенно Меншикову, трудно было поверить, что Маркелл все это выдумал. Феофан дал такой смысл своим речам о государыне и Меншикове: "Когда мне сказал страхование свое и слова мятежные Маркелл. тогда, отводя его от оного страха или мечтания, говорил я, что солдат, который будто на него и прочих кричал и угрожал мятежом и сечением, был некто от малконтентов; таковый (молвил я), ярости полный, увидя тебя и дело твое об окладах иконных слышав, яд гнева своего на тебя изблевал. На пример же малконтентов, воспомянув о письме подметном и о выстреленной пуле на экзерциции, и приложил и сие, что, может быть, некии ярятся и на князя светлейшего за превосходство его: все же то сказал я вкратце и не к бесчестию князя светлейшего, и не к поношению ее величества, но просто к его (Маркеллову) утешению, понеже сей лукавец притворял себе великий страх и трепет. Нерядовой же и клеветник, который слово похвальное переделать умеет на ругательное. Он и предики мои похвальные перетолкует на хульные. Воспоминаю, какова известная моя и к ее императорскому величеству, и ко всей ее величества высокой фамилии, и ко всему Российскому государству верность: ибо не токмо никто и никогда ни в деле, ниже в слове моем никакой не мог признать противности, но и многими действиями моими должная моя верность свидетельствована стала. Свидетельствуют о ней многие мои проповеди и не едина книжица изданная, в которых тщательно и многократно поучаю, как верни поддании и послушливы должны быть государям своим; свидетельствуют иные мои сочинения, которыми, как ни есть, по силе моей славе их величества послужил я.. То ж свидетельствуется и от прошлогодского дела о Феодосии. А еще в прошлых 1708 и 1709 годах, когда Мазепина измена была и введенный оною в отечество неприятель, - каков я тогда был к государю и государству, засвидетельствует его сиятельство князь Дмитрий Михайлович Голицын. Но паче всего каковое о моей верности свидетельство блаженные и вечнодостойные памяти государь император неоднократно произносил, их сиятельству высоким министрам известно. А о Маркелле. как к плутовству охотный он, все ведают, кто его изблизка знает: и в прошлом 1718 году, когда он тщался клеветою погубить преосвященного Феофилакта, тверского архиепископа, его величество государь император, яко премудрейший государь, и слушать не похотел".
Ссылкою на свидетельство Петра Великого Феофан начинает защиту свою против обвинений в неправославии: "Известно всем. что я поучений никогда не говорил, разве в присутствии множества честных людей, но и самого императора. Смотри же, благорассудный, как беснуется Маркелл: всех честных людей без всякого изъятия в дураки ставит. Сам Петр Великий, не меньше премудрый, как и сильный монарх, в предиках моих не узнал ереси, а в преблаженной кончине своей и с лобзанием принимал сие мое учение (об оправдании верою), которое Маркелл ересью нарицает. Известно же нам, что тот же монарх две предики Маркелловы в Кронштадте, яко безумные и хульные, обличил, а в моих не усмотрел, что усмотрел Маркелл. Что же надлежит до моих книжиц, первую (о отроческом наставлении) апробовал императорское величество, и как именным указом его сделана, так его ж величества указом везде разослана, и повелено из нее учить детей российских; а книжицу "О блаженствах" его ж величество в Низовом походе прочел и на письме своем своеручном прислал об оной книге таковое в Синод свидетельство, что в ней показуется прямой путь спасения. Кто ж не видит, коликое Маркеллово дерзновение? Кто бо не видит, что он терзает славу толикого монарха?"
Маркелл обвинял Феофана в мнении, что одно св. писание полезно нам к спасению, а св. отец писание имеет в себе многие неправости, потому не надобно его в великой чести иметь и на него полагаться. Феофан отвечает: "Все мы учим и исповедуем, что едино св. писание есть учение основательное о главнейших догматах богословских; приемлем и предания, оному непротивная; а св. отец книги хотя и во втором по св. писании месте полагаем, однако же многополезные нарицаем. О моем к отеческим книгам почитании не едино свидетельствует дело мое: привожу в предиках из книг отеческих свидетельства, то ж делаю в книжице "О блаженствах", и в книжице "Правда воли монаршей", и в книжице "О крещении" и проч.; и в библиотеке моей есть особливая от иних прочиих часть всех церковных учителей, авторов числом больше 600 содержащая, на которые издержал я больше тысящы рублев. И давно уже по силе обучаюсь и навыкаю ведать, о чем который отец св. пишет, дабы в случающихся церковных нуждах скоро можно было выписывать свидетельства. А Маркелл, подлинно ведаю, ни единой никогда книги отеческой и в руках не держал, разве у меня в шкафе стоящие и неотверзтые видел". В другом месте он пишет о Маркелле: "И не ложно могу сказать, что если бы так часто хлеб ел он, как книги читает, то в три-четыре дни не стало бы его".