Еще в начале 1725 года Синоду было донесено, что в Псковском Печерском монастыре лежат на полу 70 икон со снятыми окладами и венцами, и в допросе показывали, что снимать венцы и оклады приказывал архимандрит монастыря Маркелл Родышевский, а Маркелла поставил архимандритом и судьею архиерейского дома Феофан. В 1725 году Феофану удалось замять дело - выручить своего клиента: но в начале 1726 года дело возобновилось, быть может, не без цели привлечь к нему и Феофана, оставшегося теперь главою нововводителей. Маркелл приехал в Петербург отвечать пред Синодом на обвинение, ходил к Феофану; однажды явился он к нему в большом страхе и рассказывал, что два раза встретил гвардейского солдата, который грозил ему: "Будем вас, федосовщину, за то, что ругаете и обираете св. иконы, с вашими начальниками скоро губить: помни это крепко! Вот скоро дождемся колокола, и будет вам!" Сначала Феофан старался успокоить Маркелла и, приписывая его ужас болезненному состоянию, призывал к нему доктора, но потом счел необходимым препроводить его для допросов в Преображенскую канцелярию. Поступок совершенно понятный: человек свидетельствует о приготовляющейся смуте; пусть он донесет об этом, где следует: ибо если Маркелл сам пошел бы с доносом в Преображенскую канцелярию и в допросе сказал, что объявлял об угрозах солдата преосвященному новгородскому, то последнего не поблагодарили бы. Феофан, впрочем, объяснял свой поступок тем, что убедился в притворстве Маркелла, отчего родился в нем страх, не знает ли и в самом деле он чего-нибудь подобного и не распускает ли этих слухов нарочно для смущения народа и для опечаления ее величества. Как бы то ни было, если понятен поступок Феофана, то понятно также, что Маркелл, отосланный в Преображенскую канцелярию человеком, от которого ждал только милости и защиты, сильно раздражался против Феофана и решился выпутаться из своего страшного положения и вместе отомстить Феофану и приобресть расположение и защиту его врагов доносом на новгородского архиерея.
В Преображенской канцелярии Маркелл показал, что он болен меланхолиею, которую навели на него слова двоих александроневских монахов; один сказал ему: "Бог знает, увидимся ли с тобою!", а другой говорил: "Я подарил тебе одну лютеранскую книгу, возьми у меня еще две такие же". Из этих слов Маркелл заключил, не грозит ли беда некоторым синодальным членам за их противности к церкви, и боялся, не взяли бы и его понапрасну, потому что он о противностях к церкви некоторых синодальных членов знает и объявит, где будет приказано. Меланхолия напала на него еще и оттого, что шел за ним какой-то унтер-офицер, бранил бывшего архиерея Федоса за иконоборство и, обратившись к нему, Маркеллу, сказал: "Вы и ваши начальники такие же иконоборцы и церкви противники, потому что против Федоса ни в чем не спорили, помните, что за это скарает вас бог". На другой день гвардейские солдаты, указывая на него, говорили: "Это все федосовщина; хорошо бы всю федосовщину истребить". Маркелл объявил и о разговорах своих с Феофаном политического содержания. Однажды Феофан говорил ему: "Государыня императрица благоволила немного ошибиться в том, что светлейшего князя изволила допустить до всего, за что все на него негодуют, так что и ее величеству не очень приятно, что она то изволила сделать. Поистине говорю, что я наипаче ее величество и на престоле всероссийском утвердил, а то по кончине его императорского величества стали было иные насчет этого прекословить. А ныне многие негодуют, особенно за светлейшего князя, что ее величество изволила ему вручить весь дом свой, и бог знает, что будет далее. Подождать мало: вот в скором времени у нас произойдет что-нибудь великое; про ее императорское величество говорят и то, что она иноземка и лютеранка. Когда императрица изволила смотреть строю, и в то время чуть ее из ружей не убили дважды, и пулею убило человека, который был от нее в полусажени, из чего видно, что многие ее величеству не благоприятствуют; только один, кажется, верен - граф Толстой, но и тот, как все вознегодуют, к ним же приклонится; и то захотелось ей жеманиться, да отнюдь не пристало, потому что вот на нее какие замахи; а воинство муштровать есть на то генералы, а не ее дело". При нем, Маркелле, был у Феофана александроневский архимандрит и говорил: "Вчерашнего числа был у нас в монастыре светлейший князь и пел молебен". Феофан, покачав головою, сказал на это: "На что бога обманывать: он самый недобрый человек, многим зло делает, а показывает себя богомолом и молебны поет". Спрошенный, кто именно синодальные члены и какие противности к церкви имеют, Маркелл представил обличение на Феофана в неправославных мнениях и указал на людей, которые разделяют эти мнения, между прочим на известного проповедника Гавриила Бужинского. Между тем в Синоде продолжалось дело о Маркелле, и явилось на него новое обвинение: между его вещами нашли епитрахиль и пелену со споротыми жемчугами. Синод прислал в Преображенскую канцелярию вопросные пункты Маркеллу, и тот отвечал, что он обирал жемчуг с епитрахили и пелены по приказанию Феофана.