Вслед за тем новые жалобы от Ромодановского: "Велено мне ведать губернию Московскую, а мне управлять никоим образом нельзя: добрых царедворцев самое малое число, и более того сенаты давать не хотят и отказали, а солдат и начальников артикульно и ни одного нет. И многие команды без командиров, а при которых делах командиры и есть, и из тех многие негодны, также и посылки многие в остановке, посылать некого. А по доношениям нашим правит. Сенат довольства и письменного указа не чинят, по многим делам приказывают словесно, а многих доношений и не принимают. От гарнизона нам нет никакой помощи, а только великие и многопомешательные обиды в воровствах, корчмах и других делах. Ныне их честность определили ко мне 5000 человек солдат, в которых ниже вида солдатского, люди нищи и многие дряхлецы, ни мундиру, ни ружья, ни начальных людей, ни командующего с ними не прислано. Во всякий спрос и во всякую отправу и в тягость мы им близки, а в другие губернии им не видно, и когда еще их гнев дойдет, а мои помощники не только м... бранью и многими окриками, но и тюрьмами наказаны, а вины их богу только известны, а нам не показаны... Да и лучший мой и добрый помощник господин вице-губернатор (Ершов) бранью и окриками наказан очень довольно, и посулено ему черевы на кнутьях выметать, а за что - не знаю же и, кроме добрых его трудов в делах ваших, не вижу и не слышу. Он же выбит из двора, и караул сенатский прислан за штрафные деньги, будто за неприсылку книг 710 года; а те книги не его и ведомства, и стоять ему за них не для чего, и отосланы еще до штрафованья задолго. А хотя б и подлинно он такого штрафа достоин, то платить ему конечно нечем, служит тебе, государю, весьма верно и прилежно и бескорыстно, и тебе, государю, служба его много прибыточна: при у правительстве его учинено тебе прибыли 116000 рублев; и всякие губернские дела отправлял верно и ревностно, и народ охранял от многих обид всеусердно, и жалобщиков на него нет; а жалованья ему за губернские его труды не учинено, без чего ему пробыть нельзя, потому что служит бескорыстно и вошел во многие долги".
По первому письму Ромодановского царь послал указ Сенату, чтоб дали во всем управу и объяснили обстоятельно, в чем дело. "Но от их честности, - писал опять Ромодановский, - ничего о том не учинено, и на меня и на помощника моего день ото дня умножается несносное гонение без всякой вины. Гарнизонная комендантская канцелярия завербовала всеми слободами, купецкими разными многими делами, понеже собственные твои, государевы, сироты, купецкие люди исстари беззаступны, и того ради всякому они в команду надобны. Вашему величеству верно известно, что мужик я престарелый, и в роде поколения моего осиротелый по-видимому безнадежно, и одряхлел в достаток, и уже что мне, рабу твоему, надобно? Пожалован я всем довольно и больше ничего не требую, и прочить мне некому". Ромодановский умер в начале 1713 года. У преемника его, Салтыкова, не было ссоры с Сенатом, и шел слух, что он получил место по старанию сенаторов, особенно Мусина-Пушкина и Долгорукого. Но зато началась ссора у губернатора с вице-губернатором Ершовым, который публично, в глаза упрекал Салтыкова в казнокрадстве. В 1716 году царь дал указ Сенату: "Между губернатора и вице-губернатора московских разыскать в их ссорах, а паче того смотреть, в чем они учинили повреждение и убыток государству, а между тем на время велеть быть в Московской губернии губернатором Кириллу Нарышкину, а вице-губернатору старому". Следствием розыска было то, что Нарышкин сделался настоящим, а не временным только губернатором вместо Салтыкова и, подобно Ромодановскому, начал ссориться с Сенатом. В 1717 году Меншиков писал Макарову: "Просил нас слезно губернатор московский господин Нарышкин, что от господ сенаторов великие ему и несносные чинятся напрасные обиды, а именно приказали у него отписать дворы и деревни безо всякой причины, будто за ослушание, а более злясь на него за бывшего губернатора Салтыкова; могу я истинно засвидетельствовать, что они его ругают напрасно; для бога, приложите старание свое у ее величества государыни царицы и у прочих, у кого надлежит, и учините ему вспоможение". Не одни московские губернаторы ссорились с Сенатом; в 1717 году казанский вице-губернатор Кудрявцев писал Макарову: "Я послал царскому величеству особое просительное письмишко, чтоб меня помиловал за бедную мою дряхлость и беспамятство, указал меня от губернаторских дел освободить: несносно стало, по указам от прав. Сената трудно исправляться. Другие губернии милуют, а на нашу все прибавляют, и когда их превосходительству приносим оправдание, здравого рассмотрения не чинят и не принимают; одно затвердили, что наша губерния богата: она так богата сделалась, что перед другими губерниями с дворов все вдвое сбираем, и всеконечно опустеет; а переменить нельзя: хотя чего малого не дошлем, все штрафы да разоренье".
Еще в 1712 году число сенаторов увеличилось тайным советником, генерал-пленопотенциаром, кригс-комиссаром князем Яковом Федоровичем Долгоруким, который занял между ними первое место. Взятый в плен под Нарвою, Долгорукий чудесным образом освободился в 1711 году; его с 44 товарищами привезли было для размены на восточный берег Ботнического залива, но потом опять повезли на шведскую сторону. "И всемилосердый бог, - пишет Долгорукий, - предстательством богоматери дал нам, союзникам, благой случай и бесстрашное дерзновение, что мы могли капитана и солдат, которые нас провожали, пометать в корабли под палубу и ружье их отнять, и, подняв якорь июня 3 дня, пошли в свой путь и ехали тем морем 120 миль и, не доехав до Стокгольма за 10 миль, поворотили на остров Даго. И шкипер наш и штырман знали пути до Стокгольма, а от Стокгольма чрез Балтийское море они ничего не знали и никогда там не бывали и карт морских с собою не имели; и то море переехали мы без всякого ведения, управляемые древним бедственно-плавающих кормщиком, великим отцем Николаем, и на который остров наморились, на самое то место оный кормщик нас у правил". Впоследствии вступили в Сенат граф Петр Матвеевич Апраксин, князь Меншиков, адмирал граф Апраксин, канцлер Головкин, Яков Брюс, подканцлер Шафиров, граф Петр Толстой, князь Дмитрий Голицын, граф Андрей Матвеев, князь Дмитрий Кантемир. Такое увеличение числа сенаторов произошло вследствие того, что с 1718 года в Сенат вошли президенты коллегий. Тогда же Сенат получил право баллотированием выбирать в высшие чины. В наказе воеводам 1719 года говорится, что воевода должен вести себя так, как пред богом, его царским величеством и пред Сенатом и пред всем честным светом ответ дать может. Об обязанностях Сената царь писал: "Никому в Сенате не позволяется разговоры иметь о посторонних делах, которые не касаются службы нашей, тем менее заниматься бездельными разговорами или шутками, понеже Сенат собирается вместо присутствия его величества собственной персоны. Без согласия всего Сената ничего нельзя начинать, тем менее вершить, и надобно, чтоб всякие дела не в особливых домах или беседах, но в Сенате решались и в протокол записывались, и не надлежит сенатским членам никого посторонних с собою в Сенат брать. Всякое дело должно быть исполнено письменно, а не словесно; глава же всему, дабы должность свою и наши указы в памяти имели и до завтра не откладывали; ибо как может государство управлено быть, егда указы действительны не будут: понеже презрение указов ничем не рознится с изменою, и не только равномерную беду принимает государство от обоих, но от этого еще больше, ибо, услышав измену, всяк остережется, а сего никто вскоре не почувствует, но мало-помалу все разорится, и люди в непослушании останутся, чему не что иное, токмо общая погибель, следовать будет, как-то в Греческой монархии явный пример имеем". Сначала сенаторы переезжали из Москвы в Петербург и обратно, но потом окончательно остались в новой столице.