Взятие и истребление Батурина было страшным ударом для Мазепы; люди, доказавшие на деле свою верность к нему, побиты или в руках царских; в тех же руках богатая казна гетманская, большой хлебный магазин сожжен, но всего вреднее впечатление, которое произведет взятие Батурина на малороссиян: почти в виду непобедимых шведов царские войска взяли и уничтожили столицу гетманскую; такое дело смелости и силы сдержит всех! "Злые и несчастливые наши початки! - говорил Мазепа. - Знатно, что бог не благословит моего намерения, а я тем же богом засвидетельствуюся, что не желал христианского кровопролития, но постановил было у себя в намерении, пришед в Батурин с королем шведским, писать до царского величества благодарственный за протекцию его лист и в нем выписать все наши обиды, прежние и теперешние, прав и вольностей отъятие, крайнее разорение, предуготованную всему народу пагубу, а наконец приложить, что мы как свободно под царского величества руку для православного восточного единоверия приклонились, так, будучи свободным народом, свободно теперь отходим и, за протекцию благодарствуя, не хотим руки нашей на кровопролитие христианское простирать, но под протекциею короля шведского совершенного нашего освобождения будем ожидать. Это освобождение я надеялся не войною, но покоем чрез трактаты получить, хотел короля шведского всякими способами преклонять к миру с царем, а теперь, в нынешнем нашем несчастном состоянии, все дела иначе пойдут, и Украйна, Батурином устрашенная, бояться будет заодно с нами стоять".
Украйна действительно не хотела быть заодно с Мазепою. Шведы 4 ноября перешли Десну, а Петр спокойно отправился в тот же день в Глухов для избрания нового гетмана и 7 ноября писал к своим: "Объявляем вам, что после переметчика вора Мазепы вчерашнего дня учинили здешний народ елекцию нового гетмана, где все, как одними устами, выбрали Скоропадского, полковника стародубского: и тако проклятый Мазепа, кроме себе, худа никому не принес, ибо народом и имени его слышать не хотят, и сим изрядным делом вам поздравляю". Приехал в Глухов митрополит киевский с двумя другими архиереями, черниговским и переяславским, и торжественно предали Мазепу проклятию. "Того ж дня и персону оного изменника Мазепы вынесли, и, сняв кавалерию (которая на ту персону была надета с бантом), оную персону бросили в палачевские руки, которую палач взял и, прицепя за веревку, тащил по улице и по площади даже до виселицы и потом повесил". На другой день казнили Чечела и других приверженцев Мазепы, взятых в Батурине.
12 ноября проклятие Мазепе было провозглашено в Москве. В Успенский собор съехались архиереи, бояре, приехал царевич Алексей Петрович, и протодиакон на амвоне начал читать письмо от великого государя к царевичу, что бывший гетман Мазепа, забыв страх божий и крестное целование, ему, великому государю, изменил и отъехал к шведскому королю. Потом отслужили молебен о победе над неприятелем, и митрополит Стефан Яворский стал читать к народу поучение про изменника Мазепу: сначала вспомянул Мазепины к великому государю радетельные службы и к людям добродетели, а потом объявил измену и отъезд к шведскому королю. Окончивши поучение, Стефан обратился к другим архиереям и сказал: "Мы собраны во имя господа Иисуса Христа, и нам дано от самого бога вязать и решить; аще кого свяжем на земли, связан будет и на небеси", - и возгласил трижды: "Изменник Мазепа за крестопреступление и за измену великому государю буди анафема!" Прочие архиереи пропели трижды: "Буди проклят". Затем певчие на клиросах пропели многолетие великому государю и новоизбранному гетману Ивану Скоропадскому.
В то же время в Малороссии читали по всем церквам и прибивали к церковным дверям объявление малороссийских архиереев: "Благочестивейшему монарсе нашему бывший гетман Иоан Мазепа изменил и пристал к еретическому королю шведскому, малороссийские отчизни отчуждился, хотя оную под иго работы лядской поддати и храмы божии на проклятую обратити унею. Сего ради духу св. и нам, малороссийским архиереям, тако изволившим, чужд стался церкви святые православно-кафолические и общения правоверных, и все его единомысленники с ним самоизволне от его царского пресветлого величества до противные части шведские уделившиися, от матери нашея церкви св. восточные суть отвержени и прокляты. К сему же и с позосталых домов их, аще кто-либо соизволяя измене той и предаяйся до их части будет, таковый всяк не токмо от церкви св. восточные, от общения таин св., но и от пребывания православных извержется и весьма чужд будет, архиерейско повелеваем".
Из Глухова царь послал грамоту и к запорожцам. Приглашая их быть послушными новоизбранному гетману Скоропадскому, Петр писал: "Уповаем мы на вашу к нам, великому государю, верность, что вы за отчизну свою и за православную веру и за нас стоять и богоотступного изменника Мазепы прелестей слушать не будете, а за верность вашу к нам милость наша монаршеская к вам умножится и посылано будет к вам нашего жалованья на каждый курень по 1500 злотых украинских на каждый год сверх прежнего годового вам жалованья, и прислать бы вам к нам в военный поход немедленно посланцев своих, с которыми то жалованье к вам тотчас прислано будет, и наша милость к вам за ваши верные службы никогда отъемлема не будет; ибо когда прошлые зимы ваши посланные челобитчики о нашем жалованье были удержаны на Москве, також когда и преж сего наш великого государя гнев на вас являлся, и то все учинилось по письмам и ложным доношениям изменника Мазепы, который к нам писывал на вас почасту, будто вы к нам неверность свою являете, хотя вас теми своими лживыми клеветы привесть в нашу немилость, но ныне мы, видя, что он, вор и изменник Мазепа, то чинил по изменничью своему умыслу напрасно, милость свою за верные и постоянные ваши службы приумножать и вас в оной милости содержать будем непременно, потому нынешний новоизбранный гетман Иван Скоропадский о верной вашей к нам службе доносил".