Скоропадский не спешил к Батурину; к Батурину спешил Меншиков; к Батурину спешил и Мазепа вместе с шведскою армиею. 31 октября Петр писал Меншикову: "Сего моменту получил я от Флюка (ведомость), что неприятель, пришед, стал у реки (Десны) на батуринском тракте, и для того изволь не мешкать". На другой день, 1 ноября, новое письмо: "Когда сие письмо получишь, тогда тотчас, оставя караулы довольные, поди к тому месту, где ныне неприятель мост делает". В тот же день письмо из Субочева: "Объявляем вам, что нерадением генерала-майора Гордона шведы перешли сюды, и того ради извольте быть опасны, понеже мы будем отступать к Глухову; того ради, ежели сей ночи к утру или поутру совершить возможно (взятие Батурина), с помощию божиею окончавайте; ежели же невозможно, то лучше покинуть, ибо неприятель перебирается в четырех милях от Батурина". 2 ноября из деревни Чаплеевки царь писал; "Паки подтверждаю, что шведы перешли на сю сторону реки, и хотя наши крепко держали и трижды их сбивали, однако за неудобностию места одержать не могли, понеже на той стороне реки у неприятеля место было зело удобное, где поставлены были на горе пушки в три боя, и болши держаться нашим было ни по которому образу нельзя: того для извольте быть опасны и потому смотря поступать, ибо неприятель перебрался от Батурина только во шти милях, и наши войска почали отступать к Глухову". Вслед за тем другое письмо в тот же день: "Сей день и будущая ночь вам еще возможно трудиться там, а далее завтрашнего утра (ежели чего не сделано) бавиться (оставаться) вам там опасно".
Меншиков окончил дело в срок. 31 октября он пришел к Батурину, где уже дожидался его князь Дм. Мих. Голицын. Голицын еще до приезда Меншикова имел переговоры с осажденными, которыми начальствовал полковник Чечел и генеральный есаул Кенигсек: и старшина и рядовые отвечали единогласно, что без нового гетмана великороссийских войск в замок не пустят, а гетмана надобно выбирать вольными голосами и пока швед из малороссийских пределов не выступит, до тех пор и гетмана им выбирать нельзя. Меншиков привел полки к реке и хотел по мостам пройти в город, как из замка мазепинцы вывезли шесть пушек и навели их на мосты. Меншиков велел войскам отойти ниже по реке, и когда они построились по берегу, то из замка выехали пять человек и кричали с другого берега, чтоб не ходили, а пойдут силою, то станут бить. Меншиков велел говорить им, чтоб прислали к нему человек двух или трех для разговора: отказали с бранью и уехали прочь. Тогда Меншиков велел переправить через реку на лодках человек с пятьдесят гренадер; увидя это, мазепинцы, стоявшие у мостов с пушками, побежали немедленно в замок с большею тревогою: таким образом мосты были очищены, и царские войска стали перебираться через реку. "Сея ночи, - писал Меншиков, - совсем переберемся, а завтра с божиею помощию будем чинить промысл, ибо никакой склонности к добру в них не является и так говорят, что хотят до последнего человека держаться".
Ночью осажденные выслали к Меншикову письмо, в котором объявляли о своей верности к царскому величеству и готовности впустить его войска в замок, впрочем, требовали, чтоб им дано было три дня сроку для свободного выхода. Но утром, не дожидаясь ответа и не видя еще никакого движения со стороны царского войска, начали стрелять в него из пушек и зажгли посад кругом города. Меншиков послал им ответ на их письмо, чтоб свободно выходили из замка, не боясь ничего; письмо Меншикова было прочтено в кругу. "Отвечать нам некогда!" - закричали мазепинцы и хотели было убить посланного, но потом одумались и выпустили его с криком: "Мы все здесь помрем, а царского войска не пустим!" День прошел в приготовлениях к приступу. 2 ноября, Петр, находившийся в местечке Воронеже (Черниговской губер.), получил письмо от Меншикова: "Доношу вашей милости, что мы сего числа о шти (шести) часах пополуночи здешнюю фортецию с двух сторон штурмовали и по двучасном огню оную взяли". Петр отвечал: "Сего моменту получил я ваше зело радостное писание, за которое вам зело благодарны, паче же бог мздовоздаятель будет вам; что ж принадлежит о городе, и то полагаю на вашу волю: ежели возможно от шведов в нем сидеть, то извольте поправить и посадить в гарнизон хотя драгун в прибавку стрельцам, пока пехота будет (однако ж несколько пушек лучших вывезть в Глухов). Буде же (как я от присланного слышал) оной не крепок, то зело лучше такую великую артиллерию вывезть в Глухов (которое там зело ныне нужно), а строенье сжечь, понеже когда в таком слабом городе такую артиллерию оставить, то шведы так же легко могут взять, как мы взяли, и для того не изволь время терять, ибо сего дня шведы перешли реку и чаю завтра конечно пойдут к Батурину или куды глубже: и того ради опасно, дабы не помешали вам в вывозе артиллерии; буде же не успеете вывезть, то лучше разжечь или разорвать и штуками, раздав, вывезть. P. S. Ежели есть булава и знамена, изволь прислать для нового гетмана; зело нужно, також канцелярию возми с собою всю их". Меншиков рассудил, что зело лучше сжечь Батурин.