Софья решилась ехать сама к Троице. В том самом селе Воздвиженском, где семь лет тому назад она велела казнить Хованского, встретил ее стольник Бутурлин и от имени великого государя объявил, чтоб она в монастырь не ходила. "Непременно пойду", - отвечала Софья; но за Бутурлиным явился боярин князь Троекуров с объявлением, что если она пойдет, то с нею нечестно поступлено будет; отряд вооруженных людей уже показался в Воздвиженском.
Софья поспешно возвратилась, велела позвать к себе стрельцов, старых, на которых особенно полагалась, и стала им жаловаться, что чуть ее не застрелили в Воздвиженском, насилу ушла: что Нарышкины с Лопухиными хотят извести царя Ивана, добираются и до нее. "Можно ли на вас надеяться? - говорит Софья. - Надобны ли мы вам? А если не надобны, то пойдем с братом где-нибудь себе кельи искать". Горько жалуется, что нет житья от Бориса Голицына и Льва Нарышкина: "Меньшего брата с ума споили, старшего ни во что ставят, комнату его дровами завалили; ее, Софью, называют девкою, как будто не дочь она царя Алексея Михайловича; хотят отрубить голову князю Василью Васильевичу, который сделал так много добра: с Польшею заключил мир вечный; с Дону прежде беглых не выдавали, а теперь выдают его промыслом; житье наше ставится коротко; радела она обо всячине, и все из рук тащат". "Не уходите к Троице, пожалуй, и вы побежите? целуйте крест!" И привела стрельцов к присяге, что не побегут. Но это не помогло. Наступило 1 сентября, праздник Нового года. Нерадостно встретила его Софья и ее приверженцы: из Троицкого монастыря приехал полковник Нечаев с стрельцами, привез к царю Ивану и Софье грамоту, в которой Петр извещал их о заговоре и требовал присылки Федьки Шакловитого и старца Сильвестра Медведева с сообщниками для розыска к Троице. Это произвело сильное движение при дворе; народ был поражен; большинство, по словам очевидца, решило оставаться спокойным и ждать, чем кончится дело. Нечаева позвали на Верх и спросили, как он смел привезти грамоту? Тот отвечал, что не смел ослушаться царского повеления. Софья велела отрубить ему голову, но он спасся тем, что не могли или не хотели скоро сыскать палача, а между тем гнев Софьи прошел. Но от Троицы вместе с Нечаевым приехали также и стрельцы; Софья велела позвать их к Красному крыльцу и, сошедши вниз, начала говорить: "Для чего вы приехали? и с каким указом? чему вы тому верите, что вам в Троицком монастыре прочитали, те письма от воров составлены, и вы без указу с Москвы в Троицкий монастырь не ездите для того: брат мой, Петр Алексеевич, меня к себе в монастырь не допустил. И за которыми людьми вы присланы, и я их вам не отдам для того: будет отдать вам девять человек, а они оговорят и 900 человек, чему тому верить? Довелось прислать тех к Москве для розыску, которые их оговаривают, и я вас не отпущу, и которые пойманы и сидят на съезжих избах - не дам и для того в Троицкий монастырь пошлю боярина. Знатно то дело клонят, хотят меня извести. Злые люди учинили между нами ссору и научили говорить об умысле против царя Петра Алексеевича и других. Завистию к верной службе и радению Федора Шакловитого назвали его заводчиком злого умысла. Чтоб разведать обо всем, я сама пошла к Троице, но царь Петр Алексеевич велел меня остановить по наущению злых советников, и должна была я возвратиться с великим срамом. Всем вам ведомо, как я в эти семь лет правительствовала, а приняла правительство в самое смутное время, учинила славный вечный мир с христианским соседним государем, а враги креста Христова от оружия моего в ужасе пребывают. Вы за ваши службы пожалованы нашим великим жалованьем, и милость нашу к себе всегда видели. Ужели после того вы нам учинитесь неверны, поверивши вымыслу злых людей, которые всему христианству добра не желают и смуту заводят. Не головы Федора Шакловитого ищут, ищут головы моей и брата моего, Ивана Алексеевича".
В сильном волнении Софья не чувствовала усталости; подозвала к себе лучших из торговых и посадских людей и говорила им в том же роде; наконец велела собрать весь народ, бывший в Кремле, и держала перед ним, по свидетельству очевидца, длинную прекрасную речь.
А между тем в Кремле все было приготовлено к празднованию Нового лета. Но патриарха нет, царь Иван нездоров, царевне-правительнице не до праздника - и приготовления были отменены. Стрельцов угостили водкою. Знать и служилые иноземцы получили свою чарку водки из рук самого царя Ивана Алексеевича. В это время Шакловитый служил последнюю службу царевне: писал сказку ко всем чинам Московского государства с изложением всего дела для оправдания Софьи, для обвинения стороны противной, писал, как царевна приняла правительство по челобитью всего народа, по благословению патриарха, а теперь Нарышкины ее и брата ее царя Ивана Алексеевича бесчестят, к руке не ходят, прибрали потешных конюхов, от которых многим людям чинятся обиды и насилия; на челобитные об этом царю Петру нет ответа; комнату царя Ивана забросали поленьями, изломали его венец.