Но не одни Мельнов и Ладогин спешили в Преображенское со своим изветом. Вечером вельможи узнали, что в Кремль пускают только самых известных и доверенных лиц у правительницы. Это так встревожило людей, державших сторону Петра, что они отправились немедленно в Преображенское. Немного за полночь, когда Петр спал уже крепким сном, его будят и говорят: приехали из Москвы стрельцы и другие люди с известием, что множество стрельцов собрано в Кремле, хотят приходить в Преображенское бунтом. Испуганный царь вскочил с постели как был и прямо на конюшню, сел на лошадь и в ближний лес, куда уже ему принесли платье. Одевшись, поскакал с постельничим Гаврилою Головкиным, карлою и одним из изветчиков-стрельцов к Троице, куда приехал около 6 часов утра в сильной усталости, и только что успел войти в комнату, как бросился на постель и, заливаясь слезами, рассказал о своей беде прибежавшему архимандриту Викентию и просил у него защиты. Осьмого же числа приехали к Троице царица Наталья Кирилловна с дочерью и невесткою, преданная Петру знать, потешные и стрельцы Сухарева полка. Главным распорядителем здесь явился князь Борис Голицын.
Москва пришла в ужас, когда 8 числа распространилась весть об отъезде царя из Преображенского. Усобица начиналась; чем-то кончится? На Верху старались показывать вид, что не обращают на это происшествие большого внимания. Шакловитый, узнавши об нем, сказал: "Вольно ему, взбесяся, бегать". Софья объявила стрельцам, что если б они не остереглись, то всех бы их передавили потешные конюхи. Но другое было объявлено царю Петру, когда 9 числа он прислал к царю Ивану и Софье спросить, зачем были собраны стрельцы в такое необычное время. Ему отвечали, что стрельцы должны были провожать царевну в монастырь на богомолье. Вслед за тем другая присылка от Петра - отпустить к нему полковника Цыклера с 50 стрельцами. После узнали, что это была хитрость Цыклера. Как мы видели, он был ревностным приверженцем Софьи и участником в стрелецком бунте. Теперь он увидел, что, по всем вероятностям, возьмет верх Петр, и дал знать к Троице, чтоб его вызвали туда и он откроет много нужных вещей. Цыклера отпустили после долгих совещаний и отговорок. За Цыклером отправились также с изветами к Троице Елизарьев, Феоктистов, Ульфов, Турка, Капранов, Троицкий.
Софье нельзя было долго оставаться в спокойном ожидании, что начнут у Троицы. Она не могла не понимать, как выгодно было положение Петра в борьбе; она сама прежде, в распре с Хованским, указала эту дорогу к Троице как самую удобную. 13 числа отправлен был к Петру боярин князь Иван Борисович Троекуров; 15-го он возвратился и привез не очень любезный ответ, а на другой день явилась в Москве грамота от царя Петра в солдатские и стрелецкие полки, чтоб начальные люди и по 10 человек рядовых из каждого полка были у Троицы к 18 числу Софья, посоветовавшись с ближними людьми, велела позвать к себе начальных людей из каждого полка, держала к ним сильную речь и настрого запретила, чтоб не смели ходить к Троице и вмешиваться в распрю ее с братом, и когда стрелецкие полковники обнаружили свое недоумение, то Софья сказала им, что если кто-нибудь из них пойдет к Троице, то будет пойман и потеряет голову.
Надобно было спешить окончанием дела, и в тот же день дядька царя Ивана князь Петр Иванович Прозоровский вместе с духовником Петра были отправлены к Троице с извинением, что никак нельзя было исполнить требование царя и прислать к нему требуемое войско; в то же время Прозоровский и духовник должны были употребить все средства к примирению Петра с сестрой, и для успокоения стрельцов и солдат в Москве был распущен слух, что царская грамота была прислана без ведома Петра, умышленном князя Бориса Голицына. 18 числа возвратились Прозоровский и духовник ни с чем. Схватились за соло мину, решились послать патриарха, о котором Софья сама прежде говорила: "Посягает он на меня; чем бы ему уговаривать, а он сам посягает". Иоаким был рад вырваться из Москвы, из рук врагов своих, уехал к Троице и там остался: Петр приобрел важного союзника. Прошло несколько дней в ожиданиях; 27 августа новая царская грамота от Троицы в стрелецкие полки, в гостиную сотню, в дворцовые слободы и черные сотни, чтоб все полковники и начальные люди с 10 рядовыми из каждого полка, а из сотен и слобод старосты с 10 тяглецами явились немедленно к Троице, а кто не явится, тому быть в смертной казни. Толпы стрельцов, повинуясь указу, двинулись из Москвы. У Троицы сам царь вышел к ним перед дворец с матерью и патриархом и объявил об умысле Шакловитого. Дьяк прочел выписку из расспросных речей и стрелецких изветов, патриарх стал увещевать, чтоб пришедшие стрельцы объявили всю правду, что знают, грозя в случае несправедливого показания архиерейским неблагословением. Стрельцы завопили, что они Федькина злого умысла не знают, великим государям служат и работают, как служили и работали их предкам, рады ловить воров и изменников и во всем исполнять волю государскую. Но некоторые порассказали кой-что.