Голицын отослал донос в Москву и до получения царского указа, разумеется, не мог приступить ни к чему, ни в пользу гетмана, ни против него. Войско продолжало двигаться назад, теряя много офицеров и солдат. По переходе чрез реку Орель 12 июля приехал к войску Шакловитый с милостивым словом за службу, спрашивал о здоровье всех от мала до велика. 14-го собрали военный совет для решения вопроса: что делать этим летом для воспрепятствования татарам вторгаться в Польшу или Украйну? Шакловитый предложил последнюю статью своего наказа - построить крепость на Самаре; вероятно, Голицын убедил его в невозможности исполнения первых, особенно когда открылось гетманское дело. По окончании военного совета Шакловитый спросил гетмана зачем он, как узнано, позволил зажечь степи? Самойлович отвечал что он ничего не знает о пожоге. Тем дело и кончилось; после совета все начальные люди пошли обедать к гетману, и после обеда по обычаю гости дарили хозяина. 16 июля уехал Шакло витый, 21-го войска переправились через реку Коломак, недалек от Полтавы, и раскинули стан; сюда пригнал гонец из Москвы к Голицыну с указом созвать старшину и сказать ей, что "великие государи, по тому их челобитью, Ивану Самойлову, буде он им, старшине и всему войску малороссийскому, негоден, быть гетманом не указали и указали, у него великих государей знамя и булаву и всякие войсковые клейноты отобрав, послать его в великороссийские города за крепкою стражею, а на его место гетманом учи нить, кого они, старшина, со всем войском малороссийским излюбят; а сказав им указ о посылке гетмана в великороссийский который город пристойно, также и о детях и о свойственниках гетманских по избрании нового гетмана учинить ближнему боярину по своему рассмотрению, как господь бог вразумит и наставит". Из этого указа ясно видно, что в Москве смотрели на дело Самойловича как на чисто малороссийское, не убеждались доносом в его измене, но не хотели оставлять гетманом человека, возбудившего всеобщее неудовольствие, боялись, "чтоб от того, от чего, боже сохрани, во всей Малороссии не учинилось какого замешания, бунта и кровопролития", как сказано в той же грамоте.
Получивши указ, Голицын призвал к себе русских полковников находившихся постоянно при гетмане, и приказал им как можно осторожнее, без шума, сдвинуть и запереть обоз около ставки Самойловича, из опасения, чтоб козаки не вздумали напасть на нелюбимого гетмана. Боярин велел полковникам дать знать старшине, что пришел указ о свержении гетмана и об избрании нового и чтоб они дали знать, когда у них будет все готово. Вечером полковники тихонько начали сдвигать обоз; однако это движение не могло утаиться от слуг гетманских, которые сейчас же дали знать об нем Самойловичу. Тот догадался, что затевается что-то недоброе; боялся он насилия со стороны козаков и ночью написал полковникам письмо, в котором выставлял свои заслуги правительству, объявлял свою невинность, требовал, чтоб его выслушали Ответа не было. В полночь явился к Голицыну генеральный писарь Кочубей с известием, что все в безопасности, и с просьбою об арестовании гетмана. Боярин приказал, чтоб на рассвете гетман с сыном были схвачены и приведены к нему, также чтоб отданы были под стражу люди подозрительные, находившиеся в приближении у гетмана, наконец, приказал расставить сторожей по всем дорогам из стана, чтоб никто не смел уйти, дать знать сыну гетманскому Григорию о судьбе отцовской и возбудить мятеж по городам и се лам. Все было исполнено. На рассвете пошли было схватить Самойловича, но не застали его в шатре, он был в церкви и усердно молился. Когда служба кончилась и гетман вышел из церкви. подошел к нему отставной переяславский полковник Дмитрашка Райча, схватил его за руку и сказал: "Пойдем со мной". Гетман посмотрел вокруг и потребовал, чтоб ему дали переговорить с русскими полковниками. Полковники не замедлили явиться, ведя захваченного ими сына гетманского Якова. Гетмана посадили на дрянную телегу, сына его верхом на клячу и повезли под прикрытием стрельцов в большой стан к Голицыну. Здесь на открытом воздухе сидели все воеводы, генералы и полковники; явилась старшина и в краткой речи объявила, что она давно уже видела великие тягости от гетмана, а напоследок объявились и изменнические дела, о которых они и донесли, служа их царским величествам. Так как теперь гетман схвачен и привезен в стан, то они, старшина, требуют, чтоб с ним поступлено было по войсковому праву. Голицын спросил, не обвиняют ли они гетмана, мстя ему какие-нибудь свои недружбы, и нельзя ли эти неудовольствия успокоить каким-нибудь другим образом? Старшины отвечали: "Хотя оскорбления, нанесенные гетманом народу и большей части из нас, и очень велики, однако мы не решились бы поступить с ним таким образом, если бы к тому же не присоединилась и измена, о которой. по нашей присяге, мы не можем умолчать; кроме того, мы с большим трудом могли удержать народ, чтоб он не растерзал гетмана: так он стал всем ненавистен". Тут входит старый гетман, опираясь на трость с серебряным набалдашником, голова его обернута мок рым платком, потому что он давно уже страдал глазами и головны ми болями. Голицын в коротких словах пересчитал ему обвинения гетман отвергнул все обвинения и начал оправдываться; поднялись споры между ним и тремя полковниками, Дмитрашкою Райчею, Солониною и Гамалеею. Голицын велел вывести Самойловича; козаки хотели было наложить на него руки, но Голицын сдержал их и отдал гетмана с сыном под охрану стрелецким полковникам.