Как бы то ни было, теперь надобно было укрощать возмутившихся бурят силою, огненным боем. Раздраженные буряты не бегали от государевых ратных людей, выходили на бой человек по тысяче и больше, собираясь из многих родов, и отчаянная борьба продолжалась до 1655 года, когда наконец истощенные буряты принуждены были признать владычество пришельцев. Между тем Колесников, виновник бурятского восстания, действовал удачно на Байкале против тунгусов, которые обещали довести его до серебряной руды. В 1647 году Колесников возвратился в Енисейск и представил воеводам ясак, собранный с новых байкальских земель, меха ценою на тысячу рублей; кроме того, Колесников объявил, что посылал четырех из своих козаков с вожами-тунгусами для вестей о серебряной руде. Посланные были в Монгольской земле, где князек Турукой великому государю поклонился, обещаясь быть послушным с 20000 своих подданных; князек сказал, что золотая и серебряная руда подлинно есть и от него близко, у Богдыцаря (в Китае), и к нему, князьку, ее привозят; в доказательство он послал великому государю кусочек золота весом в четыре золотника да чашку и тарелку серебряные. На смену Колесникову пошли из Енисейска к Байкалу другие начальники отряда, другие сборщики ясака. В 1661 году основан был Иркутск.
Из Енисейска шли отряды русских ратных людей для занятия земель и подчинения инородцев по Ангаре, Байкалу, Витиму, Шилке, Селенге; из Якутска шли отряды на север к самому Ледовитому морю, на восток к Охотску, на юг к Амуру. Дикари Северо-Восточной Сибири так же неохотно сносили владычество пришельцев, как и дикари Западной, и восставали при первом удобном случае. В сороковых годах взволновались якуты около Якутска, но были укрощены сильными мерами воеводы Петра Головина. В 1645 году на крайнем севере, на реке Индигирке, встали юкагиры, князек Пелева с товарищами, убили русского служилого человека и выхватили своих аманатов, содержавшихся в русском ясачном зимовье. Против них отправились из Якутска служилые люди Горелый и Катаев, погромили Пелеву, взяли новых аманатов. Но в 1650 году изменили алазейские юкагиры, убили двоих служилых людей, государеву казну пограбили, по промыслам торговых и промышленных людей многих побили. Катаев пошел против изменников из Алазейского ясачного зимовья вверх по реке Алазее и наконец отыскал юкагиров: живут в большом острожке человек с 200 больших мужиков, которые луком владеют, кроме подростков, олени все собраны в том же острожке. Русские поставили своих два острожка, один в 40, а другой в 20 саженях от юкагирского. Началась стрельба с обеих сторон: где юкагиры ранят, там русские бьют до смерти; потом русские сделали шесть щитов, выкатили их и начали приготовляться идти за ними на юкагирский острожек. Дикари испугались, увидали, что им не отсидеться, и начали кричать: "Не убивайте нас, мы дадим аманатов и государев ясак станем платить, а теперь у нас соболей нет, этою осенью мы не промышляли, боялись вас, козаков, жили все в острожке". Русские остановились и взяли в аманаты лучших князьков.
Русские достигли уже и реки Колымы; стоявший на ней сын боярский Власьев в 1649 году отправил служилых и промышленных людей под начальством Никиты Семенова далее к северо-востоку, к верховьям реки Ануя, налагать ясак на непокорных еще инородцев. Они отыскали дикарей, погромили их по обычному выражению, и пленники сказали, что за Камнем (за горами) есть новая река Анадыр и подошла она к вершине Ануя близко. Немедленно прибрались охочие промышленные люди и подали Власьеву челобитную отпустить их в те новые места, за ту захребетную реку Анадыр, для прииску вновь ясачных людей и приводу их под царскую высокую руку. Власьев отпустил их под предводительством Семена Моторы. У них явились соперники: служилый человек Стадухин, послыша речи дикарей, начал также собираться на Анадыр. Но еще прежде, летом 1648 года, служилый человек Семен Дежнев отправился из устья Колымы морем для открытия новых землиц. "Носило меня, - пишет Дежнев, - по морю после Покрова богородицы всюду неволею и выбросило на берег в передний конец за Анадыр-реку, а было нас на коче всех двадцать пять человек, и пошли мы все в гору, сами пути себе не знаем, холодны и голодны, наги и босы, и шел я, бедный Семейка, с товарищи до Анадыра-реки ровно десять недель, и попали на Анадыр-реку внизу близко моря, и рыбы добыть не могли, лесу нет, и с голоду мы, бедные, врознь разбежались. Осталось нас от двадцати пяти человек всего двенадцать человек, и пошли мы в судах вверх по Анадыру-реке и шли до анаульских людей, взяли два человека за боем и ясак с них взяли". Тут Дежнев встретился с Семеном Моторою, который сухим путем достиг Анадыра, и пошли вместе. Но Стадухин идет следом за Дежневым и Моторою и громит тех дикарей, которые уже дали ясак Дежневу. Однажды в виду дикарей, сидевших в своем острожке, произошла любопытная сцена: между Дежневым и Стадухиным началась перебранка. "Ты делаешь негораздо, - говорил Дежнев Стадухину, - побиваешь иноземцев без разбора". "Это люди неясачные, - отвечал тот, - а если они ясачные, то ты ступай к ним, зови их вон из острожка и возьми с них государев ясак". Дежнев начал говорить дикарям, чтобы они выходили без боязни и дали ясак, и один из дикарей стал подавать из юрты соболи. У Стадухина разгорелись глаза на соболи, которые брал Дежнев, он бросился на него, вырвал из рук меха и стал бить по щекам. Дежнев после того почел за лучшее уйти как можно подальше от Стадухина. В 1652 году Дежнев с товарищами вышел из устья Анадыра в море на судах, главный промысел их тут состоял в битве моржей и в сборе моржового зуба. "Зверя вылегает очень много, - пишет Дежнев, - на самом мысу вкруг с морской стороны на полверсты и больше, а в гору сажень на тридцать и на сорок". Дежнев дошел до большого Каменного Носу: "А тот нос вышел в море гораздо далеко, живут на нем люди чукчи, много их очень, а против носу на островах живут люди, называют их зубатыми, потому что пронимают они сквозь губу по два зуба немалых костяных". Но одним моржовым промыслом русские люди не могли заниматься в устье Анадыра, должны были также драться с коряками. "Мы на них ходили, - пишет Дежнев, - и нашли их четырнадцать юрт в крепком острожке; бог нам помог, тех людей разгромили всех, жен и детей у них взяли, но сами они ушли, а лучшие мужики увели и жен с детьми, потому что они люди многие, юрты у них большие, в одной юрте живет семей по десяти; а мы были люди невелики, всех нас было двенадцать человек". По вестям от Дежнева немедленно отправлен был из Якутска стрелецкий сотник утвердить власть великого государя в новой землице и установить порядок в промыслах с соблюдением казенного интереса. Но в то время как прибирали к рукам новые землицы, с трудом удерживали старые вследствие восстания дикарей - на реках Яне и Индигирке. В 1666 году ламуты осадили русский острожек на Индигирке, осажденные отбились, но дикари не платили целый год ясака. В начале следующего года ламуты, "собрав себе воровское великое собранье, приступили ночью к острожку и начали острожные стены, ясачное зимовье и острожные ворота рубить топорами, а иные приставили лестницы к стенам через амбары. Служилые и промышленные люди бой с ними поставили и убили у них лучших трех человек и многих переранили". Ламуты испугались, побросали свое оружие и ушли; гнаться за ними было нельзя, потому что служилых людей в острожке было только пять человек да промышленных десять, оружия, свинцу и пороху нет, да и взять негде.