Опасения красноярского воеводы не сбылись, но зато в 1657 году пришла очередь томскому трепетать пред кочевниками. Сын Алтын-хана с 4000 войска напал нечаянно на киргизов, разбил их и заставил покориться себе, после чего царевич направился прямо на татар Томского уезда. Монгольский царевич поступал по примеру предков своих, завоевателей XIII века, всех молодых людей из киргизов и татар набирал в свое войско, которое оттого скоро удвоилось. Он уже заключил договор и с телеутским князьком, чтобы в одно время напасть на Томск, но весть о смерти старика отца заставила царевича возвратиться в свои степи. После того десять лет было мирно: воровал только изменник-киргизский князец Ереняк, но в 1667 году Красноярск должен был выдержать осаду от калмыцкого тайши Сенги, соединившегося с Ереняком. В калмыцкие улусы отправился из Томска сын боярский спросить тайшу: "Ты ли, Сенга-тайша, своих людей посылал, или они сами собою ходили под Красноярск?" Ответа не было, тайша про здоровье великого государя не спрашивал и царское жалованье, сукна и камки, принял не по достоинству, не честно. Ереняк не переставал рассылать по ясачным волостям стрелы с угрозами, что придет опять войною вместе с калмыками, если ясачные не будут платить своего ясака тайше Сенге. Калмыкам удалось утвердить свою власть над телеутами, но некоторые из последних отъехали в Томск. Сенга требовал их выдачи и очень сердился, когда этого требования не исполняли; он говорил посланцу томского воеводы: "Я у великих государей прошу своих людей, белых калмыков, по многие годы, и великие государи меня не жалуют, моих людей мне не отдают; и если вперед не отдадут, то из Томска ко мне послов не посылали бы, Томск я буду воевать". Томск, Енисейск, Красноярск, Кузнецк были в постоянной тревоге, потому что кроме калмыков и киргизов поднялись тубинцы, алтырцы и особенно телеуты, не дававшие покою Кузнецку. Наконец, в 1674 году томский воевода князь Данила Борятинский получил указ соединить силы четырех городов и смирить войною изменников. Начали с телеутов - "и на всех боях государевых изменников побито было много".
И тобольские воеводы также должны были иметь дело с калмыками, которые прикочевали к реке Ишиму. Воеводы вошли в сношения с тайшею их Дундуком и уговорили его подклониться под высокую руку великого государя. Летом 1674 года к Дундуку поехал стрелецкий голова Аршинский для осмотра земель, занятых калмыками, и для истребования аманатов. Аршинский был встречен очень почетно, и дело шло как нельзя лучше, Дундук уверял в своей преданности великому государю. Уже девять дней прожил Аршинский в улусе, на десятый Дундук прислал звать его к себе: "Посоветуемся, как бы написать к великому государю грамоту поскладнее". В то время как подьячий писал грамоту, тайша разговаривал с Аршинским: "Посылаю я двоих своих людей с грамотою к великому государю в Москву; в прошлом году я также посылал человека своего в челобитчиках в Тобольск и в Москву с служилым татарином Авезбакеем; этого человека моего из Тобольска в Москву не скоро отпустили, манили со дня на день, а дорогою Авезбакей говорил ему, что сына моего выучат грамоте и крестят". Сказавши эти слова, Дундук закричал и велел своим калмыкам связать Аршинского и всех бывших при нем русских и ограбить их донага. "Правда моя идет вам от Авезбакея, - объявил тайша Аршинскому, - впрочем, не бойся, до смерти не побьют". Между тем калмыки стали вьючиться и выступили в поход. Русских вели связанных. Перевезшись за Ишим, Дундук велел привести к себе Аршинского и сказал ему: "Взял я у тебя свое имение, а не твое и не твоих товарищей; вы ищите своего добра на Авезбакее, потому что я дал ему двадцать лошадей и приказывал привезти из Москвы товару, а он ничего не привез и сам ко мне не приехал". Аршинский с 30 товарищами был отпущен в Тобольск пешком, но калмык смиловался, дал им с полпуда круп на дорогу.
Но в то время как старые русские поселения за Уральскими горами подвергались опасности от восстания туземцев, подкрепляемых калмыками, в то время, когда поднимались против русских людей старые подданные великого государя, башкирцы, черемисы, чуваши и мордва, - в то время русские люди в далеких пределах Северной Азии неутомимо искали новых землиц для поселения, новых народцев, на которых бы можно было наложить ясак, новых торговых путей, и посольства великого государя являются перед Сыном Неба, в Срединной империи.
Утверждение русских людей в Восточной Сибири происходило с такими же ничтожными средствами, как и в Западной, и происходило при недостатке единства в действиях, ибо правительственный надзор по отдаленности был слаб. В конце царствования Михаила Феодоровича русские козацкие пятидесятники, сидевшие с своими козаками в Верхоленском Братском остроге, дрались с бурятами, заставляя их платить ясак великому государю, подкрепляя свои пять десятков небольшими толпами из промышленных и гулящих охочих людей. Но в то же время атаман Колесников, отправленный из Енисейска для проведывания "про Байкал-озеро и про серебряную руду", поставил острог на Ангаре и стал также требовать ясака с бурятов; те не давали на том основании, что они относят ясак в Верхоленский острог, а Колесников, видя в отказе непокорность, стал их воевать и разорять. Буряты взволновались и начали действовать враждебно против русских. "Что это, - говорили они, - от одного государя приходят к нам двойные люди? Одни из Верхоленска берут с нас ясак на государя, а другие от того же государя приходят на нас войною, бьют, жен и детей в плен берут, скот и лошадей отгоняют: как же нам под государевою рукою быть?"