Подобные разговоры Никона с посетителями, старание его выставить, как он необходим для государства, как все было хорошо при нем и все стало дурно после него, разумеется, не могли возбудить в Москве желания позволить всем ездить в Воскресенский монастырь. Царь отправил к Никону дьяка Дементия Башмакова объявить, что духовенству не было никакого запрета ездить к нему в Воскресенский монастырь. Башмаков нашел патриарха в пустыни близ монастыря, спросил от имени государева о спасении и поднес жалованье: вино церковное, муку пшеничную, мед-сырец, рыбу. Никон бил челом за жалованье, спрашивал о государевом многолетнем здоровье и потом пошел к обедне. После обедни патриарх отправился из пустыни в большой монастырь, перед ним шли дети боярские; у монастырских ворот по сторонам стояли стрельцы, человек с десять, на монастыре встречал архимандрит с братиею. Вошедши в келью с Башмаковым, Никон начал жаловаться, что его забывают, что его не считают больше патриархом. "Между властями, - говорил он, - много моих ставленников, они обязаны меня почитать, они давали мне письмо за своими руками, что будут почитать меня и слушаться. Я оставил святительский престол в Москве своею волею, московским не зовусь и никогда зваться не буду; но патриаршества я не оставлял, и благодать св. духа от меня не отнята: в Воскресенском монастыре были два человека, одержимые черным недугом, я об них молился, и они от своей болезни освободились; и когда я был на патриаршестве, и в то время моими молитвами многие от различных болезней освободились".
Эти притязания Никона сильно смутили царя, должны были смутить многих, даже и не врагов Никона: теперь нельзя было приступить к избранию нового патриарха, не решивши вопроса, в каком же отношении будет находиться новый патриарх к старому? Притязания Никона явно показывали, что он хочет сохранить первенствующее положение, хочет сохранить прежнюю власть над владыками, указывая на то, что они поставлены им и клялись быть ему послушными. Будет, следовательно, два патриарха? И как выбирать нового? Какое значение дать при этом Никону, а Никон малым значением не удовольствуется! Он говорит, что благодать осталась с ним, что он чудотворец! Скоро Никон высказался, какое он хочет иметь значение при избрании нового патриарха. Крутицкий митрополит, который вследствие его удаления принял управление делами патриаршества, счел себя вправе заменить патриарха и в известной церемонии в Вербное воскресенье, когда патриарх ездил на осляте, представляя Христа, въезжавшего таким образом в Иерусалим. Никон, узнавши об этом, послал такое письмо государю: "Некто дерзнул седалище великого архиерея всея Руси олюбодействовать, в неделю ваий деяние действовать. Я пишу это не сам собою и не желая возвращения к любоначалию и ко власти, как пес к своей блевотине. Если хотите избирать патриарха благозаконно, праведно и божественно, да призовется наше смирение с благоволением, честно. Да начнется избрание соборно, да сотворится благочестиво, как дело божественное; и кого божественная благодать изберет на великое архиерейство, того мы благословим и передадим божественную благодать, как сами ее приняли; как от света воссиявает свет, так от содержащего божественную благодать приидет она на новоизбранного чрез рукоположение, и в первом не умалится, как свеча, зажигая многие другие свечи, не умаляется в своем свете".
После этого было ясно, что русской церкви предстоит двупатриаршество, 1 апреля 1659 года отправились к Никону от царя думный дворянин Прокофий Елизаров и думный дьяк Алмаз Иванов напомнить ему, что он от патриаршества отказался и потому уже не следует ему вмешиваться в дела церковные. "Ты с князем Трубецким приказывал, - говорил Елизаров, - что московским патриархом никогда не будешь и дела тебе до архиерейского чина нет: а теперь пишешь, что крутицкий митрополит дерзнул седалище великого архиерея олюбодействовать; оставя паству свою, писать тебе этого не довелось; действо учинил митрополит по государеву указу, и прежде всегда так бывало". "Первый архиерей, - отвечал Никон, - во образ Христов, а митрополиты, архиепископы и епископы во образ апостолов, и рабу на седалище господина дерзать не достоит; прежде делали это по неведению, и сам я в Новгороде делал по неведению, а во время архиерейства своего во многих суетах исправить этого не успел. А престол святительский оставил я своею волею, никем не гоним, имени патриаршеского я не отрицался, только не хочу называться московским, о возвращении же на прежний престол и в мыслях у меня нет". Елизаров продолжал свое: "Вперед о таких делах к великому государю не пиши, потому что ты патриаршество оставил". Никон: "В прежних давних летах благочестивым царям греческим об исправлении духовных дел и пустынники возвещали: я своею волею оставил паству, а попечения об истине не оставил и вперед об исправлении духовных дел молчать не стану". Елизаров: "При прежних греческих царях процветали ереси, и те ереси пустынники обличали, а теперь никаких ересей нет и тебе обличать некого". Никон: "Если митрополит действовал по указу великого государя, то я великого государя прощаю и благословение ему подаю".