Патриарху дали знать, что пересматривали его бумаги, что всяких чинов людям запрещено ездить к нему в Воскресенский монастырь, и Никон пишет к государю: "Молю не прогневаться на богомольца вашего, решаюсь писать к тебе о нужнейших делах, уповая на прежде бывший твой благий нрав о бозе. Слышал я, что ты велел возвратить, что прежде дал святой великой церкви: умоляю тебя господом не делать этого. Ты, великий государь, чрез стольника своего Афанасия Ивановича Матюшкина прислал мне свое милостивое прощение, а теперь, как слышу, ты поступаешь со много не как с человеком прощенным, но как с последним злодеем: пересмотрены худые мои вещи, оставшиеся в келье, пересмотрены письма, а в них много тайн, которых никому из мирских людей не следует знать, потому что я был избран как первосвятитель и много ваших государевых тайн имею у себя: также много писем от других людей, которые требовали у меня разрешения в грехах, - этого никому не должно знать, ни самому тебе. Дивлюсь, как ты скоро дошел до такого дерзновения! Прежде ты боялся произнести суд над простым церковным причетником, а теперь захотел видеть грехи и тайны того, кто был пастырем всего мира, и не только сам видеть, но и мирским объявить. Вскую наше ныне судится от неправедных, а не от святых? Слышим, что все это делается для того, чтоб отобрать твои грамоты, в которых ты писал нас великим государем, не по нашей воле, а по своему изволению; не знаю, откуда взялось это название, но думаю, что от тебя: ты писал так во всех своих грамотах, и к тебе так писано в отписках изо всех полков, во всяких делах, и невозможно этого исправить. Да потребится злое мое и горделивое проклятое название, хотя и не но своей воле получил я его; надеюсь на господа, что нигде не найдется моего хотения и веления на это, разве ложно сочинят: ради этих ложных сочинений я много пострадал и стражду господа ради от лжебратии: что сказано мною со смирением, то передано гордо; что сказано благохвально, то передано хульно, и такими лживыми словами возвеличен гнев твой на меня; истязуют от меня то, чего не хотел, не искал, - называться великим государем, перед всеми людьми укорен и поруган понапрасну; думаю, и ты помнишь, что и во св. литургии, слыхал, по нашему указу кликали великим господином, а не великим государем. Был я некогда во всяком богатстве и единотрапезен с тобою, не стыжусь этим похвалиться; и питан был как телец на заколение жирными многими пищами, по обычаю вашему, государеву; много этим насладившись, скоро не могу забыть: так теперь, 25 июля, все веселились, все праздновали рождение благоверной царевны Анны Михайловны; один я, как пес, лишен богатой вашей трапезы, но и псы питаются от крупиц, падающих от трапезы господ своих; если бы я не считался врагом, то не был бы лишен малого ломтя хлеба от богатой вашей трапезы. Пишу это не потому, что хлеба лишаюсь, но требуя милости и любви от тебя, великого государя. Молю: перестань, господа ради, понапрасну гневаться: я больше всех людей оболган тебе, поношен и укорен неправедно; потому молю, переменись ко мне, господа ради, и не делай мне, грешному, немилосердия; чего себе не хочешь, другим не делай. Разве тебе хочется, чтоб все знали твои тайны против твоей воли? Как будешь помилован, сам не бывши милостив? И не один я, но многие ради меня страдают. Недавно ты приказывал ко мне с князем Юрием, что только ты да князь Юрий до меня добры; а теперь один ты ко мне, убогому богомольцу, очень немилостив явился, хотящим меня миловать возбраняешь, всем накрепко запрещено приходить ко мне. Господа бога ради, молю, перестань! Если ты и царь великий, от бога поставленный, но поставленный для правды; а какая моя неправда пред тобою? что ради церкви просил суда на обидящего? и вместо суда праведного получил ответы, полные немилосердия! Ныне же слышу, что вопреки законам церковным сам дерзаешь судить церковный чин, чего не поведено тебе богом. Некоторые говорят, что я много казны взял с собою; не взял, но сколько будет издержано на церковное строение, и по времени хотел отдать, и что дано Воскресенскому казначею во время моего отъезда, и то дано не ради корысти, но чтоб не оставить братию в долгу, потому что с работниками печем было расплатиться. А другие издержки сделаны на глазах всех людей: двор московский выстроен - стал тысяч десяток и два и больше; насадный завод тысяч в десять стал; тебе, великому государю, десять тысяч поднес на подъем ратных людей; тысяч с десять в казне налицо, 9000 дано теперь на насад, прошлым летом на 3000 рублей лошадей куплено; шапка архиерейская тысяч пять-шесть стала, а иного расхода, святый бог весть, сколько убогим, сиротам, вдовицам, пищим роздано; тому всему книги есть в казне; но во всем каюсь, господа ради, прости да сам прощен будешь".
Никону доносили справедливо, что к нему запрещено ездить: в 1659 году певчие дьяки Иван Тверитинов и Савва Семенов вопреки указу были у патриарха в Воскресенском; их взяли к допросу, и они рассказали свой разговор с Никоном. "Услышите, - говорил патриарх, - какие к вам вести недобрые будут вскоре!" Говорил и про Выговского: "Когда я был на Москве, то на меня роптали, будто я Выговского принял; но ведь при мне никакой от него неправды не было, а теперь он отошел от великого государя неведомо почему; когда я был, то великому государю о них бивал челом и во всем заступался; и теперь стоит мне только две строчки написать Выговскому, и он будет по-прежнему служить великому государю и меня послушает; и прежде во всем добром меня слушивал, только надобно их держать умеючи".