Фролов привез и грамоты: Брюховецкий жаловался, по обычаю, что московского войска мало в Малороссии: "При мне, вашего царского величества верном холопе, войска очень мало, едва не все ваши государевы ратные люди от наготы разбрелись. Воеводы вашего царского величества - миргородский, лубенский и прилуцкий - без семей на воеводства свои приехали, а хорошо бы им было приехать с семьями и со всем своим хозяйством, чтоб тамошние жители, видя воевод своих целое житье, от того лучше крепились и в отчаяние не приходили". Гетман жаловался на воеводу Протасьева, который не унимал иноземных ратников, притеснявших малороссиян; жаловался, что стольник Измайлов, присланный для сыску обид, ничего не делает. Жаловался на переяславского воеводу Вердеревского, который зятя его, Михеенка, велел бить и в тюрьму сажать безвинно, человеку гетманскому сена косить не дает. "Все это он делает, - писал Брюховецкий, - по наущению Ивашки Фирсова, который за тем в Переяславле и живет, чтоб ссорить меня с воеводою. Вердеревский же всякому козаку налогу чинит, не выслушав речей; козаки многие ропщут, говорят, что все это делается по моей милости". Полтавские козаки жаловались на своего воеводу Якова Тимофеевича Хитрово: "Велит москалям коней осталых брать в подводы по домам; сам стоит в доме у вдовы; начальных своих людей ставит по домам знатного товарищества; полковника, которого мы почитаем как отца, бранит скверными словами; который товарищ придет к нему - глаза тростью выбивает, плюет или денщикам велит выпихнуть в шею. Почтительнее обходится с наложницами майоров своих или солдат, чем с женою полковника нашего, об наших же женах и детях говорить нечего, какие позоры терпят. Не велит у мещан подвод брать, а только у козаков".
Епископ Мефодий больше всего опасался полтавцев, живших с запорожцами, как муж с женою; но бунт вспыхнул не в Полтаве, а в Переяславле. В июле месяце, когда полковник переяславский Ермоленко стоял с полком своим в Багушкове слободке, козаки его возмутились, убили полковника и отправились под Переяславль, здесь побили московских ратных людей и выжгли большой город; в то же время в Москву дали знать о шатости козаков в Каневе. Шереметев и Брюховецкий немедленно приняли решительные меры: с двух сторон, из Киева и Гадяча, двинулись войска к Переяславлю, и здесь бунт был задавлен; но некоторые городки на восточной стороне Днепра поддались полякам. В Москве распорядились так, чтоб перехватанные заводчики переяславского бунта были казнены в один день, в Гадяче у Брюховецкого и в Киеве у Шереметева. С известием об этом распоряжении в августе отправился в Малороссию Иона Леонтьев, который должен был также сказать гетману, что для предупреждения козацких бунтов не лучше ли козакам в Переяславле не жить, жить им за городом в слободах, в большом городе жить мещанам, а в меньшом - государевым людям. "Конечно, это будет лучше и крепче, - отвечал Брюховецкий, - но теперь сейчас же этого сделать нельзя, чтоб другие города, на то глядя, не взбудоражились". Потом Леонтьев спрашивал у гетмана: "Чем успокоить шатость в тех городах, которые приняли к себе поляков?" "На это одно средство, - отвечал Брюховецкий, - когда эти города будут взяты государевыми ратными людьми, то надобно все их высечь и выжечь и всячески разорить, также и села около них, чтоб вперед в этих городах и селах жителей не было". Иван Мартынович был большой охотник сечь и жечь; козаки про него говорили: "Что это за гетман? Запершись сидит в городе как в лукошке; шел бы лучше с войском и промышлял над государевыми неприятелями, а то только и знает, что ведьм жжет". Из Гадяча Леонтьев отправился в Киев, и здесь боярин Шереметев говорил ему: "Теперь во всех малороссийских городах козаки на мещан злятся за то, что мещане по окладам всякие подати в государеву казну хотят давать с радостию, а козацких старшин и козаков ни в чем не слушают и податей давать им не хотят, говорят им: "Теперь нас бог от вас освободил, вперед вы не будете грабить и домов наших разорять"". Об отношениях епископа Мефодия к гетману Шереметев говорил прежнее: "У епископа с гетманом совет худой, не знаю, кто их ссорит. Верен государю епископ черниговский Лазарь Баранович; как великому государю угодно, а мне кажется, что лучше всего быть ему в Киеве на епископстве; московскому же митрополиту быть в Киеве никаким образом нельзя; печерский архимандрит говорит: "Если услышим, что едет в Киев из Москвы митрополит, то я, собрав старцев, запрусь в монастыре, и вы нас доставайте"". Шереметев извещал, что мещане радуются новому порядку, радуются освобождению своему от козаков; и из слов Брюховецкого можно было заключить, что положение мещан улучшилось, ибо козаки начали записываться в мещане. "Многие козаки, - говорил гетман царскому посланцу в ноябре, - пишутся в мещане, а я тому и рад, думаю, что в несколько лет сделаю всех козаков мещанами: так и шатости не будет".
Но понятно, что козаки не могли хладнокровно смотреть на приближение такого порядка вещей, особенно не могли хладнокровно смотреть на это в гнезде козачества, в Запорожье. Еще 5 февраля 1666 года Касогов доносил, что с ним в Запорожье осталось войска только человек с 500, и у тех нет запасов. "Запорожцы, - писал воевода, - царских ратных людей не любят и говорят, будто по их милости не стало Войску добычи, хотят мириться с татарами и Дорошенком; а всему заводчик Кирилла Кодацкий и другие его товарищи, козаки той стороны Днепра. Кошевой Леско Шкура, видя это, хотел сложить с себя атаманство; козаки упросили его остаться, но замыслов своих не покинули". Шкура недолго пробыл кошевым: враждебные Москве козаки взяли верх, свергли его за то, что знался с московскими воеводами, Хитрово и Касоговым, да не дал козакам громить калмыков. Выбрали в кошевые Рога, который написал такую грамоту Брюховецкому: "Послышали мы, что Москва будет на Кодаке; но ее там не надобно. Дурно делаешь, что начинаешь с нами ссориться; оружие не поможет в поле, если дома не будет совета. Хотя ты от царского величества честию пожалован, но достоинство свое получил от Войска Запорожского, Войско же не знает, что такое боярин, знает только гетмана. Изволь, вельможность твоя, поступать с нами по-настоящему, как прежде бывало, потому что не всегда солнце в сером зипуне ходит и не знаешь, что кому злой жребий принес; помни древнюю философскую притчу, что счастье на скором колесе очень быстро обращается; в мире все привыкло ходить как тень за солнцем; пока солнце светит, до тех пор и тень, и как мрачный облак найдет, так и места не узнаешь, где тень ходила: так, вельможность твоя, умей счастье почитать". После перемены кошевого Касогову пришлось плохо в Запорожье: с ним перестали советоваться и сообщать ему новости; запретили добрым людям ходить к нему, разве кто тайком придет; Рогу запретили с ним знаться: Павла Рябуху явно бранили за то, что не громил царской казны, посланной в Крым; послали на Кодак козаков, чтоб не пускать туда московских ратных людей и оставить чистую дорогу Днепром для заднепровских изменников. Касогов, не предвидя для себя ничего хорошего, ушел из Запорожья. Брюховецкий послал спросить Рога, что это значит? Тот отвечал: "Мы и сами надивиться не можем, зачем он ушел? мы его не выгоняли; мы не изменники, как он нас описывает; не знаем, не для того ли пошел, что у нас кукол ночных нет, с которыми, думаю, на Руси уже натешился; Войско Запорожское государевых людей колоть не думывало, как он писал; а если когда и случилось, что козак, напившись, промолвил что-нибудь дурное, то быку не загородить рта, а человек пьяный подобен воску: что захочет, то и слепит". Брюховецкий писал царю: "Хотя все запорожские козаки в своих грамотах дружелюбно пишут ко мне, однако я боюсь, чтоб между ними не было какого-нибудь смятения, потому что в Запорогах живут козаки большею частию с западной стороны, которые перемогают желательных вашему государскому престолу. И теперь запорожцы дурно сделали, что, не отославши ко мне Дорошенковых посланников с грамотами, отпустили их назад в Чигирин с честию и с ними отправили своих козаков к нечестивому Дорошенку не знаю с чем.