Между тем Шереметев писал в Москву и о поведении нового боярина: "Теперь епископ, архимандрит печерский и всех малороссийских монастырей архимандриты и игумены и приходские попы с мещанами в большом совете и соединении, а с гетманом, полковниками и козаками совету у них мало за то, что гетман во всех городах многие монастырские маетности, также и мещанские мельницы отнимает; да он же, гетман, со всех малороссийских городов, которыми великому государю челом ударил, с мещан берет хлеб и стацию большую грабежом, а с иных за правежом. Шереметев посылал спрашивать у гетмана, по его ли приказанию стацию со всех городов берут? Брюховецкий отвечал, что без его ведома, и тотчас же во все малороссийские города послал грамоты с большим подкреплением, чтоб нигде на него стации не сбирали, а давали бы стацию в казну государеву".
Боярин и гетман Иван Мартынович извещал с своей стороны, что незадолго перед его приездом в Малороссию чуть было не сделалась беда в Переяславле: тамошний житель Петрушка Скок Челюсткин, состарившийся в Переяславле русский человек, составил заговор перебить всех московских ратных людей. Но наказный гетман Ермоленко узнал о заговоре и донес Брюховецкому, который велел сковать Челюсткина и отослать в Москву. Появились своевольные сборища, которые отказались повиноваться полковникам и сотникам, покинули свои дома и начали бродить по разным городкам и деревням и бедным людям досады чинить; начальники таких сборищ были известные нам Иван Донец и Децик. Гетман успел разогнать эти сборища. Касательно новых распоряжений, договоренных в Москве о сдаче малороссийских городов царским воеводам, Брюховецкий писал: "Я, верный холоп, рад вседушно тому указу исполнение чинить; но боюсь одного, чтоб полковники, вся старшина и козаки не встревожились и не взяли дурного замысла. Сам же я вседушно рад воеводам, потому что при них мне будет меньше хлопот, а то теперь на все стороны оглядываюсь". Брюховецкий писал также, что епископ, духовенство и киевский полковник Дворецкий просят о заведении новых латинских школ в Киеве, но что он, гетман, полагает это на волю великого государя. Доносил, что сын епископа Мефодия женился на дубичевке, у которой два родных брата служат при короле. Писал о дурных вестях из Запорожья: дает знать оттуда Григорий Касогов, что запорожцы хотят государю изменить, к бусурманам и к изменникам-черкасам приклониться; но он, гетман, послал уговаривать их; спрашивал, посылать ли в Запорожье хлебные запасы или нет?
С ответами на эти донесения и для обстоятельного разузнания дел в марте 1666 года отправился в Малороссию дьяк Фролов. Посланный должен был похвалить боярина и гетмана за его раденье и отвечать на статью о школах в Киеве: если им против их вольностей будет не в оскорбление, то школ бы теперь не заводить; если же этот запрет оскорбит их, как противный их вольностям, то великий государь пожаловал, велел им в Киеве школы заводить и людей в них набрать из киевских жителей, а из неприятельских и других городов в школы никого не пускать и не учить, чтоб от них смуты и всякого дурна не было. Фролов должен был также сказать: какие люди сидят у гетмана за караулом в своих винах, тех бы он судил и карал по войсковым правам; а если из них кому-нибудь по войсковым правам будет свобода, а он боится от них вперед чего-нибудь дурного, таких присылать в Москву. Хлебные запасы в Запорожье, Киев и другие города посылать как прежде уговорено, пока описчики города опишут и по описи воеводы примут.
Фролов привез из Малороссии много разных вестей. Иван Мартынович на отпуске говорил ему тайно, что в Переяславле своевольники, не желая работать и хлеб пахать, замышляют смуту. Фролов немедленно послал к переяславскому воеводе Вердеревскому спросить, что у них там такое делается? Воевода отвечал: "Гетман великому государю верен и служит вправду; только дивлюсь я тому, для чего переписчики замешкались? Если полгода не будут, и то гетману большая корысть: о чем в Переяславль на ратушу ни отпишет, все к нему посылают. Козаки гетмана все не любят, говорят: при наших предках у нас бояр не бывало, он заводит новый образец, вольности наши от нас все отходят, да и доступ к нему стал тяжел. Полковник переяславский Данила Ермоленко говорил у меня на обеде при головах стрелецких и при многих начальных людях: "Мне дворянство не надобно, я по-старому козак!" И ко всякому слову, за что осердится, говорит: "Козаки заведут гиль и вас поколют". Полковнику, атаману и судье идет из ратуши с города всякий день вино, пиво, мед и харч всякий. А что ему, полковнику, пожаловал государь город, то он говорит: "Этот город украйный, разорен весь, стоят в нем беспрестанно козаки иных полков и кормятся по тем же жилецким людям, и мне взять с него нечего, да и не надобно, потому что и при предках наших так не повелось". Козаки в городе говорят: "Пойдем в Запороги, и не одни мы, соберемся вместе с переяславцами и из других местечек и пойдем из Запорог на гетмана". Государевых людей, которые живут в Переяславле, зовут злодеями и жидами". Фролов обо всем этом дал знать Брюховецкому, тот отвечал, что козаки поднимают такие голоса, видя везде в городах при воеводах малолюдство: надобно, чтоб великий государь указал в малороссийских городах ратных людей прибавить.