Негодяева отправили из Москвы в Новгород уговаривать горожан к повиновению, уговаривать и Жеглова, чтоб отстал от воровства, и обещать прощение. Но вслед за этим, 20 апреля, получена грамота от Хованского, что новгородцы покорились. Как сильно было впечатление, произведенное в Москве рассказами Негодяева, видно из того, что на другой день по получении известия от Хованского о покорности новгородцев, 21 апреля, царь писал Никону: "Ты бы соборной церкви рушить и столпов ломать не велел". Никон сильно обиделся и отвечал длинною грамотою; описав все свое поведение во время мятежа, Никон продолжает: "Посадские добрые люди у меня пробыли во дворе, поил я их и кормил, и всякое худое дело у Ивашки да у Игнашки (Жеглова и Молодожникова) моего ради постояния разорялось и в совершение не приходило, и только бы я о том не стоял, много бы хуже псковского было; беспрестанно я за тебя, государя, бога молил и к тебе писал, нанимая худых людей всякими способами, посылал тайно. И за то. по наговору Ивашки Жеглова. опозорен и изувечен: да тот же Ивашка с товарищами били челом тебе ложно, будто я всех новгородцев проклинал; но я проклинал воров, а не добрых людей, и оттого сталась смута; но я проклинал на третий день после смуты. Да они же били челом, будто я хотел церковь соборную всю разрушить, и то явное их ложное челобитье: как мне без твоего государева указа разрушить? Да и софийской казны не будет столько, что разобрать, не только что вновь создать. А Федька Негодяев твою государеву милость обманом выманил, а он не только твоего государева жалованья не достоин, но и живота не достоин; он на меня тебе, государю, и боярам твоим налгал небылицу, для его ложных слов ты на меня кручинишься, и что я к тебе ни писал, ответа мне до сих пор нет никакого; мне о том очень сумнительно и впредь о твоих государевых делах писать к тебе и здесь говорить нельзя. А ныне в Великом Новгороде тихо, сильно плачутся о мимошедшем своем к тебе согрешении. Милостивый государь царь и великий князь Алексей Михайлович! Уподобись милостивому и человеколюбивому богу! Как будут тебе о своих винах бить челом, прости; а я, уговаривая их, в твоей милости ручался, а если б не так уговаривал, то все бы отчаялись за свое плутовство и на большее бы худо вдались; ко мне всем городом приходили не по один день и прощения просили, что меня били и бесчестили и били на меня челом ложно". Царь отвечал: "То ты, богомолец наш, делал и исполнял господню заповедь, св. апостол и св. отец предание, ревнуя по истинной Христовой вере, ревнуя прежним святителям и хвалы достойному новому исповеднику, Ермогену патриарху. И мы, великий государь, тебя за твое раденье и крепкое стоянье и страданье милостиво похваляем; и тебе бы и вперед ко всесильному богу обеты свои исполнять и добрым делам ревнителем быть, как начал, так бы и совершал".
С 24 апреля Хованский приступил к розыску. Прежде всего явился датский посланник с жалобою на Волка, которого пытали, и он повинился, что посланника бил и бесчестил; на него же все единогласно показывали, что мятеж, гиль и воровской завод чинил с Ивашкою Жегловым и Елисейкою Лисицею. Чтоб удовлетворить посланника и тем предотвратить разрыв царского величества с королевским, Волку отсекли голову на площади; палача, который пьяный приходил к посланнику и его опозорил, высекли кнутом. С 24 апреля по 7 мая сыскали заводчиков: старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Ивашку Жеглова, Игнашку Молодожникова, Никифорку Хамова, Степку Трегубова, Панкрашку Шмару, площадного подьячего Нестерка Микулина с сыном Гаврилкою, площадного подьячего Аханаткова; всех же объявилось в воровстве 212 человек.
Сначала Хованский хотел устроить тюрьму и посажать туда всех оговоренных; но 13 мая к Никону в соборную церковь пришли стрельцы с женами и детьми и били челом, чтоб государь их пожаловал, не велел оговоренных товарищей их стрельцов, которые у них на поруках, в тюрьму сажать, а дать бы им наказанье, кто чего достоин, да и отпустить. Никон послал за Хованским и сказал ему: "Прислана государева грамота, велено тебе со мною государево дело ведать: так моя мысль, что надобно исполнить просьбу стрелецкую потому: если всех оговоренных людей посажать в тюрьму, то они все будут ждать себе смертной казни; услышат о том псковичи и будут думать, что все виновные посажены в тюрьму на смерть; тогда государеву делу будет поруха". Хованский согласился, и большинство оговоренных отдано на поруки. Пришел приговор из Москвы: казнить смертью Жеглова, старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Молодожникова, Шмару; Хамова и Трегуба бить кнутом нещадно и сослать в Астрахань на вечное житье: других бить кнутом и сослать на Терек, иных в Карпово, иных в Коротояк; иных бить кнутом и отдать на поруки; иных бить батогами и отдать на поруки. Исполнение приговора отложено, однако, до нового указа. Пришел новый указ: посадского человека Якушку да троих стрельцов велено бить кнутом нещадно, троих посадских бить батогами, 162 человека посадских, стрельцов и козаков бить кнутом и отдать на чистые поруки. Указ был исполнен, но между троими стрельцами, которых надобно было бить кнутом нещадно, находился Куземка Меркурьев; стали искать Меркурьева, а он в Москве, отправлен туда воеводою с отписками; 16 июня приехал Меркурьев из Москвы и вместо того, чтоб идти под кнут, подал жалованную царскую грамоту: велено ему быть в пятидесятниках и дано ему пять рублей за то, что с братом своим Фомкою в мятеж отняли у воров Никона и князя Хилкова, убить их не дали.