Между тем приближался к Новгороду боярин князь Иван Никитич Хованский с небольшим отрядом ратных людей. Жеглов отправил к нему письмо, в котором извещал, что выехал было к нему навстречу, но не мог переехать Волховец за льдом. "Ожидают тебя в Великом Новгороде, - писал Жеглов, - а встречать тебя хотят за городом с хлебом и солью; милости у тебя, государя, прошу, не в укор тебе, государю моему, бью челом и пишу: облегчись в Великий Новгород скорым обычаем не со многими людьми и милостиво учини, а мирские люди государской милости и тебя ожидают вскоре; вперед, государь, жалуй, посылай в Новгород новгородцев, а не иногородних людей, потому что иногородние люди не ведают ничего, говорят многие прибавочные речи, а новгородского извычая не знают; новгородский Никон митрополит и окольничий князь Хилков в мир пускают словесную речь большую с устрашением, будто бы, государь, в Великий Новгород идешь по их отпискам православных христиан вешать и пластать без сыску и без очных ставок, и теми речами в миру чинят великое сумнение и смуту". Жеглов только еще писал письма Хованскому, но товарищ его Федор Негодяев поступил решительнее: он перебежал к Хованскому, который переслал его в Москву. Отсюда 15 апреля послан был царский указ Хованскому в Новгород не ходить, стоять у Спаса на Хутыне, собирать ратных людей, около города поставить заставы, никого не пропускать и к новгородцам посылать уговаривать покориться. Воевода исполнил приказание и получил ответ от новгородских стрельцов, что когда в земской избе прочли его грамоту, то посадский человек, сапожник Елисейка Григорьев, прозвищем Лисица, начал говорить всему народу: "Мы боярина князя Хованского в город не пустим, а если какая немера будет, то мы, взявши знамена и барабаны, пойдем все во Псков". Он же, Елисейка, говорил: "Если Хованский придет с небольшими людьми, то мы его пустим, если же с большими, то не пустим". Все новгородцы писали Хованскому то же, что и Жеглов.
17 апреля царь отвечал новгородцам на их челобитную: "Прислали вы к нам челобитные от имени дворян и детей боярских, но у челобитен этих дворян и детей боярских рук ничьих нет, то вы делаете воровством. Нам, великому государю, известно подлинно и без вашего воровского письма и оправданья, что в Новгороде датского посланника и других немцев били, митрополита бесчестили и били, окольничего нашего лаяли и бесчестили, городовые ключи у него отняли и нашего государева повеленья ни в чем не слушаете. В ваших челобитных написано, чтоб нашей денежной казны и хлеба в Шведскую землю не пропускать: и мы, великий государь, с божьею помощию, ведаем, как нам государство наше оберегать и править. По вечному докончанию с шведским королем надобно было отдать всех перебежчиков, а довелось тех перебежчиков, православных христиан, в шведскую сторону отдать в лютерскую веру с 50000 душ, и мы велели за них дать деньги 190000 рублей, и в то договорное число отпущено было с Логином Нумменсом только 20000... Хотя бы вам в хлебе и прямое оскудение было, так вам бы надобно было бить челом нам, великому государю, и мы бы приказали привезти к вам хлеба. Пишете, чтоб хлеба и других съестных запасов продавать за рубеж не велеть, но тому статься нельзя, потому что между государствами ссылке и всякой торговле как не быть? Если с нашей стороны в каких-нибудь товарах заказ учинить, то шведы и сами никаких товаров в нашу сторону не повезут, и в том нашему государству будет оскудение. Жалуетесь на митрополита, что проклинал: и то он учинил дело; да если б он что иное учинил и не по делу, то об этом наше государское рассмотрение вперед будет. А чтоб шведским немцам идти под Новгород и Псков, и то нестаточное дело, потому что между нами и королевою вечное докончание. А что пишете о перемене окольничего князя Хилкова, то мы его переменить велели и указали быть в Великом Новгороде боярину нашему князю Юрью Петровичу Буйносову-Ростовскому. А челобитчикам вашим Сидору Исакову с товарищами (хотя бы за ваши злые вины учинить того и не довелось) велели видеть наши царские очи и велели их отпустить без всякого оскорбленья; а стрельцу Кирилку да посадскому человеку Иевку Красильникову велено побыть на Москве до подлинного сыска, потому что они с ворами были вместе и на Москве с товарищами своими в речах порознились, говорили ложные речи. И вы бы вины свои принесли и заводчиков всех отдали боярину нашему князю Хованскому. А что вы прислали дары, и тех даров принять не довелось, потому что вы в своих челобитных вины своей нам не принесли и воров не прислали". В тот же день отправлена другая грамота с угрозою, что если новгородцы князя Хованского не примут и не будут слушаться и к сыску воров и заводчиков не отдадут, то государь пошлет с Москвы бояр и воевод с многими ратными людьми и велит учинить над новгородцами большое разоренье.
Между тем Федька Негодяев, живя в Москве, успел заискать расположение бояр и царя, видел царские очи, был у руки, получил прощенье и объявил, что Никон и прежде был виновником смуты: митрополит хотел в соборной церкви переделывать, и вот в Петров пост 1649 года мирские люди многие приходили к нему с шумом и говорили: "Прежде многие власти были, а старины не портили; мы тебе старого ничего в соборной церкви переделывать не дадим!" От митрополита пошла толпа к св. Софии, подвези из церкви выбросили, мастеров, которые подвязывали подвези и сбирались столпы ломать, хотели бить, но те спрятались.