С возвращением Филарета Никитича в Москву начинается здесь двоевластие: было два великих государя, Михаил Феодорович и отец его святейший патриарх Филарет Никитич, и это была не одна форма: все дела докладывались обоим государям, решались обоими, послы иностранные представлялись обоим вместе, подавали двойные грамоты, подносили двойные дары. Об отношениях обоих великих государей друг ко другу можно получить некоторое понятие из их переписки, когда один ездил на богомолье, а другой оставался в Москве. Так, в 1619 году Филарет Никитич писал сыну: "О крымском, государь, деле, как вы, великий государь, укажете? А мне, государь, кажется, чтоб крымским послам и гонцам сказать, что вы, великий государь, с братом своим, с государем их с царем, в дружбе и братстве стоишь крепко, посланника с поминками и с запросом посылаешь и их всех отпускаешь вскоре". В 1630 году царь Михаил писал к отцу: "Написано, государь, в твоей государевой грамоте, что хотел ты, великий государь, отец наш и богомолец, быть в Москву в Троицын день; но в Троицын день тебе быть в Москву не годится, потому что день торжественный, великий, а тебе, государю, служить невозможно, в дороге порастрясло в возке, а не служить от людей будет осудно. Так тебе бы, великому государю, в пятдесятный день отслушать литургию в Тонинском и ночевать там же, а на другой день, в понедельник, быть к нам в Москву с утра; и в том твоя, великого государя отца и нашего богомольца, воля, как ты, государь, изволишь, так и добро. Молимся всемогущему богу, да сподобит вас, великого государя, достигнуть к царствующему нашему граду Москве на свой святительский престол поздорову, а нас да сподобит с веселием зреть святолепное и равноангельное ваше лице, святительства вашего главу и руку целовать, стопам вашим поклониться и челом ударить". Хотя имя Михаила и стояло прежде имени отца его, но понятно, что опытный и твердый Филарет имел очень большую долю в правлении при малоопытном, молодом и мягком Михаиле. Этой неопытностию и мягкостию молодого царя воспользовались люди, которым по заслугам их не следовало быть близко у престола. Иначе пошло дело, когда приехал Филарет; можно принять известие, что некоторые, привыкшие к своеволию при молодом царе, не желали возвращения Филарета, который должен был положить предел этому своеволию; другие, наоборот, были довольны тем, что с приездом Филарета избавлялись от смутного и тяжкого многовластия. Отсюда два различных отзыва о Филарете, которые мы встречаем у современников: по одному отзыву, Филарет не только слово божие исправлял, но и земскими делами всеми правил, многих освободил от насилия, при нем никого не было сильных людей, кроме самих государей; кто служил государю и в безгосударное время и был не пожалован, тех всех Филарет взыскал, пожаловал, держал у себя в милости и никому не выдавал. По другому изображению, Филарет "был роста и полноты средних, божественное писание разумел отчасти, нравом был опальчив и мнителен, а такой владетельный, что и сам царь его боялся. Бояр и всякого чина людей из царского синклита томил заточениями необратными и другими наказаниями; к духовному сану был милостив и не сребролюбив, всеми царскими делами и ратными владел".
Одной из главных забот Филарета была, разумеется, женитьба сына, с которою было связано упрочение престола в его доме и спокойствие государства. Еще в 1616 году выбрана была в царские невесты и взята ко двору девица Марья Ивановна Хлопова: уже ей по обычаю переменили имя, назвали вместо Марьи Настасьею, вероятно, в честь знаменитой бабки царя, и стали называть царицею, как вдруг Михаилу донесли, что она опасно, неизлечимо больна, и несчастную невесту вместе с родными сослали в Тобольск. С возвращением Филарета началось движение Хлоповой все ближе и ближе к Москве: в сентябре 1619 года ее перевезли из Тобольска в Верхотурье, в 1620-м - из Верхотурья в Нижний. Но в это время Филарет Никитич еще не думал поднимать дела о Хлоповой: ему хотелось женить сына на иностранной принцессе.
В 1621 году отправлены были князь Алексей Михайлович Львов и дьяк Шипов в Данию к королю Христиану с предложением: "По милости божией великий государь царь Михаил Феодорович приходит в лета мужеского возраста, и время ему, государю, приспело сочетаться законным браком; а ведомо его царскому величеству, что у королевского величества есть две девицы, родные племянницы, и для того великий государь его королевскому величеству любительно объявляет: если королевское величество захочет с великим государем царем быть в братстве, дружбе, любви, соединеньи и приятельстве навеки, то его королевское величество дал бы за великого государя племянницу свою, которая к тому великому делу годна". Послам был дан наказ: если будут говорить, что королевская племянница для любви супруга своего к русской вере приступит, а креститься ей в другой раз непригоже, потому что она и так христианской веры и крещена по своему закону, - отвечать: "Королевской племяннице в другой раз не креститься никак нельзя, потому что у нас со всеми верами рознь немалая: у иных вер вместо крещения обливают и миром не помазывают; так король бы свою племянницу на то наводил и отпустил ее с тем, чтоб ей принять святое крещение". Если король или думные люди скажут: "Как она будет за великим государем, то пусть сам государь ее к тому приводит, а они у нее воли не отнимают, или пусть послы сами говорят об этом с королевскою племянницею", - то послам отвечать, что им самим говорить о том с высокорожденною королевскою племянницею непригоже, потому что их девическое дело стыдливо, и им с нею говорить много для остереганья их высокорожденной чести непригоже. Послы должны были промышлять, родственникам и ближним людям невесты говорить всякими мерами, веру православную хвалить и на то невесту привести, чтоб она захотела быть с государем одной веры и приняла святое крещение; к людям, которые будут этим промышлять, быть ласковыми и приятельными и если надобно, то, смотря по мере, и подарить, и вперед государским жалованьем обнадеживать. Если король спросит: будут ли его племяннице особые города и доходы, то отвечать: "Если по божественному писанию будут оба в плоть едину, то на что их, государей, делить? Все их государское будет общее, чего она, государыня, захочет, все будет ей невозбранно, кого захочет, того, по совету и повеленью супруга своего, жаловать будет, и тем датским людям, которые будут с нею, неволи и нужды не будет, а чаем, что с ней будут немногие люди, многим людям быть не для чего, у великого государя на дворе честных и старых боярынь и девиц, отеческих дочерей много". Если король согласится на все, просить позволения ударить челом племянницам и, пришедши к ним, ударить челом по обычаю учтиво об руку и поминки королеве и девицам поднести от себя по сороку соболей или что пригоже, причем смотреть девиц издалека внимательно, какова которая возрастом, лицом, белизною, глазами, волосами и во всяком прироженье и нет ли какого увечья, а смотреть издалека и примечать вежливо. Если королева позовет их к руке, то идти, королеву и девиц в руку целовать, а не витаться с ними (не брать за руку) и, посмотревши девиц, идти вон, после чего проведывать, которая к великому делу годна, чтоб была здорова, собою добра, не увечна и в разуме добра, и какую выберут, о той и договор с королем становить, спрашивать, сколько дадут за невестою земель и казны. Сватовство кончилось ничем. Под предлогом болезни король отказался говорить со Львовым, а тот отказался объясняться с ближними королевскими людьми.