Большую услугу также оказывали Москве запорожские козаки, которые не давали покоя туркам и татарам, раздражали султана и хана против Литвы, отвлекали внимание их от Москвы. Козаки то приходили войною на крымские улусы, то присылали к хану с предложением своей службы и потом опять нападали на Крым. Так, в 1585 году козаки с атаманом своим Яном Ярышевским два раза приходили на крымские улусы, отогнали лошадей и всякого скота больше 40 000 и людей многих в плен взяли. А потом от этого же Ярышевского и от всех атаманов приехали к хану четыре козака и говорили ему: "Прислали нас атаманы днепровские, чтоб ты, государь, их пожаловал, с ними помирился и давал им свое жалованье; атаманы же и все черкасы тебе хотят служить: куда их пошлешь на своего недруга, кроме литовского короля, и они готовы". Хан отвечал: "Я атаманов и всех черкас рад жаловать, и как они будут мне надобны, то я им тогда свое жалованье пришлю, и они бы были готовы". Но вместо службы хану козаки взяли Очаков, а в 1588 году, в числе 1500, пришли морем в судах на крымские улусы в Туптарахань, между Козлевом и Перекопью, взяли 17 сел. Султан присылал к Ислам-Гирею с угрозою, что если все так будет, то он выгонит его из Крыма. Ислам умер в 1588 году; преемник его, Казы-Гирей, в исполнение воли султана должен был мстить Литве за козацкие опустошения и потому дружелюбно сносился с Москвою; царь отвечал ему таким же образом: "Прежде, как был на крымском юрте Ислам-Гирей, то мы послали рать свою большую на Дон и Волгу со многими воеводами, а идти было им с Мурат-Гиреем царевичем на Ислам-Гирея царя за его неправды. Да и на Днепр за пороги к князю Кирику и к князю Михайлу Ружинским, к атаманам и черкасам послали мы голов Лихарева и Хрущева, велели им идти со всеми черкасами на Крым. Но когда услыхали мы, что ты воцарился, то поход отложили и послали к тебе языка - татарина, которого прислали к нам с Днепра головы Лихарев и Хрущев и князья Ружинские". В Москве считали нужным оказывать хану услуги, по крайней мере на бумаге, услуги в татарском вкусе: Казы-Гирей писал к царю, чтоб тот велел извести одного татарина, Аталык Муслы, попавшегося в плен к русским, потому что он негодный человек; царь отвечал, что просьба ханская исполнена, Аталык изведен.
Впрочем, из тона царских грамот и из небольшого количества поминков видно было, что в Москве не очень боялись хана: царь писал хану только поклон, а не челобитье, а хан в грамотах к Годунову обращался таким образом: "Брата нашего, многого крестьянства государя, большому визирю и доброму карачею и в боярах начальнейшему и в крестьянском законе в своей стране между своих сверстников честнейшему, другу нашему Борису множеством мног поклон". Не посылая в Крым богатых подарков, правитель не хотел кормить и дарить многочисленную толпу татар, которые обыкновенно приходили с гонцами, чтоб попользоваться государевым жалованьем; гонцу Мишурину, отправлявшемуся в Крым, было наказано: царю, царевичам и царевым ближним людям говорить накрепко, чтоб посылали к государю гонцов своих немногих, больше 30 человек не посылали бы, а что посылают многих гонцов, от того государеву и цареву делу поруха. Вот теперь прислал Казы-Гирей царь гонца своего, а с ним пришло 80 человек, чего никогда не бывало. Вперед бы царь велел посылать гонцов немногих, а станут гонцы ходить многие, то им государева жалованья и корму не будет.
Мы видим, что царь в грамоте к хану упоминал о сношениях своих с запорожцами, которые должны были вместе с московскими войсками идти на Крым при Ислам-Гирее. Какого рода отношения были у московского правительства к черкасам, видно из наказа, данного гонцу Петру Зиновьеву, отправлявшемуся в Крым; как пойдет Петр с Ливен, и весть будет, что пришли на Донец с Днепра, из Запорожья, черкасы, Матвей Федоров с товарищами, стоят смирно и государевым людям от них зацепки нет никакой, то Петру послать наперед себя станицу к запорожским черкасам и велеть про себя сказать, что есть с ним от государя к ним ко всем грамота и речь, и Матвей бы Федоров и товарищи его с ним виделись, и черкасам своим всем по всему Донцу заказали бы, чтоб они над Петром и над крымскими гонцами и над провожатыми их ничего не сделали, а он, Петр, идет в Крым с крымскими гонцами легким делом наскоро и поминков с ним ничего не послано. Да как с ним атаманы и молодцы запорожские съедутся, и Петру от государя поклон им исправить и грамоту от государя подать; а говорить им от государя, чтоб они его, Петра, и крымских гонцов пропустили и провожатых ничем не тронули, а государево к ним жалованье будет сейчас же с государским сыном боярским. А государь, увидя их перед собою службу, пришлет к ним на Донец большое свое жалованье. Службу свою запорожцы показывали по-прежнему; гонец Мишурин в 1589 году доносил, что черкасы взяли турецкий корабль на море близ Козлова; потом дали знать Казы-Гирею, что пришли в Козлев, в посад, ночью литовские люди, атаман черкасский Кулага и с ним черкас 800 человек, пришли они морем в малых стругах. Казы-Гирей тотчас пошел в Козлев со всеми людьми, но черкас в городе уже не застал: они выграбили здесь лавки, выбирая из них лучшее, турок и жидов одних били, других забирали в плен, но тут напал на них калга Фети-Гирей и был бой в самом посаде, татары взяли у черкас человек с тридцать в плен, Кулага был убит, остальные ушли. Кроме того, черкасы вокруг Белгорода (Акермана) все посады пожгли, воевали в Азове посад, взяли в плен 300 человек, бухарских купцов побили. После этого султан прислал три каторги (судна), в каждой по 500 янычар, с огненным боем, да по четыре пушечки, за ними будет еще пять каторг с янычарами, велел им турский султан при устье Днепра беречь от черкас проходу на море, а к хану турский писал, чтоб шел на Литву.