Из отзывов Артемия о книге Иосифа Волоцкого и о новгородских еретиках видно, что он вместе с другими современными ему грамотными людьми, как, например, с знаменитым князем Андреем Курбским, не разделял убеждений Иосифа относительно еретиков и справедливости мер, против них принятых. Мы видели, как заволжские старцы ратовали против мер Иосифа Волоцкого; Башкин, по свидетельству летописи, также говорил, что заволжские старцы злобы его не хулили, а утверждали его в ней. В связи с самым известным из заволжских старцев Вассианом Косым был Максим Грек, который находился еще в живых, когда поднялось дело об ереси Башкина; вместе с другими он был приглашен на собор; но царю донесли, что Максим оскорбился этим приглашением, думает, что его зовут на собор из подозрения в единомыслии с Башкиным, хотят из его мнений и приговоров о ереси вывести заключение-враг он или скрытый доброжелатель еретиков. Чтоб успокоить Максима, царь писал ему: "Послал я за тобою, да будешь и ты поборник православию, наравне с древними богоносными отцами, да явишься и ты благочестию ревнитель, да примут и тебя те же небесные обители, какие приняли прежних подвижников за благочестие. Слышали мы, что ты оскорбляешься, думаешь, что мы тебя соединяем с Матвеем (Башкиным) и потому за тобою послали: никогда мы не сочетаем верного с неверными; отложи сомнение и данный тебе от бога талант умножи, пришли ко мне писание на нынешнее злодейство". Из этого письма видно, что царь освобождал Максима от присутствия на соборе, прося у него только обличительного на ересь послания.
Башкин и единомышленники его были заточены по монастырям. Из последователей его-белозерский монах Федосий Косой и какой-то Игнатий были схвачены в 1555 году и заключены в монастырь в Москве, но бежали в Литву, женились там и продолжали проповедовать на свободе свое учение; это учение состояло в том, что божество не троично, что Христос простой человек, что все внешнее устройство церковное не нужно. Артемию, несмотря на строгий надзор, также удалось бежать из Соловок в Литву. Есть еще известие о соборе по поводу ереси Давыда, архиепископа ростовского в 1582 году; этот Давыд выставлен соумышленником Антония Поссевина, который сам приводится на собор, излагает странное учение, совершенно сходное с учением Давыда, и опровергается царем Иоанном. Но известие о Поссевине явно выдумано: царь не мог говорить с ним так, как представлен говорящим на соборе; притом, если б было что-нибудь подобное, то известие о нем сохранилось бы в статейном списке; это сочинение вроде переписки царя Иоанна с турецким султаном, попадающейся в некоторых сборниках.
С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, неправедно заточенного: "Так православные христиане, - пишет Иоаким, - не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания. Я никогда не писал к тебе, ничего не просил: так не оскорби меня теперь, не заставь писать вторично, ибо я не перестану писать к тебе, пока просьба моя не будет исполнена".
В 1556 году приезжал в Москву Иоасаф, митрополит евгрипский, с грамотою патриарха византийского: отпустивши его в следующем году, царь отправил с ним грамоту к патриарху Иоасафу, в которой просил о соборном благословении на свое царское венчание. При этом послано было патриарху соболей на 2000 золотых. Просимая грамота была прислана в 1562 году: в ней собор восточных святителей признает Иоанна достойным царского имени, потому что он ведет свое происхождение, от царицы Анны, сестры самодержца Василия Багрянородного, и потому что царь Константин Мономах послал с ефесским митрополитом царскую утварь великому князю Владимиру, который и был венчан на царство.
По смерти царицы Анастасии, брата царского, князя Юрия Васильевича, царевича Иоанна посылались патриархам, на Синайскую, на Афонскую горы, нищим цареградским богатые милостыни. К константинопольскому патриарху посылались из Москвы молодые люди учиться греческому языку: к патриарху Дионисию в 1551 году отправлен был паробок Обрюта Михайлов Греков; царь писал патриарху: ты бы велел его у себя учить грамоте греческой и языку; а если тебе у себя его научить нельзя, то отошли его на святую гору Афонскую, в наш монастырь св. Пантелеймона. После Обрюты посланы были учиться двое паробков-Ушаков и Внуков; патриарх жаловался, что учить их очень трудно, потому что они уже велики, а пристращать их нельзя: как бы к туркам не бежали.