Но собор был созван не по одному этому делу. Пиша к митрополиту жалобу на Сильвестра относительно икон, Висковатый писал: "Башкин с Артемьем и Семеном в совете, а поп Семен Башкину отец духовный и дела их хвалит". Хотя здесь не было упомянуто имени Сильвестра, однако последний счел за нужное отклонить от себя всякое подозрение и писал к митрополиту: "Священник Семен (Благовещенского собора) сказывал мне про Матюшу (Башкина) в Петров пост на заутрени: пришел ко мне сын духовный необыкновенный и великими клятвами умолил меня принять его к себе на дух в Великий пост, многие вопросы предлагает мне недоуменные, от меня поучения требует, а иногда сам меня поучает. Я, - продолжает Сильвестр, - пришел от этого в большое недоумение и отвечал: Семен! каков-то этот сын духовный у тебя будет, а слава про него носится недобрая? И как государь из Кириллова приехал, я с Семеном все это рассказал ему про Башкина, при Андрее протопопе (духовнике царском) и Алексее Адашеве. Да Семен же сказывал, что Матюша просит истолковать ему многие вещи в Апостоле и сам их толкует, только не по сущности, развратно. Семен сказал ему: я и сам того не ведал, чего ты спрашиваешь, а он отвечал ему: спроси у Сильвестра, он тебе скажет. Мы и об этом сказали государю, который велел Семену сказать Матюше, чтоб тот отметил в Апостоле все свои речи; Матюша весь Апостол воском изметил, и Семен принес книгу в церковь, где государь его видел и все речь и мудрование Матюшино слышали. Но тогда государь поехал в Коломну и дело позаляглось. Захочешь об этом деле спросить у Семена, и он что вспомнит, все тебе скажет; а я с Матюшею никогда не ссылался и совета мне с ним никакого не бывало".
Священник Семен писал митрополиту: "Матвей Башкин в Великий пост у меня на исповеди был и говорил на исповеди: я христианин, верую во отца и сына и святого духа и поклоняюся образу господа бога и спаса нашего Иисуса Христа и пречистой богородицы, и великим чудотворцам, и всем святым, на иконе написанным. Говорил: великое ваше дело! Написано: "Ничтож сия любви болши, еже положите душу свою за други своя", и вы за нас души свои полагаете и бдите о душах наших, яко слово воздати вам в день судный. После того приезжал ко мне и говорил: бога ради, пользуй меня душевно: надобно что написано в беседах евангельских читать, да на слово не надеяться, а дело делать; все начало от вас: прежде вы, священники, должны начало показать, да и нас научить. Потом прислал за мною человека, и когда я к нему приехал, стал мне говорить: в Апостоле написано: "Весь закон в словеси скончавается: возлюбиши искреннего своего яко сам себе; аще себе угрызаете и снедаете, блюдите, да не друг от друга снедени будете". А мы христовых рабов у себя держим; Христос всех братьею называет, а у нас на иных кабалы, на иных беглые, на иных нарядные, на иных полные грамоты; я благодарю бога: у меня что было кабал полных, все изодрал и держу людей своих добровольно: хорошо ему-и он живет, а нехорошо-идет куда хочет; вам, отцам, пригоже посещать нас часто, научать, как нам самим жить и людей держать, не томить; я видел это в правилах и мне показалось это хорошо".
Собор, исследовавши дело, нашел, что Матвей Башкин и его единомышленники виновны в следующем: 1) не признают Иисуса Христа равным богу отцу, а некоторые и других поучают на это нечестие; 2) тело и кровь Христову считают простым хлебам и вином; 3) святую, соборную апостольскую церковь отрицают, говоря, что собрание верных только церковь, а эти созданные ничто; 4) изображение Христа, богоматери и всех святых называют идолами; 5) покаяние ни во что полагают, говоря: как перестанет грешить, так и нет ему греха, хотя и у священника не покается; 6) отеческие предания и жития святых баснословием называют; на семь вселенских соборов гордость возлагают, говоря: все это они для себя писали, чтоб им всем владеть, и царским и святительским; одним словом, все священное писание баснословием называют, Апостол же и Евангелие неправильно излагают. Башкин оговорил в единомыслии с собою Артемия, бывшего троицкого игумена; поставленный с Башкиным с очей на очи, Артемий не признал себя виновным ни в чем, что тот взводил на него. Но, кроме Башкина, Артемия обвинял также бывший ферапонтский игумен Нектарий; однажды Артемий сказал ему: "В книге Иосифа Вилоцкого написано не гораздо, что послал бог в Содом двух ангелов, то есть сына и св. духа"; по словам Нектария, Артемий еретиков новгородских не проклинал; латынь хвалил, поста не хранил, во всю четыредесятницу рыбу ел и на Воздвиженьев день у царя за столом рыбу же ел. Артемий признался, что когда случалось ему из пустыни приходить к христолюбцам, то он рыбу едал и у царя на Воздвиженьев день рыбу ел. Нектарий на очной ставке обвинял также Артемия, что тот из псковского Печерского монастыря ездил в Новый Городок немецкий (Нейгауз) и там веру немецкую восхвалил. На это Артемий отвечал, что точно ездил в Новый Городок и говорил с немецким князем: есть ли у них такой человек, с которым бы можно было ему поговорить книгами? И такого ему человека книжного не указали. Явился еще обвинитель: троицкий келарь Адриан Ангелов объявил, что Артемий в Корнилиеве монастыре, в келье у игумена выразился так о поминовании умерших: "Панихидами и обеднями им не поможешь, от этого они муки не избудут". Артемий признался, что говорил это о людях, растленных житием и грабителях. Троицкий старец Курачов писал, что слышал от Артемия неприличные речи об Иисусове каноне и акафисте богородичном. Об этом сам Артемий сказал на соборе: "Говорят в каноне: Иисусе сладкий! А как услышат слово Иисусово о заповедях его, как велел быть-и горько становится, что надобно их исполнять. В акафисте повторяют: радуйся да радуйся, чистая! А сами о чистоте не радят и в празднословии пребывают: так что говорят только по привычке, а не в правду". Кирилловский игумен Симеон писал царю: когда он объявил Артемию, что Башкин уличен в ереси, то Артемий отвечал: "Не знаю, что за ересь такая! Сожгли Курицына, да Рукавого и теперь не знают за что их сожгли". Артемий сказал на это на соборе: "Не упомню, так ли я про новгородских еретиков говорил; я новгородских еретиков не помню и сам не знаю за что их сожгли; если я говорил, что не знаю за что их сожгли и кто их судил, то я говорил это про себя, не сказал я: они того не знают". Митрополит, обратившись на соборе к Артемию, говорил ему: "Матвей Башкин ереси проповедовал, сына единородного от отца разделил, называл сына не равным отцу, говорил: сделаю грубость сыну и в страшное пришествие отец может избавить меня от муки, а сделаю грубость отцу, то сын не избавит; молился Матвей одному богу отцу, а сына и св. духа оставил: теперь Матвей во всем этом кается, дела все свои на соборе обнажил". Артемий отвечал митрополиту: "Это Матвей по ребячески поступал и сам не знает, что делал своим самосмышлением: в писании этого не обретается и в ересях не написано". Митрополит говорил: "Прежние еретики не каялися и святители их проклинали, а цари их осуждали и заточали и казням предавали". Артемий отвечал: "За мною посылали еретиков судить, и мне так еретиков не судить, что казни их предать, да теперь еретиков нет и никто не спорит". Митрополит говорит ему: "Написал Матвей молитву к единому началу, бога отца одного написал, а сына и св. духа оставил". Артемий отвечал: "Что ему досталось еще врать, ведь есть молитва готовая Манасиина к вседержителю". Митрополит сказал на это: "То было до Христова пришествия, а кто теперь так напишет к единому началу, тот еретик". Артемий отвечал: "Манасиина молитва в большом ефимоне написана и говорят ее". Когда митрополит сказал Артемию: "Если ты в чем виноват, кайся", - то он отвечал: "Я так не мудрствую, как на меня сказывали; то на меня все лгали: я верую в отца, сына и св. духа, в троицу единосущную". Бывший ферапонтовский игумен Нектарий обвинял Артемия во многих богохульных речах на христианский закон и божественное писание, причем слался на свидетелей: на троих пустынников Ниловой пустыни и на одного соловецкого старца; но на соборе эти свидетели объявили, что от Артемия хулы на христианский закон и божественное писание не слыхали. Вследствие этого, что свидетели не подтвердили Нектариева обвинения, царь освободил Артемия от казни; но так как собор нашел, что Артемий не оправдался в других обвинениях, то его присудили на заточение в Соловецкий монастырь: там он заключен был в молчательной келье, чтоб душевредный и богохульный недуг не мог распространиться от него ни на кого; он не мог ни говорить ни с кем, ни писать ни к кому, ни получать ни от кого писем или других каких-нибудь вещей; он должен был сидеть в молчании и каяться: приставлен был к нему отец духовный, который должен был извещать игумена, истинно ли покаяние его; сам игумен должен был поучать его и в случае исправления позволить ему причаститься в смертельной болезни; книги ему иметь только такие, какие позволит собор. По некоторым известиям, один из отцов собора, епископ рязанский Кассиан, позволил себе отзываться дурно о книге Иосифа Волоцкого; он был поражен параличом, лишился употребления руки и ноги, оставил епископию, удалился в монастырь, но и тут не покаялся, не хотел называть Христа вседержителем.