Кроме того, как было уже сказано, союз Крыма с Москвою скреплялся враждою Менгли-Гирея к Ахмату, а потом к его сыновьям. Мы видели, что Иоанн и Менгли-Гирей обязались в договорной грамоте иметь одних врагов и друзей, не означая именно кого, но в грамоте своей 1475 года Менгли-Гирей говорит, что, присягая исполнить договор, он выговорил Иоаннова недруга, короля, великий же князь, присягая перед послом крымским, выговорил Менгли-Гиреева недруга, Ахмата, и потому он, Менгли-Гирей, готов на всякого недруга Иоаннова, даже и на короля; зато и великий князь обязан выслать своих служилых татарских царевичей против Ахмата, если последний пойдет на Крым. По смерти Ахмата вследствие требования султана турецкого, который не мог с удовольствием смотреть на усобицы магометанских владельцев, сыновья Ахматовы помирились с Менгли-Гиреем; но когда в 1485 году один из них, Муртоза, выгнанный голодом из своих обычных кочевьев, пришел зимовать в Крым, то Менгли-Гирей схватил его и отослал в Кафу, потом отправил на Темиров улус брата своего, который разогнал и остаток Орды; но другой Ахматов сын, Махмуд, соединившись с князем Темиром, напал на Крым, освободил Муртозу, а Менгли-Гирей едва успел спастись тайным бегством с бою. Великий князь отрядил войско на улусы Ахматовых сыновей, и оно успело освободить многих крымских пленников, которых отослали к Менгли-Гирею. Муртоза после этого вздумал посадить в Крыму вместо Менгли-Гирея брата его, Нордоулата; но так как последний находился на службе у Иоанна, то сын Ахматов прислал московскому князю такую грамоту: "Муртозино слово Ивану: ведомо тебе будь, что Нордоулат, царь, с отцом моим и со мною был в любви, помирились мы с Менгли-Гиреем, но он своей клятвы не сдержал, за что и был наказан. Теперь Менгли-Гирей нам недруг и на его место надеемся посадить царем Нордоулата, отпусти его к нам, а жен и детей его оставь у себя. Когда бог помилует, даст ему тот юрт, тогда он возьмет их у тебя добром. Менгли-Гирей, царь, тебе другом был, но ведь и Нордоулат, царь, тебе друг же, нам он пригож, и ты его к нам отпусти". Понятно, что Иоанн не отпустил Нордоулата к Ахматовым сыновьям, не отпустил его и к самому Менгли-Гирею, когда тот, обеспокоенный сношениями Нордоулата с врагами, просил прислать его в Крым, обещая поделиться с ним властью. Вражда Ахматовых сыновей с Менгли-Гиреем продолжалась: Иоанн помогал Менгли-Гирею, отсюда, естественно, сын Ахматов, Шиг-Ахмет, сменивший Муртозу, помогал Литве в войне ее с Москвою. Но Литва не могла помочь ни самой себе, ни союзникам своим; видя это, Шиг-Ахмет завел было мирные переговоры с великим князем, который соглашался на союз с ним под условием союза его с Менгли-Гиреем, что было невозможно для Ахматова сына. Менгли-Гирей в 1502 году решил дело, напавши на Шиг-Ахмета и нанесши Орде его тяжелый, окончательный удар. Шиг-Ахмет убежал к погаям. Но Иоанн не хотел его окончательной гибели, он хотел доставить ему Астрахань под условием воевать с Литвою и быть в мире с Менгли-Гиреем. Но Шиг-Ахмет отправился в Турцию; султан не принял его, как врага Менгли-Гиреева; тогда он обратился к старому союзнику своему, королю польскому, но тот заключил его в неволю, желая иметь в руках узника, освобождением которого мог постоянно стращать Менгли-Гирея. Так прекратилось существование знаменитой Золотой Орды!
Крым избавил Москву окончательно от потомков Батыевых: чрез его посредство завелись первые сношения у нее с Турциею. Русский посол, дьяк Федор Курицын, ездивший к венгерскому королю Матвею Корвину, был задержан на возвратном пути турками в Белгороде, освободился по стараниям Матвея и Менгли-Гирея и, приехавши в Москву, известил великого князя,что турецкие паши в Белгороде намекали ему, почему бы его государю не вступить в дружественные сношения с их падишахом. Иоанн на этом основании написал Менгли-Гирею: "Как мой человек Федор был в руках у салтана турского, то ему говорили паши большие господаря своего словом, что салтан турский хочет со мною дружбы, и ты бы для меня поотведал, какой дружбы со мною хочет турский?" Менгли-Гирей справился в Константинополе и переслал к Иоанну ответ султанов: "Если государь московский тебе, Менгли-Гирею, брат, то будет и мне брат". Такой ответ еще не мог повести к сношениям, повели к ним притеснения, которым русские купцы стали подвергаться от турок в Азове и Кафе и вследствие которых должна была прерваться торговля, издавна столь деятельная и выгодная для русских областей. В 1492 году Менгли-Гирей получил от Иоанна грамоту для отсылки ее к султану Баязету II; грамота была написана так: "Султану, великому царю: между бусурманскими государями ты великий государь, над турскими и азямскими государями ты волен, ты польский (сухопутный) и морской государь, султан Баязет! Иоанн, божиею милостию единый правый господь всея России, отчич и дедич и иным многим землям от севера и до востока государь, величеству твоему слово наше таково: между нами наши люди не езжали нашего здоровья видеть, только наши гости из наших земель в твои земли ездят. Нашим и вашим людям от этого большие выгоды были; но гости наши били нам челом и сказывали, что они в твоих землях от твоих людей великие насилия терпят. Мы их речей не слушали, в Азов и Кафу ежегодно гостей отпускали. Но теперь эти гости били нам челом и сказывали, что в нынешнем году в Азове твой паша велел им ров копать и камень возить на городское строение, также в Азове, Кафе и других твоих городах; оценив, их товары возьмут, а потом отдадут только половину цены. Если между нашими гостями, живущими по пяти и по шести человек вместе, при одном хозяйстве (в одном котле), один разболится, то еще при жизни его отсылают от него всех товарищей, товар их печатают, и когда больной умрет, то этот товар у всех у них берут, называя его товаром одного умершего человека; если же больной выздоровеет, то отдадут только половину товара. Разболится русский купец и станет товар отдавать брату, или племяннику, или с товарищем станет отсылать его к жене и детям, то у него еще у живого товар отнимают и товарищей к нему не пускают. Да и других много насилий терпят наши купцы, почему нынешнею весною мы их и не отпустили ни в Азов, ни в Кафу и ни в какие другие твои города. Прежде наши гости платили одну тамгу, и насилий никаких над ними не было, а теперь при тебе недавно начались насилия: известно ли это твоему величеству или неизвестно? Если твои люди поступали так с нашими людьми по твоему приказу, то мы вперед своих гостей в твои земли отпускать не будем. Еще одно слово: Отец твой славный и великий был господарь; сказывают, хотел он, чтобы наши люди между нами ездили здоровье наше видеть, и послал было к нам своих людей, но, по божьей воле, дело не сделалось; почему же теперь между нами наши люди не ездят здоровье наше видеть? Обо всех этих делах написавши грамоту, прислал бы ты ее к нам, чтоб нам ведомо было".