Нарушение первого договора и обнаружение беспомощной слабости при заключении второго не могли заставить победителя уважать права побежденного, если мы даже и не предположим в Иоанне обдуманного намерения мало-помалу обессилить Тверь и привести ее к необходимости покориться. В тот же год (1485), говорит летописец, приехали из Твери служить великому князю московскому князь Андрей Микулинский и князь Осип Дорогобужский: Микулинскому Иоанн дал Дмитров, а Дорогобужскому - Ярославль. Тогда же приехали и бояре тверские служить к великому князю на Москву, не могши сносить обид от него, потому что много было обид им от великого князя, от бояр его и детей боярских при спорах о землях; если там, где межи сошлись с межами, обидят московские дети боярские, то пропало; а если тверичи обидят, то князь великий с бранью и с угрозами посылает к тверскому, ответам его веры не дает, суду быть не позволяет. В таких обстоятельствах Михаил опять завел сношения с Литвою; но гонец его был перехвачен, грамота доставлена в Москву, откуда скоро пришли в Тверь грозные, укорительные речи. Испуганный Михаил отправил владыку бить челом Иоанну, но тот не принял челобитья; приехал князь Михаил Холмской с челобитьем - этого Иоанн не пустил и на глаза и стал собирать войско. В августе выступил он на Тверь с сыном Иоанном, с братьями Андреем и Борисом, с князем Федором Бельским, с итальянским мастером Аристотелем, с пушками, тюфяками и пищалями. 8 сентября московское войско обступило Тверь, 10-го зажжены посады, 11-го приехали из Твери к великому князю в стан князья и бояре тверские, крамольники, как выражается летописец, и били челом в службу; Михаил Борисович ночью убежал в Литву, видя свое изнеможение, а Тверь присягнула Иоанну, который посадил в ней сына своего. В некоторых летописях прямо сказано, что Иоанн взял Тверь изменою боярскою; в других же находим известие, что главным крамольником был князь Михаил Холмской, которого после Иоанн сослал в заточение в Вологду за то, что, поцеловавши крест своему князю Михаилу, Холмской отступил от него. "Нехорошо верить тому, кто богу лжет", - сказал Иоанн при этом случае. Из семейства великокняжеского взята была в Твери мать Михайлова, у которой Иоанн допытывался, где казна сына ее; старая княгиня отвечала, что Михаил увез все с собою в Литву, но после служившие у нее женщины донесли, что она хочет отослать казну к сыну, и действительно нашли у нее много дорогих вещей, золота и серебра, за что великий князь заточил ее в Переяславль. О дальнейшей судьбе князя Михаила мы знаем, что он сначала оставался в Литве не более года и куда-то уезжал: в сентябре 1486 года посол Казимиров говорил Иоанну: "Тебе хорошо известно, что союзник наш, великий князь Михаил Борисович тверской, приехал к нам и мы его приняли. Бил он челом, чтоб мы ему помогли; мы хотели, чтоб он возвратил себе отчину без кровопролития, для чего и отправляли к тебе посла, как сам знаешь; но, посмотревши в договор, заключенный нами с отцом твоим, мы ему на вас помощи не дали, в хлебе же и соли не отказали: жил он у нас до тех пор, пока сам хотел, и, как в нашу землю добровольно приехал, так добровольно же мы его и отпустили". Но потом, через несколько лет, видим опять Михаила в Кракове; в 1505 году при пожаловании князю Василию Львовичу Глинскому имения Лососиной в Слонимском повете говорится, что это имение вместе с двумя другими селами - Белавичами и Гощовым - находилось прежде во владении князя Михаила Борисовича тверского; знаем также, что Михаил владел еще имением Печи-Хвосты на Волыни, в Луцком повете. В Несвижском замке показывают портрет молодой женщины в русском платье; предание говорит, что это - дочь изгнанника, князя тверского, вышедшая замуж за одного из Радзивиллов.
Кроме Твери при Иоанне III окончательно были присоединены княжества Ярославское и Ростовское; в 1463 году ярославские князья, сохранявшие до сих пор права владетельных, уступили свою отчину великому князю московскому; это дело уладил московский дьяк Алексей Полуехтович; в 1474 году два ростовских князя продали Иоанну III и остальную половину своего города.