Установился временно такой порядок церковного управления: во главе церковной администрации стояли местоблюститель Стефан Яворский и особое учреждение, Монастырский приказ, со светскими лицами во главе; верховным авторитетом в делах религии признавался собор иерархов; сам Петр, как и прежние государи, был покровителем церкви и принимал живое участие в ее управлении. Это участие Петра привело к тому, что в церковной жизни важную роль стали играть архиереи малороссы, прежде гонимые. Несмотря на протесты и на Руси, и на православном Востоке, Петр постоянно выдвигал на архиерейские кафедры малорусских ученых монахов. Великорусское малообразованное и враждебное реформе духовенство не могло явиться помощником Петру, тогда как малороссияне, имевшие более широкий умственный кругозор и выросшие в стране, где православие вынуждено было к деятельной борьбе с католицизмом, воспитали в себе лучшее понимание задач духовенства и привычку к широкой деятельности. В своих епархиях они не сидели сложа руки, а обращали в православие инородцев, действовали против раскола, заводили школы, заботились о быте и нравственности духовенства, находили время и для литературной деятельности. Понятно, что они более отвечали желаниям преобразователя, и Петр ценил их более, чем тех духовных лиц из великорусов, узкие взгляды которых часто становились ему на дороге. Можно привести длинный ряд имен малороссов архиереев, занявших видные места в русской иерархии. Но особенно замечательны из них: помянутый выше Стефан Яворский, св. Дмитрий, митрополит Ростовский и, наконец, Феофан Прокопович, при Петре — епископ Псковский, впоследствии архиепископ Новгородский. Это был очень способный, живой и энергичный человек, склонный к практической деятельности гораздо более, чем к отвлеченной науке, однако весьма образованный и изучивший богословскую науку не только в Киевской академии, но и в католических коллегиях Львова, Кракова и даже Рима. Схоластическое богословие католических школ не повлияло на живой ум Феофана, напротив, — поселило в нем неприязнь к схоластике и католичеству. Не получая удовлетворения в православной богословской науке, тогда плохо и мало разработанной, Феофан от католических доктрин обратился к изучению протестантского богословия и, увлекаясь им, усвоил некоторые протестантские воззрения, хотя был православным монахом. Эта наклонность к протестантскому мировоззрению, с одной стороны, отразилась на богословских трактатах Феофана, а с другой стороны — помогла ему сблизиться с Петром во взглядах на реформу. Царь, воспитавшийся на протестантской культуре, и монах, закончивший свое образование на протестантском богословии, прекрасно поняли друг друга. Познакомясь с Феофаном впервые в Киеве в 1706 г., Петр в 1716 г. вызвал его в Петербург, сделал его своей правой рукой в деле церковного управления и защищал от всех нападков со стороны прочего духовенства, заметившего в любимце Петра протестантский дух. Феофан же в своих знаменитых проповедях явился истолкователем и апологетом реформ Петра, а в своей практической деятельности был искренним и способным его помощником.
Феофану и принадлежит разработка и, может быть, даже самая мысль того нового плана церковного управления, на котором остановился Петр. Более двадцати лет (1700—1721) продолжался временный беспорядок, при котором русская церковь управлялась без патриарха. Наконец, 14 февраля 1721 г. совершилось открытие "Святейшего Правительствующего Синода". Эта духовная коллегия навсегда заменила собой патриаршую власть. В руководство ей был дан Духовный регламент, составленный Феофаном и редактированный самим Петром. В регламенте откровенно указывалось на несовершенство единоличного управления патриарха и на политические неудобства, проистекающие от преувеличения авторитета патриаршей власти в делах государственных. Коллегиальная форма церковного управления рекомендовалась как наилучшая во всех отношениях. Состав Синода по регламенту определяется так: президент, два вице-президента, четыре советника и четыре асессора (в число их входили представители черного и белого духовенства). Заметим, что состав Синода был аналогичен с составом светских коллегий. Лица, состоявшие при Синоде, были таковы же, как и при коллегиях; представителем особы государя в Синоде был обер-прокурор, при Синоде было и целое ведомство фискалов, или инквизиторов. Внешняя организация Синода была, словом, взята с общего типа организации коллегии.