Эпоха Петра Великою в жизни русской церкви полна историческим содержанием. Во-первых, уяснилось и приняло новые формы как отношение церкви к государству, так и церковное управление. Во-вторых, внутренняя церковная жизнь была отмечена борьбой богословских взглядов (например, знакомый нам спор о пресуществлении между великорусским и малорусским духовенством и другие несогласия). В-третьих, оживилась литературная деятельность представителей церкви. В своем изложении мы коснемся только первого из указанных пунктов, потому что второй имеет специальный церковно-исторический интерес, а третий рассматривается в истории литературы.
Рассмотрим сперва те меры Петра, которыми устанавливались отношения церкви к государству и общий порядок церковного управления; затем перейдем к частным мерам относительно церковных дел и духовенства.
Отношение церкви к государству до Петра в Московском государстве не было точно определено, хотя на церковном соборе 1666—1667 гг. греками было принципиально признано главенство светской власти и отрицалось право иерархов вмешиваться в светские дела. Московский государь считался верховным покровителем церкви и принимал активное участие в церковных делах. Но и церковные власти призывались к участию в государственном управлении и влияли на него. Борьбы церковной и светской властей, знакомой Западу, Русь не знала (не было ее, строго говоря, и при Никоне). Громадный нравственный авторитет московских патриархов не стремился заменить собой авторитет государственной власти, и если раздавался со стороны русского иерарха голос протеста (например, митрополита Филиппа против Ивана IV), то он не сходил никогда с нравственной почвы.
Петр вырос не под таким сильным влиянием богословской науки и не в такой благочестивой обстановке, как росли его братья и сестры. С первых же шагов своей сознательной жизни он сошелся с "еретиками немцами" и, хотя остался православным по убеждениям человеком, однако свободнее относился ко многим обрядностям, чем обыкновенные московские люди, и казался зараженным "ересью" в глазах старозаветных ревнителей благочестия. Можно с уверенностью сказать, что Петр от своей матери и от консервативного патриарха Иоакима (ум. 1690) не раз встречал осуждение за свои привычки и знакомство с еретиками. При патриархе Адриане (1690—1700), слабом и несмелом человеке, Петр встретил не более сочувствия своим новшествам, вслед за Иоакимом и Адриан запрещал брадобритие, а Петр думал сделать его обязательным. При первых решительных нововведениях Петра все протестующие против них, видя в них ересь, искали нравственной опоры в авторитете церкви и негодовали на Адриана, который малодушно молчал, по их мнению, тогда, когда бы следовало стать за правоверие. Адриан действительно не мешал Петру и молчал, но он не сочувствовал реформам, и его молчание, в сущности, было пассивной формой оппозиции. Незначительный сам по себе, патриарх становился неудобен для Петра, как центр и объединяющее начало всех протестов, как естественный представитель не только церковного, но и общественного консерватизма. Патриарх же, крепкий волею и духом, мог бы явиться могучим противником Петра, если бы стал на сторону консервативного московского мировоззрения, осуждавшего на неподвижность всю общественную жизнь.
Понимая эту опасность, Петр после смерти Адриана не спешил с избранием нового патриарха, а "местоблюстителем патриаршего престола" назначил Рязанского митрополита Стефана Яворского, ученого малоросса. Управление же патриаршим хозяйством перешло в руки особо назначенных светских лиц. Нет нужды предполагать, как делают некоторые, что уже тотчас после смерти Адриана Петр решился упразднить патриаршество. Вернее думать, что Петр просто не знал, что делать с избранием патриарха. К великорусскому духовенству Петр относился с некоторым недоверием, потому что много раз убеждался, как сильно не сочувствует оно реформам. Даже лучшие представители древней русской иерархии, которые сумели понять всю национальность внешней политики Петра и помогали ему как могли (Митрофаний Воронежский, Тихон Казанский, Иов Новгородский), — и те были против культурных новшеств Петра. Выбрать патриарха из среды великорусов для Петра значило рисковать создать себе грозного противника. Малорусское духовенство держало себя иначе: оно само подверглось влиянию западной культуры и науки и сочувствовало новшествам Петра. Но поставить малоросса патриархом было невозможно потому, что во время патриарха Иоакима малорусские богословы были скомпрометированы в глазах московского общества, как люди с латинскими заблуждениями; за это на них было воздвигнуто даже гонение. Возведение малоросса на патриарший престол повело бы поэтому к общему соблазну. В таких обстоятельствах Петр и решил остаться без патриарха.