Познакомясь сданными о первом подмосковном ополчении, мы можем теперь сказать, что, сойдясь под Москву, земские и казачьи дружины не могли ужиться мирно между собой по разности стремлений и вкусов. Постоянная их рознь привела к необходимости уяснить точнее их взаимные отношения, и уяснились они в пользу служилых людей. Но преобладание служилых людей было недолго и непрочно. Приговор, давший перевес служилым людям и Ляпунову, был "не люб" казакам и их вождям Заруцкому и Трубецкому, "и с той поры начали над Прокофьем думати, как бы его убить", говорит летописец, и, действительно, через месяц Ляпунов был убит. Его смерть стоит в прямой связи с тем положением дел, какое настало в подмосковной рати после приговора 30 июня; казаки и холопы не могли помириться с этим приговором, и Ляпунов пал от руки их, как представитель служилых людей, правивший делами и доставивший преобладание своим. В убийстве Ляпунова замешаны и поляки, осажденные в Москве; они желали и смут в лагере осаждавших, и смерти талантливого воеводы и достигли того и другого интригой. Но и без их подстрекательства "старые заводчики всякому злу, атаманы и казаки, холопи боярские" (так называет убийц Ляпунова князь Д. М. Пожарский) не остановились бы перед убийством: в нем они видели средство поправить свое положение под Москвой, увеличить свое влияние, взять верх над служилыми людьми. И они достигли своего; потеряв предводителя, служилые люди утратили и силу. Не нашлось человека, который мог бы заменить Ляпунова; делами стали заправлять казачьи вожди, казачество подняло голову, и теснимое им дворянство стало брести "розно", разъезжаться по домам. Ополчение разлагалось, и государственный порядок потерпел в нем новое поражение. Но казачьи остатки первого ополчения продолжали стоять под Москвой, и в 1611, и в 1612 г. Сигизмунд не шел на помощь московскому гарнизону, а своими силами московский гарнизон не мог прогнать осаждавших. Осада Москвы таким образом продолжалась, но смерть Ляпунова была большим горем для русских людей, они теряли веру в успех ополчения. В то же приблизительно время совершались одно за другим такие события, которые способны были отнять у русских всякую надежду на лучшее будущее родины.
Сигизмунд перестал стесняться с великим посольством. Сожжение Москвы подало ему надежду, что послы будут уступчивее. Но они стояли на том, что король не должен отступать от договора, заключенного Жолкевским, и должен снять осаду Смоленска; в таком только случае Владислав может стать московским царем. Видя, что дальнейшие переговоры будут бесплодны, король прибегнул к насилию: московские послы были ограблены и пленниками отвезены в Польшу (в апреле 1611 г.).
3 июня 1611 г. удалось королю, наконец, взять Смоленск приступом. В городе было в начале осады, как говорят, до 80000 жителей, большие запасы и прекрасные укрепления. Когда Смоленск был взят, в нем не осталось и 8000 человек, они терпели голод и болезни и не могли отбить врага, потому что укрепления были разбиты и разрушены. Воевода смоленский Шеин, один из самых светлых русских деятелей того времени, подвергся пытке: хотели узнать, для чего он не сдавал города и какими средствами мог так долго держаться.
16 июля шведы обманом взяли Новгород; митрополит Исидор и воевода князь Одоевский во главе новгородцев заключили со шведами договор, по которому Новгород представлялся особым государством, выбирал себе в цари одного из сыновей шведского короля и, сохраняя свое государственное устройство, навсегда соединял себя с шведской династией, если бы даже Московское государство и выбрало себе другого царя не из шведского дома. Такой договор, очевидно, был продиктован победителями-шведами: в нем даже не было требований, чтобы новгородский государь был православным.
Во Пскове в то же время появился самозванец Сидорка, которого зовут иногда третьим Лжедмитрием. Еще при Шуйском начались во Пскове внутренние усобицы, борьба "лучших" и "меньших" людей, высших и низших классов. Эта борьба как-то совсем оторвала Псков от государства и создала в нем свою особую историю смуты. Неурядицы внутренние дали возможность полякам и казачеству разорять безнаказанно псковскую землю и дали в ней силу третьему самозванцу.